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- PDB-3c2y: tRNA-Guanine Transglycosylase (TGT) in complex with 6-Amino-2-met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c2y
タイトルtRNA-Guanine Transglycosylase (TGT) in complex with 6-Amino-2-methyl-1,7-dihydro-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TIM Barrel / Glycosyltransferase / Metal-binding / Queuosine biosynthesis / tRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S60 / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Ritschel, T. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2009
タイトル: Crystal structure analysis and in silico pKa calculations suggest strong pKa shifts of ligands as driving force for high-affinity binding to TGT
著者: Ritschel, T. / Hoertner, S. / Heine, A. / Diederich, F. / Klebe, G.
履歴
登録2008年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6678
ポリマ－42,9261
非ポリマー7417
水4,936274
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,33416
ポリマ－85,8512
非ポリマー1,48214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.300, 64.800, 70.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1244-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase / tRNA-guanine transglycosylase / Guanine insertion enzyme / TGT


分子量: 42925.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 遺伝子: TGT / プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-S60 / 6-amino-2-methyl-1,7-dihydro-8H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one / 2-methyl-lin-Benzoguanine / 6-アミノ-2-メチル-1H-イミダゾ[4,5-g]キナゾリン-8(7H)-オン


分子量: 215.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9N5O
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE IS A MISTAKE IN SWISSPROT FOR P28720. THIS IS REFERRED IN THE ORIGINAL PAPER; REUTER K.K.H., ...THERE IS A MISTAKE IN SWISSPROT FOR P28720. THIS IS REFERRED IN THE ORIGINAL PAPER; REUTER K.K.H., FICNER R.; J. BACTERIOL. 177:5284-5288(1995). THE CORRECT RESIDUE AT THE POSITION IS LYS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM TRIS HCl, 1mM DTT, 10% DMSO, 5% PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. all: 36907 / Num. obs: 36907 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1780 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1P0D

1p0d


解像度: 1.78→10 Å / Num. parameters: 12544 / Num. restraintsaints: 11778 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2137 1760 -RANDOM
Rwork0.1622 ---
obs0.1641 35094 91.1 %-
all-35094 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 2724 / Occupancy sum non hydrogen: 3109.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2788 0 47 274 3109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0246
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.064
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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