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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bls | ||||||
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タイトル | AMPC BETA-LACTAMASE FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
![]() | AMPC BETA-LACTAMASE | ||||||
![]() | CEPHALOSPORINASE / BETA-LACTAMASE / SERINE HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Usher, K.C. / Shoichet, B.K. / Remington, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of AmpC beta-lactamase from Escherichia coli bound to a transition-state analogue: possible implications for the oxyanion hypothesis and for inhibitor design. 著者: Usher, K.C. / Blaszczak, L.C. / Weston, G.S. / Shoichet, B.K. / Remington, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99824, 0.058222, -0.011253), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.7 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.7M NA/K PHOSPHATE, PH 8.7, COCRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF MAPB INHIBITOR. LARGER CRYSTALS WERE GROWN BY MICRO-SEEDING TECHNIQUE. | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding / PH range low: 8.7 / PH range high: 8.5 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年11月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 35225 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.48 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 88.3 |
反射 | *PLUS Num. all: 36886 / Num. measured all: 114023 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.3 % / Num. possible: 7324 / Num. unique obs: 6468 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLECULAR SUBSTITUTION 開始モデル: PDB ENTRY 2BLS 解像度: 2.3→25 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 531 Å2 / ksol: 0.99 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5F / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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