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万見
- PDB-3a79: Crystal structure of TLR2-TLR6-Pam2CSK4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a79
タイトルCrystal structure of TLR2-TLR6-Pam2CSK4 complex
要素
  • (Toll-like receptor ...) x 2
  • Pam2CSK4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toll-like Receptor / diacyl lipopeptide / innate immunity / Leucine Rich Repeat / Cell membrane / Cytoplasmic vesicle / Disulfide bond / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / LEUCINE-RICH REPEAT / Membrane / Receptor / Transmembrane / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to bacterial lipoprotein / diacyl lipopeptide binding / Beta defensins / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / positive regulation of neutrophil migration / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide ...response to bacterial lipoprotein / diacyl lipopeptide binding / Beta defensins / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / positive regulation of neutrophil migration / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide / lipoteichoic acid binding / Toll-like receptor 2 binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / negative regulation of synapse assembly / response to molecule of fungal origin / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of dendritic cell cytokine production / response to peptidoglycan / positive regulation of interleukin-18 production / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / central nervous system myelin formation / positive regulation of xenophagy / xenophagy / leukotriene metabolic process / neutrophil migration / negative regulation of actin filament polymerization / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / lipopeptide binding / cellular response to peptidoglycan / response to fatty acid / negative regulation of interleukin-12 production / positive regulation of macrophage activation / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / microglia development / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of synapse assembly / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of leukocyte migration / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / nitric oxide metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / leukocyte migration / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of presynapse assembly / positive regulation of chemokine production / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / ERK1 and ERK2 cascade / Neutrophil degranulation / axonogenesis / learning / positive regulation of interleukin-1 beta production / cell projection / positive regulation of cytokine production / response to bacterium / microglial cell activation / defense response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / cell body / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / innate immune response / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Slitrk family / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / : / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain ...Slitrk family / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / : / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeat / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate / Variable lymphocyte receptor B / Variable lymphocyte receptor B / Toll-like receptor 6 / Toll-like receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kang, J.Y. / Jin, M.S. / Lee, J.-O.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2009
タイトル: Recognition of lipopeptide patterns by Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 heterodimer
著者: Kang, J.Y. / Nan, X. / Jin, M.S. / Youn, S.-J. / Ryu, Y.H. / Mah, S. / Han, S.H. / Lee, H. / Paik, S.-G. / Lee, J.-O.
履歴
登録2009年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年6月27日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B
B: Toll-like receptor 6, Variable lymphocyte receptor B
C: Pam2CSK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,73815
ポリマ－130,0463
非ポリマー4,69212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint53 kcal/mol
Surface area47840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.901, 168.901, 231.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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Toll-like receptor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B / TLR2 / VLRB.61


分子量: 65535.309 Da / 分子数: 1
断片: extracellular domain, UNP residues 1-506(mouse), UNP residues 133-200(Inshore hagfish)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: Tlr2 / プラスミド: PVL1393 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: Q9QUN7, UniProt: Q4G1L2
#2: タンパク質 Toll-like receptor 6, Variable lymphocyte receptor B / TLR6 / VLRB.59


分子量: 63785.551 Da / 分子数: 1
断片: extracellular domain, UNP residues 1-482(mouse), UNP residues 157-232(Inshore hagfish)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: Tlr6 / プラスミド: PVL1393 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: Q9EPW9, UniProt: Q4G1L3

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Pam2CSK4


分子量: 724.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: 化合物 ChemComp-PXS / (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate


分子量: 552.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68O4

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糖 , 3種, 11分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月24日
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 43746 / Num. obs: 43573 / % possible obs: 99.67 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 56.99 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 8.27
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.55 % / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique all: 3448 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2Z81, 2Z7X, 2O6R

2z81

2z7x

2o6r


解像度: 2.9→34.11 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.799 / SU ML: 2.75 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 4429 10.16 %
Rwork0.208 --
obs0.215 43573 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.282 Å2 / ksol: 0.278 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 445.89 Å2 / Biso mean: 88.661 Å2 / Biso min: 24.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.214 Å20 Å2-0 Å2
2---1.214 Å20 Å2
3----28.384 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8596 0 310 0 8906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25112385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.8583482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.9-2.9330.4121320.34128014121280100
2.933-2.9670.3981510.301128514361285100
2.967-3.0040.3541440.304128114251281100
3.004-3.0420.3771420.284127814201278100
3.042-3.0820.3331590.27128014391280100
3.082-3.1240.3161540.249127714311277100
3.124-3.1680.3371490.246125914081259100
3.168-3.2160.3311460.243129014361290100
3.216-3.2660.3171420.229129414361294100
3.266-3.3190.3191440.228128014241280100
3.319-3.3770.3191450.22130114461301100
3.377-3.4380.2851500.211128814381288100
3.438-3.5040.2981220.198130614281306100
3.504-3.5750.2841460.196130614521306100
3.575-3.6530.2521430.185129014331290100
3.653-3.7380.2541380.166130414421304100
3.738-3.8310.2381590.172128114401281100
3.831-3.9350.2341470.169130014471300100
3.935-4.050.2481620.17127914411279100
4.05-4.1810.2221450.16512961441129699
4.181-4.330.2481450.152131014551310100
4.33-4.5030.1981430.14512991442129999
4.503-4.7070.211470.143132014671320100
4.707-4.9550.2061550.135130414591304100
4.955-5.2640.2411430.161133814811338100
5.264-5.6690.2481490.171132714761327100
5.669-6.2360.2971590.198133614951336100
6.236-7.1320.2531440.204135615001356100
7.132-8.9580.3061670.214136515321365100
8.958-34.1110.2761570.24514341591143497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2887-0.84010.98570.7151-0.12511.34470.20790.09340.0862-0.1321-0.0438-0.06040.27340.0322-0.14290.33030.0646-0.15180.1446-0.04880.372814.6701-35.826915.2995
21.8496-0.3520.10941.12340.02071.3299-0.0058-0.24480.1595-0.0351-0.05320.0233-0.27790.26880.05090.3214-0.0689-0.07210.3344-0.07610.279855.8446-34.550635.5039
30.6819-0.0475-0.64330.7414-0.0021-0.32020.0239-0.44670.1462-0.08660.09060.2312-0.01860.0657-0.01240.69760.0681-0.42550.6385-0.11030.619521.0865-41.919342.8576
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA26 - 575
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB33 - 557
3X-RAY DIFFRACTION3chain CA - C10 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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