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万見
- PDB-3a73: Crystal Structure Analysis of Human serum albumin complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a73
タイトルCrystal Structure Analysis of Human serum albumin complexed with delta 12-prostaglandin J2
要素Serum albumin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / alpha-helical strcture / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Disulfide bond / Glycation / Glycoprotein / Lipid-binding / Metal-binding / Phosphoprotein / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Chem-PJ2 / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Ito, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Delta12-prostaglandin J2 as a product and ligand of human serum albumin: formation of an unusual covalent adduct at His146.
著者: Yamaguchi, S. / Aldini, G. / Ito, S. / Morishita, N. / Shibata, T. / Vistoli, G. / Carini, M. / Uchida, K.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年10月23日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,88617
ポリマ－133,1422
非ポリマー3,74415
水4,936274
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6109
ポリマ－66,5711
非ポリマー2,0398
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2768
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,7057
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.060, 92.047, 94.664
Angle α, β, γ (deg.)74.80, 89.53, 80.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Secretion: serum / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-PJ2 / (5Z,12Z,15S)-15-hydroxy-11-oxoprosta-5,9,12-trien-1-oic acid / delta12-prostaglandine J2


分子量: 334.450 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM phosphate buffer pH 6.5, 28-32% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→35.08 Å / Num. all: 68079 / Num. obs: 62497 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 4496 / Num. unique all: 5755 / Rsym value: 0.118 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BJ5

1bj5


解像度: 2.19→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 16.003 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2908 2871 5 %RANDOM
Rwork0.2294 ---
obs0.23252 54279 91.34 %-
all-59063 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å2-0.47 Å20.04 Å2
2--1.69 Å2-2.17 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9160 0 256 274 9690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0229616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9431.99112919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.34551148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.92724.842442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.171151718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5531548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8431.55780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49829306
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.70433836
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1584.53613
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.193→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 220 -
Rwork0.227 3907 -
obs-5755 88.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.3355-0.68640.22093.6473-0.08621.0607-0.0275-0.1983-0.48920.0088-0.02270.40010.0321-0.2170.05030.06970.01290.01490.09380.0450.129720.29213.2206-67.0787
20.4075-0.1643-0.08511.2666-1.56844.1036-0.0201-0.18640.15630.1958-0.007-0.0364-0.28680.08390.02710.15970.01230.01120.1382-0.00150.189929.484632.7268-72.4213
31.0308-0.2028-0.6851.11911.07673.27050.0216-0.04280.1356-0.0770.0643-0.0638-0.19410.2011-0.08590.0992-0.01980.00690.03220.05710.225325.809854.3484-86.4564
41.7978-0.0142-0.32433.86091.47744.54160.0004-0.469-0.02270.8877-0.0560.05840.11880.20170.05560.2967-0.01660.070.19190.08420.178316.857561.5126-57.6976
55.84660.63370.15254.18920.44181.45490.03330.1240.2770.0345-0.05970.4592-0.0663-0.29830.02650.09840.0147-0.00210.13680.07870.13811.655253.5143-24.4855
62.21-1.8469-1.42363.52021.00986.3333-0.15490.352-0.5021-0.1007-0.12760.04880.58520.03420.28240.2382-0.04330.0030.2124-0.04540.242810.303833.5632-32.6056
71.07990.2179-0.39612.9894-2.19092.9271-0.00830.0971-0.06370.1112-0.02630.0141-0.11160.12350.03460.10890.0182-0.02040.03190.00890.07629.7826.58010.9914
81.12570.31441.28052.31431.48065.2283-0.11990.4593-0.0783-0.48580.05030.1196-0.03240.17090.06960.257-0.027-0.00210.25030.01060.18013.0655.5046-28.1768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2A105 - 298
3X-RAY DIFFRACTION3A299 - 450
4X-RAY DIFFRACTION4A451 - 584
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6B105 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7B200 - 373
8X-RAY DIFFRACTION8B374 - 584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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