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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3747 | |||||||||
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タイトル | Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilized virus-like particle | |||||||||
マップデータ | MRC format map file. Contour level 0.0725 determined by visual inspection of map in UCSF Chimera. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Poliovirus / virus-like particle / vaccine / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Bahar MW / Kotecha A | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Plant-made polio type 3 stabilized VLPs-a candidate synthetic polio vaccine. 著者: Johanna Marsian / Helen Fox / Mohammad W Bahar / Abhay Kotecha / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Andrew J Macadam / David J Rowlands / George P Lomonossoff / 要旨: Poliovirus (PV) is the causative agent of poliomyelitis, a crippling human disease known since antiquity. PV occurs in two distinct antigenic forms, D and C, of which only the D form elicits a robust ...Poliovirus (PV) is the causative agent of poliomyelitis, a crippling human disease known since antiquity. PV occurs in two distinct antigenic forms, D and C, of which only the D form elicits a robust neutralizing response. Developing a synthetically produced stabilized virus-like particle (sVLP)-based vaccine with D antigenicity, without the drawbacks of current vaccines, will be a major step towards the final eradication of poliovirus. Such a sVLP would retain the native antigenic conformation and the repetitive structure of the original virus particle, but lack infectious genomic material. In this study, we report the production of synthetically stabilized PV VLPs in plants. Mice carrying the gene for the human PV receptor are protected from wild-type PV when immunized with the plant-made PV sVLPs. Structural analysis of the stabilized mutant at 3.6 Å resolution by cryo-electron microscopy and single-particle reconstruction reveals a structure almost indistinguishable from wild-type PV3.Despite the success of current vaccination against poliomyelitis, safe, cheap and effective vaccines remain sought for continuing eradication effort. Here the authors use plants to express stabilized virus-like particles of type 3 poliovirus that can induce a protective immune response in mice transgenic for the human poliovirus receptor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3747.map.gz | 472.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3747-v30.xml emd-3747.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3747_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3747.png | 328.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3747.cif.gz | 6.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3747 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3747_validation.pdf.gz | 732 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3747_full_validation.pdf.gz | 731.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3747_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_3747_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3747 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3747.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | MRC format map file. Contour level 0.0725 determined by visual inspection of map in UCSF Chimera. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human poliovirus 3
全体 | 名称: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human poliovirus 3
超分子 | 名称: Human poliovirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Poliovirus type 3 (Saukett strain) virus-like particle produced in plant expression system. NCBI-ID: 12086 / 生物種: Human poliovirus 3 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) / 株: Saukett |
分子量 | 理論値: 5.8 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 327.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid proteins, VP1
分子 | 名称: Capsid proteins, VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) / 株: Saukett |
分子量 | 理論値: 33.562785 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: GIEDLITEVA QGALTLSLPK QQDSLPDTKA SGPAHSKEVP ALTAVETGAT NPLVPSDTVQ TRHVIQRRSR SESTIESFFA RGACVAIIE VDNEEPTTRA QKLFAMWRIT YKDTVQLRRK LEFFTYSRFD MELTFVVTAN FTNTNNGHAL NQVYQIMYIP P GAPTPKSW ...文字列: GIEDLITEVA QGALTLSLPK QQDSLPDTKA SGPAHSKEVP ALTAVETGAT NPLVPSDTVQ TRHVIQRRSR SESTIESFFA RGACVAIIE VDNEEPTTRA QKLFAMWRIT YKDTVQLRRK LEFFTYSRFD MELTFVVTAN FTNTNNGHAL NQVYQIMYIP P GAPTPKSW DDYTWQTSSN PSIFYTYGAA PARISVPYVG LANAYSHFYD GFAKVPLKTD ANDQIGDSLY SAMTVDDFGV LA IRVVNDH NPTKVTSKVR IYMKPKHVRV WCPRPPRAVP YYGPGVDYKD NLNPLSEKGL TTY UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Capsid proteins, VP2
分子 | 名称: Capsid proteins, VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) / 株: Saukett |
分子量 | 理論値: 30.188982 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: SPNVEACGYS DRVLQLTIGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE FIRDDEANPV DQPTEPDVAT CRFYTLDTVM WGKESKGWWW KLPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAIPE YCLAGDSDKQ RYTSYANANP GEKGGKFYSQ F NRDTAVTS ...文字列: SPNVEACGYS DRVLQLTIGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE FIRDDEANPV DQPTEPDVAT CRFYTLDTVM WGKESKGWWW KLPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAIPE YCLAGDSDKQ RYTSYANANP GEKGGKFYSQ F NRDTAVTS PKREFCPVDY LLGCGVLLGN AFVYPHQIIN LRTNNSATIV LPYVNAMAID SMVKHNNWGI AILPLSPLDF AQ ESSVEIP ITVTIAPMCS EFNGLRNVTA PKFQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Capsid proteins, VP3
分子 | 名称: Capsid proteins, VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) / 株: Saukett |
分子量 | 理論値: 26.3151 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: GLPVLNTPGS NQYLTSDNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLENT KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCFSLSP ASDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV ...文字列: GLPVLNTPGS NQYLTSDNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLENT KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCFSLSP ASDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV PWISNVTYRQ TTQDSFTEGG YISMFYQTRI VVPLSTPKSM SMLGFVSACN DFSVRLLRDT THISQSALPQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: Capsid proteins, VP4
分子 | 名称: Capsid proteins, VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) / 株: Saukett |
分子量 | 理論値: 7.452113 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYKDSASNA ASKQDYSQDP SKFTEPLKDV LIKTAPALN UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: PBS pH 7.0 |
グリッド | モデル: C-flat CF-2/1-2C / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging. |
詳細 | Virus-like particles for polio type 3 (strain Saukett) were purified by Nycodenz gradients and assessed for monodispersity by negative stain EM analysis. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4086 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4086 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-33 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2768 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 133333 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | phenix.real_space_refine was used to refine the atomic model in the cryo-em map. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-5o5b: |