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万見
- EMDB-3381: Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3381
タイトルTranscription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC4-focused)
マップデータsharpened OC4-focused map
試料
  • 試料: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II
  • タンパク質・ペプチド: Transcription Factor IIA
  • タンパク質・ペプチド: Transcription Factor IIB
  • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: Transcription Factor IIE
  • タンパク質・ペプチド: Transcription Factor IIF
  • DNA: synthetic promoter DNA construct (open)
キーワードGene expression / Transcription initiation
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.09 Å
データ登録者Plaschka C / Hantsche M / Dienemann C / Burzinski C / Plitzko J / Cramer P
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening.
著者: C Plaschka / M Hantsche / C Dienemann / C Burzinski / J Plitzko / P Cramer /
要旨: Transcription of eukaryotic protein-coding genes begins with assembly of the RNA polymerase (Pol) II initiation complex and promoter DNA opening. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...Transcription of eukaryotic protein-coding genes begins with assembly of the RNA polymerase (Pol) II initiation complex and promoter DNA opening. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of yeast initiation complexes containing closed and open DNA at resolutions of 8.8 Å and 3.6 Å, respectively. DNA is positioned and retained over the Pol II cleft by a network of interactions between the TATA-box-binding protein TBP and transcription factors TFIIA, TFIIB, TFIIE, and TFIIF. DNA opening occurs around the tip of the Pol II clamp and the TFIIE 'extended winged helix' domain, and can occur in the absence of TFIIH. Loading of the DNA template strand into the active centre may be facilitated by movements of obstructing protein elements triggered by allosteric binding of the TFIIE 'E-ribbon' domain. The results suggest a unified model for transcription initiation with a key event, the trapping of open promoter DNA by extended protein-protein and protein-DNA contacts.
履歴
登録2016年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月13日-
マップ公開2016年5月18日-
更新2016年6月15日-
現状2016年6月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3381.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3381.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened OC4-focused map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 300 pix.
= 405. Å		1.35 Å/pix.
x 300 pix.
= 405. Å		1.35 Å/pix.
x 300 pix.
= 405. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.11503202 - 0.19852653
平均 (標準偏差)-0.00011978 (±0.00388128)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 405.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z405.000405.000405.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1150.199-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)

全体名称: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)
要素
  • 試料: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II
  • タンパク質・ペプチド: Transcription Factor IIA
  • タンパク質・ペプチド: Transcription Factor IIB
  • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: Transcription Factor IIE
  • タンパク質・ペプチド: Transcription Factor IIF
  • DNA: synthetic promoter DNA construct (open)

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超分子 #1000: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)

超分子名称: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 7
分子量理論値: 890 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNA polymerase II / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 513 KDa

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分子 #2: Transcription Factor IIA

分子名称: Transcription Factor IIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TFIIA / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 45 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pOPINE

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分子 #3: Transcription Factor IIB

分子名称: Transcription Factor IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: TFIIB / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 38 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pET21b

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分子 #4: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: TBP, SPT15 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 27 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pOPINE

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分子 #5: Transcription Factor IIE

分子名称: Transcription Factor IIE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: TFIIE / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 91 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pET21

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分子 #6: Transcription Factor IIF

分子名称: Transcription Factor IIF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: TFIIF / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 129 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pETDuet-1

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分子 #7: synthetic promoter DNA construct (open)

分子名称: synthetic promoter DNA construct (open) / タイプ: dna / ID: 7 / 詳細: Contains a 15 nucleotide mismatch bubble / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 44 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM HEPES-KOH pH 7.5, 150 mM potassium acetate, 2 mM MgCl2, 5 mM DTT
グリッド詳細: R3.5/1 holey carbon grids (Quantifoil)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Quantifoil R 3.5/1 holey carbon grids were glow-discharged before deposition of 4.5 microliters of sample. Grids were then blotted for 8.5 s and plunge-frozen in liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2016年4月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1756 / 平均電子線量: 33 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.09 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 109466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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