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万見
- EMDB-3305: Structure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA (locally-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3305
タイトルStructure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA (locally-refined BC core)
マップデータLocally-refined BC-core of human TFIID-IIA bound to super core promoter DNA
試料
  • 試料: Human TFIID-TFIIA complex bound to super core promoter DNA
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IID
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIA
  • DNA: Super core promoter
キーワードTFIID / TFIIA / transcription / RNA polymerase II / general transcription factors / preinitiation complex / core promoter / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / DNA-templated transcription open complex formation / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / DNA-templated transcription open complex formation / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / SLIK (SAGA-like) complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of androgen receptor activity / maintenance of protein location in nucleus / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear vitamin D receptor binding / regulation of fat cell differentiation / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / SAGA complex / nuclear thyroid hormone receptor binding / inner cell mass cell proliferation / midbrain development / cellular response to ATP / histone acetyltransferase binding / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / ubiquitin conjugating enzyme activity / aryl hydrocarbon receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / MLL1 complex / TFIIB-class transcription factor binding / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / negative regulation of cell cycle / P-TEFb complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of DNA repair / core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / estrogen receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / nuclear receptor binding / peptidyl-threonine phosphorylation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / lysine-acetylated histone binding / negative regulation of protein kinase activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression / euchromatin / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / response to organic cyclic compound / protein polyubiquitination / cellular response to UV / G2/M transition of mitotic cell cycle / p53 binding / positive regulation of protein binding / cell junction / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / protein autophosphorylation / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins ...TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / TBP domain superfamily / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Louder RK / He Y / Lopez-Blanco JR / Fang J / Chacon P / Nogales E
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of promoter-bound TFIID and model of human pre-initiation complex assembly.
著者: Robert K Louder / Yuan He / José Ramón López-Blanco / Jie Fang / Pablo Chacón / Eva Nogales /
要旨: The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the ...The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the core promoter. TFIID comprises the TATA-binding protein (TBP) and 13 TBP-associated factors (TAF1-13), which specifically interact with a variety of core promoter DNA sequences. Here we present the structure of human TFIID in complex with TFIIA and core promoter DNA, determined by single-particle cryo-electron microscopy at sub-nanometre resolution. All core promoter elements are contacted by subunits of TFIID, with TAF1 and TAF2 mediating major interactions with the downstream promoter. TFIIA bridges the TBP-TATA complex with lobe B of TFIID. We also present the cryo-electron microscopy reconstruction of a fully assembled human TAF-less PIC. Superposition of common elements between the two structures provides novel insights into the general role of TFIID in promoter recognition, PIC assembly, and transcription initiation.
履歴
登録2016年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年2月3日-
マップ公開2016年3月30日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5fur
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5fur
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3305.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally-refined BC-core of human TFIID-IIA bound to super core promoter DNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 384 pix.
= 506.88 Å		1.32 Å/pix.
x 384 pix.
= 506.88 Å		1.32 Å/pix.
x 384 pix.
= 506.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.02489047 - 0.04919277
平均 (標準偏差)0.00008145 (±0.00130076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 506.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z506.880506.880506.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0250.0490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human TFIID-TFIIA complex bound to super core promoter DNA

全体名称: Human TFIID-TFIIA complex bound to super core promoter DNA
要素
  • 試料: Human TFIID-TFIIA complex bound to super core promoter DNA
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IID
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIA
  • DNA: Super core promoter

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超分子 #1000: Human TFIID-TFIIA complex bound to super core promoter DNA

超分子名称: Human TFIID-TFIIA complex bound to super core promoter DNA
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3
分子量理論値: 1.34 MDa

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分子 #1: General transcription factor IID

分子名称: General transcription factor IID / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TFIID / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa / 別称: Human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear extract
分子量理論値: 1.26 MDa

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分子 #2: General transcription factor IIA

分子名称: General transcription factor IIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TFIIA / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 27 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: Super core promoter

分子名称: Super core promoter / タイプ: dna / ID: 3 / Name.synonym: SCP
詳細: The super core promoter is a composite sequence combining promoter motifs from several strong promoters from humans and D. melanogaster.
分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56 KDa
配列文字列:
GAAGGGCGCC TATAAAAGGG GGTGGGGGCG CGTTCGTCCT CAGTCGCGAT CGAACACTCG AGCCGAGCAG ACGTGCCTAC GGACCATGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
詳細: 10 mM HEPES, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 3% trehalose 1 mM DTT, 0.0125% NP-40
グリッド詳細: Amorphous continuous carbon over C-flat holey carbon support (4 um holes with 2 um spacing) on 400 mesh copper grid.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Incubate 4 ul of sample on grid for 10 minutes, then blot for 4 seconds with force 15.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
詳細The camera was operated in counting mode with a dose rate of 8 electrons/pixel per second, with a total exposure time of 10 seconds fractionated over 20 frames.
日付2014年8月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1253 / 平均電子線量: 46 e/Å2
詳細: Whole-micrograph drift correction was performed using MotionCorr before averaging the frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37879 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Final rounds of 3D image classification and refinement were performed within a mask around the promoter-bound BC-core of TFIID, comprising lobes A2, B, and C.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND4, RELION, Bsoft
詳細: After whole micrograph drift correction, per-particle beam-induced motion and radiation damage were corrected using the particle polishing procedure within RELION. Final map was filtered ...詳細: After whole micrograph drift correction, per-particle beam-induced motion and radiation damage were corrected using the particle polishing procedure within RELION. Final map was filtered according to local resolution using Bsoft.
使用した粒子像数: 22050
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1nvp

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5fur:
Structure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4rgw

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5fur:
Structure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

4atg

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5fur:
Structure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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