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- EMDB-3236: Electron cryo-microscopy of filamentous flexible virus PepMV (Pep... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3236
タイトルElectron cryo-microscopy of filamentous flexible virus PepMV (Pepino Mosaic Virus)
マップデータCryoEM map of PepMV, a Potexvirus.
試料
  • 試料: Pepino Mosaic Virus, PepMV
  • ウイルス: Pepino mosaic virus (ウイルス)
キーワードPepMV / filamentous plant virus / Potexvirus / helical symmetry
機能・相同性Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein / viral capsid / structural molecule activity / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Pepino mosaic virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Agirrezabala X / Mendez-Lopez E / Lasso G / Sanchez-Pina MA / Aranda MA / Valle M
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: The near-atomic cryoEM structure of a flexible filamentous plant virus shows homology of its coat protein with nucleoproteins of animal viruses.
著者: Xabier Agirrezabala / Eduardo Méndez-López / Gorka Lasso / M Amelia Sánchez-Pina / Miguel Aranda / Mikel Valle /
要旨: Flexible filamentous viruses include economically important plant pathogens. Their viral particles contain several hundred copies of a helically arrayed coat protein (CP) protecting a (+)ssRNA. We ...Flexible filamentous viruses include economically important plant pathogens. Their viral particles contain several hundred copies of a helically arrayed coat protein (CP) protecting a (+)ssRNA. We describe here a structure at 3.9 Å resolution, from electron cryomicroscopy, of Pepino mosaic virus (PepMV), a representative of the genus Potexvirus (family Alphaflexiviridae). Our results allow modeling of the CP and its interactions with viral RNA. The overall fold of PepMV CP resembles that of nucleoproteins (NPs) from the genus Phlebovirus (family Bunyaviridae), a group of enveloped (-)ssRNA viruses. The main difference between potexvirus CP and phlebovirus NP is in their C-terminal extensions, which appear to determine the characteristics of the distinct multimeric assemblies - a flexuous, helical rod or a loose ribonucleoprotein. The homology suggests gene transfer between eukaryotic (+) and (-)ssRNA viruses.
履歴
登録2015年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月18日-
マップ公開2015年12月23日-
更新2016年8月24日-
現状2016年8月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5fn1
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5fn1
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5fn1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3236_pep...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of PepMV, a Potexvirus.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-3.56212592 - 5.79709911
平均 (標準偏差)0.00825807 (±0.77862281)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-74
サイズ130130150
Spacing130130150
セルA: 176.8 Å / B: 176.8 Å / C: 204.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z130130150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z176.800176.800204.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-74
NC/NR/NS130130150
D min/max/mean-3.5625.7970.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pepino Mosaic Virus, PepMV

全体名称: Pepino Mosaic Virus, PepMV
要素
  • 試料: Pepino Mosaic Virus, PepMV
  • ウイルス: Pepino mosaic virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Pepino Mosaic Virus, PepMV

超分子名称: Pepino Mosaic Virus, PepMV / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helical symmetry / Number unique components: 1
分子量理論値: 35 MDa

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超分子 #1: Pepino mosaic virus

超分子名称: Pepino mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 112229 / 生物種: Pepino mosaic virus / Sci species strain: PepMV-Sp13 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Solanum lycopersicum (トマト) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
Host system生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
分子量理論値: 35 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris-citric acid
グリッド詳細: Quantifoil R 2/2 holey carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年2月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 100 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Every image is the average of 25 frames recorded by direct electron detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 102987 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Spring software used
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.95 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 41.1 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spring, EMAN2, CTFTILT
CTF補正詳細: Each partcile phase flipping

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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