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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32194 | |||||||||
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タイトル | Coxsackievirus B3 (VP3-234Q) incubation with CD55 at pH7.4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) ...: / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ficolin-1-rich granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / side of membrane / : / 小胞 / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / complement activation, classical pathway / picornain 3C / secretory granule membrane / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / Regulation of Complement cascade / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / positive regulation of T cell cytokine production / nucleoside-triphosphate phosphatase / virus receptor activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / 脂質ラフト / RNA依存性RNAポリメラーゼ / ゴルジ体 / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / 自然免疫系 / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / structural molecule activity / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang QL / Liu CC | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Molecular basis of differential receptor usage for naturally occurring CD55-binding and -nonbinding coxsackievirus B3 strains. 著者: Qingling Wang / Qian Yang / Congcong Liu / Guoqing Wang / Hao Song / Guijun Shang / Ruchao Peng / Xiao Qu / Sheng Liu / Yingzi Cui / Peiyi Wang / Wenbo Xu / Xin Zhao / Jianxun Qi / Mengsu Yang / George F Gao / 要旨: Receptor usage defines cell tropism and contributes to cell entry and infection. Coxsackievirus B (CVB) engages coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR), and selectively utilizes the decay- ...Receptor usage defines cell tropism and contributes to cell entry and infection. Coxsackievirus B (CVB) engages coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR), and selectively utilizes the decay-accelerating factor (DAF; CD55) to infect cells. However, the differential receptor usage mechanism for CVB remains elusive. This study identified VP3-234 residues (234Q/N/V/D/E) as critical population selection determinants during CVB3 virus evolution, contributing to diverse binding affinities to CD55. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of CD55-binding/nonbinding isolates and their complexes with CD55 or CAR were obtained under both neutral and acidic conditions, and the molecular mechanism of VP3-234 residues determining CD55 affinity/specificity for naturally occurring CVB3 strains was elucidated. Structural and biochemical studies in vitro revealed the dynamic entry process of CVB3 and the function of the uncoating receptor CAR with different pH preferences. This work provides detailed insight into the molecular mechanism of CVB infection and contributes to an in-depth understanding of enterovirus attachment receptor usage. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32194.map.gz | 84.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32194-v30.xml emd-32194.xml | 20.4 KB 20.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32194_fsc.xml | 15.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32194.png | 121.6 KB | ||
マスクデータ | emd_32194_msk_1.map | 307.5 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32194 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32194 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vy5MC 7vxhC 7vxzC 7vy0C 7vy6C 7vykC 7vylC 7vymC 7w14C 7w17C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_32194_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus B3
全体 | 名称: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Coxsackievirus B3
超分子 | 名称: Coxsackievirus B3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 12072 / 生物種: Coxsackievirus B3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 30.167762 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: RVADTVGTGP TNSEAIPALT AAETGHTSQV VPGDTMQTRH VKNYHSRSES TIENFLCRSA CVYFTEYENS GAKRYAEWVL TPRQAAQLR RKLEFFTYVR FDLELTFVIT STQQPSTTQN QDAQILTHQI MYVPPGGPVP DKVDSYVWQT STNPSVFWTE G NAPPRMSI ...文字列: RVADTVGTGP TNSEAIPALT AAETGHTSQV VPGDTMQTRH VKNYHSRSES TIENFLCRSA CVYFTEYENS GAKRYAEWVL TPRQAAQLR RKLEFFTYVR FDLELTFVIT STQQPSTTQN QDAQILTHQI MYVPPGGPVP DKVDSYVWQT STNPSVFWTE G NAPPRMSI PFLSIGNAYS NFYDGWSEFS RNGVYGINTL NNMGTLYARH VNAGSTGPIK STIRIYFKPK HVKAWIPRPP RL CQYEKAK NVNFQPSGVT TTRQSITTMT N |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.076682 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GYSDRARSIT LGNSTITTQE CANVVVGYGV WPDYLKDSEA TAEDQPTQPD VATCRFYTLD SVQWQKTSPG WWWKLPDALS NLGLFGQNM QYHYLGRTGY TVHVQCNASK FHQGCLLVVC VPEAEMGCAT LDNTPSSAEL LGGDSAKEFA DKPVASGSNK L VQRVVYNA ...文字列: GYSDRARSIT LGNSTITTQE CANVVVGYGV WPDYLKDSEA TAEDQPTQPD VATCRFYTLD SVQWQKTSPG WWWKLPDALS NLGLFGQNM QYHYLGRTGY TVHVQCNASK FHQGCLLVVC VPEAEMGCAT LDNTPSSAEL LGGDSAKEFA DKPVASGSNK L VQRVVYNA GMGVGVGNLT IFPHQWINLR TNNSATIVMP YTNSVPMDNM FRHNNVTLMV IPFVPLDYCP GSTTYVPITV TI APMCAEY NGLRLAGHQ |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.227725 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GLPTMNTPGS CQFLTSDDFQ SPSAMPQYDV TPEMRIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVQNVGE KVNSMEAYQI PVRSNEGSGT QVFGFPLQP GYSSVFSRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GAPTKRVDAM LGTHVVWDVG L QSSCVLCI ...文字列: GLPTMNTPGS CQFLTSDDFQ SPSAMPQYDV TPEMRIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVQNVGE KVNSMEAYQI PVRSNEGSGT QVFGFPLQP GYSSVFSRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GAPTKRVDAM LGTHVVWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRY VTSDEYTAGG FITCWYQTNI VVPADAQSSC YIMCFVSACN DFSVRLLKDT PFISQQNFFQ |
-分子 #4: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) 株: Nancy |
分子量 | 理論値: 7.349039 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GAQVSTQKTG AHETGLNASG NSIIHYTNIN YYKDAASNSA NRQDFTQDPG KFTEPVKDIM IKSLPALN |
-分子 #5: Complement decay-accelerating factor
分子 | 名称: Complement decay-accelerating factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.535401 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: CEVPTRLNSA SLKQPYITQN YFPVGTVVEY ECRPGYRREP SLSPKLTCLQ NLKWSTAVEF CKKKSCPNPG EIRNGQIDVP GGILFGATI SFSCNTGYKL FGSTSSFCLI SGSSVQWSDP LPEC |
-分子 #6: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |