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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31182 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis DCL1 in complex with pre-miRNA 166f | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MicroRNA / miRNA / Endonuclease / Helicase / Hydrolase / Nuclease / RNA-binding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ta-siRNA processing / ribonuclease III activity / siRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / helicase activity / rRNA processing / double-stranded RNA binding / DNA binding / RNA binding / ATP binding ...ta-siRNA processing / ribonuclease III activity / siRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / helicase activity / rRNA processing / double-stranded RNA binding / DNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wei X / Ke H | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021 タイトル: Structural basis of microRNA processing by Dicer-like 1. 著者: Xiaobin Wei / Huanhuan Ke / Aijia Wen / Bo Gao / Jing Shi / Yu Feng / 要旨: MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that inhibit the expression of target genes by directly binding to their mRNAs. In animals, pri-miRNAs are cleaved by Drosha to generate pre-miRNAs, which ...MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that inhibit the expression of target genes by directly binding to their mRNAs. In animals, pri-miRNAs are cleaved by Drosha to generate pre-miRNAs, which are subsequently cleaved by Dicer to generate mature miRNAs. Instead of being cleaved by two different enzymes, both cleavages in plants are performed by Dicer-like 1 (DCL1). With a similar domain architecture as human Dicer, it is mysterious how DCL1 recognizes pri-miRNAs and performs two cleavages sequentially. Here, we report the single-particle cryo-electron microscopy structures of Arabidopsis DCL1 complexed with a pri-miRNA and a pre-miRNA, respectively, in cleavage-competent states. These structures uncover the plasticity of the PAZ domain, which is critical for the recognition of both pri-miRNA and pre-miRNA. These structures suggest that the helicase module serves as an engine that transfers the substrate between two sequential cleavage events. This study lays a foundation for dissecting the regulation mechanism of miRNA biogenesis in plants and provides insights into the dicing state of human Dicer. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31182.map.gz | 23 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31182-v30.xml emd-31182.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31182.png | 50.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31182.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31182 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31182_validation.pdf.gz | 433 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31182_full_validation.pdf.gz | 432.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31182_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31182_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31182 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Binary complex of DCL1 in complex with pre-miRNA 166f
全体 | 名称: Binary complex of DCL1 in complex with pre-miRNA 166f |
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要素 |
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-超分子 #1: Binary complex of DCL1 in complex with pre-miRNA 166f
超分子 | 名称: Binary complex of DCL1 in complex with pre-miRNA 166f タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Endoribonuclease Dicer homolog 1
分子 | 名称: Endoribonuclease Dicer homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 213.859344 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MVMEDEPREA TIKPSYWLDA CEDISCDLID DLVSEFDPSS VAVNESTDEN GVINDFFGGI DHILDSIKNG GGLPNNGVSD TNSQINEVT VTPQVIAKET VKENGLQKNG GKRDEFSKEE GDKDRKRARV CSYQSERSNL SGRGHVNNSR EGDRFMNRKR T RNWDEAGN ...文字列: MVMEDEPREA TIKPSYWLDA CEDISCDLID DLVSEFDPSS VAVNESTDEN GVINDFFGGI DHILDSIKNG GGLPNNGVSD TNSQINEVT VTPQVIAKET VKENGLQKNG GKRDEFSKEE GDKDRKRARV CSYQSERSNL SGRGHVNNSR EGDRFMNRKR T RNWDEAGN NKKKRECNNY RRDGRDREVR GYWERDKVGS NELVYRSGTW EADHERDVKK VSGGNRECDV KAEENKSKPE ER KEKVVEE QARRYQLDVL EQAKAKNTIA FLETGAGKTL IAILLIKSVH KDLMSQNRKM LSVFLVPKVP LVYQQAEVIR NQT CFQVGH YCGEMGQDFW DSRRWQREFE SKQVLVMTAQ ILLNILRHSI IRMETIDLLI LDECHHAVKK HPYSLVMSEF YHTT PKDKR PAIFGMTASP VNLKGVSSQV DCAIKIRNLE TKLDSTVCTI KDRKELEKHV PMPSEIVVEY DKAATMWSLH ETIKQ MIAA VEEAAQASSR KSKWQFMGAR DAGAKDELRQ VYGVSERTES DGAANLIHKL RAINYTLAEL GQWCAYKVGQ SFLSAL QSD ERVNFQVDVK FQESYLSEVV SLLQCELLEG AAAEKVAAEV GKPENGNAHD EMEEGELPDD PVVSGGEHVD EVIGAAV AD GKVTPKVQSL IKLLLKYQHT ADFRAIVFVE RVVAALVLPK VFAELPSLSF IRCASMIGHN NSQEMKSSQM QDTISKFR D GHVTLLVATS VAEEGLDIRQ CNVVMRFDLA KTVLAYIQSR GRARKPGSDY ILMVERGNVS HAAFLRNARN SEETLRKEA IERTDLSHLK DTSRLISIDA VPGTVYKVEA TGAMVSLNSA VGLVHFYCSQ LPGDRYAILR PEFSMEKHEK PGGHTEYSCR LQLPCNAPF EILEGPVCSS MRLAQQAVCL AACKKLHEMG AFTDMLLPDK GSGQDAEKAD QDDEGEPVPG TARHREFYPE G VADVLKGE WVSSGKEVCE SSKLFHLYMY NVRCVDFGSS KDPFLSEVSE FAILFGNELD AEVLSMSMDL YVARAMITKA SL AFKGSLD ITENQLSSLK KFHVRLMSIV LDVDVEPSTT PWDPAKAYLF VPVTDNTSME PIKGINWELV EKITKTTAWD NPL QRARPD VYLGTNERTL GGDRREYGFG KLRHNIVFGQ KSHPTYGIRG AVASFDVVRA SGLLPVRDAF EKEVEEDLSK GKLM MADGC MVAEDLIGKI VTAAHSGKRF YVDSICYDMS AETSFPRKEG YLGPLEYNTY ADYYKQKYGV DLNCKQQPLI KGRGV SYCK NLLSPRFEQS GESETVLDKT YYVFLPPELC VVHPLSGSLI RGAQRLPSIM RRVESMLLAV QLKNLISYPI PTSKIL EAL TAASCQETFC YERAELLGDA YLKWVVSRFL FLKYPQKHEG QLTRMRQQMV SNMVLYQFAL VKGLQSYIQA DRFAPSR WS APGVPPVFDE DTKDGGSSFF DEEQKPVSEE NSDVFEDGEM EDGELEGDLS SYRVLSSKTL ADVVEALIGV YYVEGGKI A ANHLMKWIGI HVEDDPDEVD GTLKNVNVPE SVLKSIDFVG LERALKYEFK EKGLLVEAIT HASRPSSGVS CYQRLEFVG DAVLDHLITR HLFFTYTSLP PGRLTDLRAA AVNNENFARV AVKHKLHLYL RHGSSALEKQ IREFVKEVQT ESSKPGFNSF GLGDCKAPK VLGDIVESIA GAIFLDSGKD TTAAWKVFQP LLQPMVTPET LPMHPVRELQ ERCQQQAEGL EYKASRSGNT A TVEVFIDG VQVGVAQNPQ KKMAQKLAAR NALAALKEKE IAESKEKHIN NGNAGEDQGE NENGNKKNGH QPFTRQTLND IC LRKNWPM PSYRCVKEGG PAHAKRFTFG VRVNTSDRGW TDECIGEPMP SVKKAKDSAA VLLLELLNKT FS UniProtKB: Endoribonuclease Dicer homolog 1 |
-分子 #2: pre-miRNA 166f
分子 | 名称: pre-miRNA 166f / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 28.454812 KDa |
配列 | 文字列: UGAAUGAUGC CUGGCUCGAG ACCAUUCAAU CUCAUGAUCU CAUGAUUAUA ACGAUGAUGA UGAUGAUGUC GGACCAGGCU UCAUUCCCC GENBANK: GENBANK: AB016875.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 300148 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |