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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3099 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a human translation termination complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of a human translation termination complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | human / 80S / ribosome / eRF1 / translation termination / CMV / stalling | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay ...translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Protein hydroxylation / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / cytosolic ribosome / rough endoplasmic reticulum / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ribosome binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / postsynaptic density / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Matheisl S / Berninghausen O / Becker T / Beckmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2015 タイトル: Structure of a human translation termination complex. 著者: Sarah Matheisl / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Roland Beckmann / 要旨: In contrast to bacteria that have two release factors, RF1 and RF2, eukaryotes only possess one unrelated release factor eRF1, which recognizes all three stop codons of the mRNA and hydrolyses the ...In contrast to bacteria that have two release factors, RF1 and RF2, eukaryotes only possess one unrelated release factor eRF1, which recognizes all three stop codons of the mRNA and hydrolyses the peptidyl-tRNA bond. While the molecular basis for bacterial termination has been elucidated, high-resolution structures of eukaryotic termination complexes have been lacking. Here we present a 3.8 Å structure of a human translation termination complex with eRF1 decoding a UAA(A) stop codon. The complex was formed using the human cytomegalovirus (hCMV) stalling peptide, which perturbs the peptidyltransferase center (PTC) to silence the hydrolysis activity of eRF1. Moreover, unlike sense codons or bacterial stop codons, the UAA stop codon adopts a U-turn-like conformation within a pocket formed by eRF1 and the ribosome. Inducing the U-turn conformation for stop codon recognition rationalizes how decoding by eRF1 includes monitoring geometry in order to discriminate against sense codons. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3099.map.gz | 263 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3099-v30.xml emd-3099.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3099.png | 587.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3099 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3099_validation.pdf.gz | 370.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3099_full_validation.pdf.gz | 369.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3099_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3099 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of a human translation termination complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.062 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CMV stalled human 80S ribosome bound to the translation terminati...
全体 | 名称: CMV stalled human 80S ribosome bound to the translation termination factor eRF1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: CMV stalled human 80S ribosome bound to the translation terminati...
超分子 | 名称: CMV stalled human 80S ribosome bound to the translation termination factor eRF1 タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 4.5 MDa / 理論値: 4.5 MDa / 手法: Sedimentation |
-超分子 #1: Human 80S ribosome
超分子 | 名称: Human 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa S3 spinner cells |
分子量 | 実験値: 4.5 MDa / 理論値: 4.5 MDa |
-分子 #1: translation termination factor eRF1
分子 | 名称: translation termination factor eRF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: HUMAN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES, 100 mM KOAc, 2.5 mM Mg(OAc)2, 0.25 mM spermidine, 2 mM DTT, 0.06 U/uL RNasin (Ambion), 1/625 EDTA-free complete protease inhibitor (Roche) |
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グリッド | 詳細: 2 nm pre-coated Quantifoil R3/3 holey carbon supported grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2015年3月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 3 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: defocus groups |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider 詳細: Since images from microscopy were processed in the absence of spatial frequencies higher than 8 A, a FSC cut-off value of 0.143 was used for average resolution determination of 3.9 A (Scheres and Chen, 2012). 使用した粒子像数: 33165 |