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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30809 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of DfgA-B at 2.54 angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Domain of unknown function DUF6379 / Domain of unknown function (DUF6379) / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / isomerase activity / metal ion binding / DUF6379 domain-containing protein / Sugar phosphate isomerase/epimerase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Eubacterium cellulosolvens (バクテリア) / [Eubacterium] cellulosolvens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å | |||||||||
データ登録者 | Mori T / Moriya T / Adachi N / Kawasaki M / Senda T / Abe I | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: C-Glycoside metabolism in the gut and in nature: Identification, characterization, structural analyses and distribution of C-C bond-cleaving enzymes. 著者: Takahiro Mori / Takuto Kumano / Haibing He / Satomi Watanabe / Miki Senda / Toshio Moriya / Naruhiko Adachi / Sanae Hori / Yuzu Terashita / Masato Kawasaki / Yoshiteru Hashimoto / Takayoshi ...著者: Takahiro Mori / Takuto Kumano / Haibing He / Satomi Watanabe / Miki Senda / Toshio Moriya / Naruhiko Adachi / Sanae Hori / Yuzu Terashita / Masato Kawasaki / Yoshiteru Hashimoto / Takayoshi Awakawa / Toshiya Senda / Ikuro Abe / Michihiko Kobayashi / 要旨: C-Glycosides, in which a sugar moiety is linked via a carbon-carbon (C-C) bond to a non-sugar moiety (aglycone), are found in our food and medicine. The C-C bond is cleaved by intestinal microbes and ...C-Glycosides, in which a sugar moiety is linked via a carbon-carbon (C-C) bond to a non-sugar moiety (aglycone), are found in our food and medicine. The C-C bond is cleaved by intestinal microbes and the resulting aglycones exert various bioactivities. Although the enzymes responsible for the reactions have been identified, their catalytic mechanisms and the generality of the reactions in nature remain to be explored. Here, we present the identification and structural basis for the activation of xenobiotic C-glycosides by heterocomplex C-deglycosylation enzymes from intestinal and soil bacteria. They are found to be metal-dependent enzymes exhibiting broad substrate specificity toward C-glycosides. X-ray crystallographic and cryo-electron microscopic analyses, as well as structure-based mutagenesis, reveal the structural details of these enzymes and the detailed catalytic mechanisms of their remarkable C-C bond cleavage reactions. Furthermore, bioinformatic and biochemical analyses suggest that the C-deglycosylation enzymes are widely distributed in the gut, soil, and marine bacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30809.map.gz | 392.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30809-v30.xml emd-30809.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30809_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30809.png | 81.7 KB | ||
マスクデータ | emd_30809_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_30809_half_map_1.map.gz emd_30809_half_map_2.map.gz | 337.4 MB 338.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30809 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30809 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30809_validation.pdf.gz | 569.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30809_full_validation.pdf.gz | 569.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30809_validation.xml.gz | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30809_validation.cif.gz | 32.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30809 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30809 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.676 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_30809_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_30809_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_30809_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DfgA-B
全体 | 名称: DfgA-B |
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要素 |
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-超分子 #1: DfgA-B
超分子 | 名称: DfgA-B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: heterodimer complex of DfgA and DfgB |
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由来(天然) | 生物種: Eubacterium cellulosolvens (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: DfgA
分子 | 名称: DfgA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: [Eubacterium] cellulosolvens (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MYRYEKKGPK RGVALYSYSA EFGLTKTLED CFEDLHDMGA HGIEILANTH IENYPYPTDE WVEKWWRLCD KYEIVPVEYG NWIDSHVLGD RDLTTEESVE MLKRDIRLAH RLGFTVMRTK MPVINDLLEP VENWKEIIKG ALPLAEELGI KMCPEIHTPS NLKGKLVNDF ...文字列: MYRYEKKGPK RGVALYSYSA EFGLTKTLED CFEDLHDMGA HGIEILANTH IENYPYPTDE WVEKWWRLCD KYEIVPVEYG NWIDSHVLGD RDLTTEESVE MLKRDIRLAH RLGFTVMRTK MPVINDLLEP VENWKEIIKG ALPLAEELGI KMCPEIHTPS NLKGKLVNDF VEFIKETGTK NFGLNIDFSV FRTSFAEGEW VDPNYTPNKP EDIIPLLPYV YCCHAKFIHM SDDFKETTIP YEEVVKTMED NGYEGYLLSE YEGADKYDEG YEVGQTLRKH HILLKNLLGD |
-分子 #2: DfgB
分子 | 名称: DfgB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: [Eubacterium] cellulosolvens (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEKQVIQSVG FRNIKNGNGE ITGFQFKVKL PYYRGVFLSQ IRPGTLFVDG QKIEKDQITW TINGEEYTNQ EMRGDFKTHW ATTKPAVLKV KMPGGLAQGY HDLKYGFCFT SSYMPPIIQD GLDPDKESMV YMPEFGHHVN ERRLLIVKEE AAALEHHHHH H |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was washed by acetone prior to use. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time was 20 seconds (blot force 0). | |||||||||
詳細 | This sample was mono-disperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1664 / 平均露光時間: 62.06 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 150000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7dre: |