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- EMDB-30647: Structure of Calcium-Sensing Receptor in complex with Evocalcet -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30647
タイトルStructure of Calcium-Sensing Receptor in complex with Evocalcet
マップデータFull map
試料
  • 細胞: Calcium-Sensing Receptor in complex with Evocalcet
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-Sensing Receptor
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: TRYPTOPHAN
  • リガンド: 2-[4-[(3S)-3-[[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]amino]pyrrolidin-1-yl]phenyl]ethanoic acid
キーワードCaSR / Calcium-Sensing Receptor / Evocalcet / MEMBRANE PROTEIN
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wen TL / Yang X
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural basis for activation and allosteric modulation of full-length calcium-sensing receptor.
著者: Tianlei Wen / Ziyu Wang / Xiaozhe Chen / Yue Ren / Xuhang Lu / Yangfei Xing / Jing Lu / Shenghai Chang / Xing Zhang / Yuequan Shen / Xue Yang /
要旨: Calcium-sensing receptor (CaSR) is a class C G protein-coupled receptor (GPCR) that plays an important role in calcium homeostasis and parathyroid hormone secretion. Here, we present multiple cryo- ...Calcium-sensing receptor (CaSR) is a class C G protein-coupled receptor (GPCR) that plays an important role in calcium homeostasis and parathyroid hormone secretion. Here, we present multiple cryo-electron microscopy structures of full-length CaSR in distinct ligand-bound states. Ligands (Ca and l-tryptophan) bind to the extracellular domain of CaSR and induce large-scale conformational changes, leading to the closure of two heptahelical transmembrane domains (7TMDs) for activation. The positive modulator (evocalcet) and the negative allosteric modulator (NPS-2143) occupy the similar binding pocket in 7TMD. The binding of NPS-2143 causes a considerable rearrangement of two 7TMDs, forming an inactivated TM6/TM6 interface. Moreover, a total of 305 disease-causing missense mutations of CaSR have been mapped to the structure in the active state, creating hotspot maps of five clinical endocrine disorders. Our results provide a structural framework for understanding the activation, allosteric modulation mechanism, and disease therapy for class C GPCRs.
履歴
登録2020年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dd7
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30647.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30647.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.2 Å		1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.2 Å		1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24 / ムービー #1: 0.24
最小 - 最大-1.4567866 - 2.3846855
平均 (標準偏差)-0.0009641979 (±0.051175322)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 304.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.200304.200304.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1229869
NX/NY/NZ377377377
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-1.4572.385-0.001

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添付データ

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追加マップ: EM map for TM domain

ファイルemd_30647_additional_1.map
注釈EM map for TM domain
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: ECD

ファイルemd_30647_additional_2.map
注釈ECD
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Calcium-Sensing Receptor in complex with Evocalcet

全体名称: Calcium-Sensing Receptor in complex with Evocalcet
要素
  • 細胞: Calcium-Sensing Receptor in complex with Evocalcet
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-Sensing Receptor
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: TRYPTOPHAN
  • リガンド: 2-[4-[(3S)-3-[[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]amino]pyrrolidin-1-yl]phenyl]ethanoic acid

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超分子 #1: Calcium-Sensing Receptor in complex with Evocalcet

超分子名称: Calcium-Sensing Receptor in complex with Evocalcet / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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分子 #1: Calcium-Sensing Receptor

分子名称: Calcium-Sensing Receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 119.314234 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTLYSCCLIL LLFTWNTAAY GPNQRAQKKG DIILGGLFPI HFGVAAKDQD LKSRPESVEC IRYNFRGFRW LQAMIFAIEE INNSPNLLP NMTLGYRIFD TCNTVSKALE ATLSFVAQNK IDSLNLDEFC NCSEHIPSTI AVVGATGSGV STAVANLLGL F YIPQVSYA ...文字列:
MTLYSCCLIL LLFTWNTAAY GPNQRAQKKG DIILGGLFPI HFGVAAKDQD LKSRPESVEC IRYNFRGFRW LQAMIFAIEE INNSPNLLP NMTLGYRIFD TCNTVSKALE ATLSFVAQNK IDSLNLDEFC NCSEHIPSTI AVVGATGSGV STAVANLLGL F YIPQVSYA SSSRLLSNKN QFKSFLRTIP NDEHQATAMA DIIEYFRWNW VGTIAADDDY GRPGIEKFRE EAEERDICID FS ELISQYS DEEEIQQVVE VIQNSTARVI VVFSSGPDLE PLIKEIVRRN ITGKIWLASE AWASSSLIAM PEFFRVIGST IGF ALKAGQ IPGFREFLQK VHPKKSANNG FAKEFWEETF NCYLPSESKN SPASASFHKA HEEGLGAGNG TAAFRPPCTG DENI TSVET PYMDFTHLRI SYNVYLAVYS IAHALQDIYT CTPGKGLFTN GSCADIKKVE AWQVLKHLRH LNFTSNMGEQ VDFDE FGDL VGNYSIINWH LSPEDGSVVF EEVGHYNVYA KKGERLFINE NKILWSGFSK EVPFSNCSRD CLPGTRKGII EGEPTC CFE CVDCPDGEYS DETDASACDK CPEDYWSNEN HTSCIPKQIE FLSWTEPFGI ALTLFAVLGI FLTSFVLGVF TKFRNTP IV KATNRELSYL LLFSLLCCFS SSLFFIGEPQ NWTCRLRQPA FGISFVLCIS CILVKTNRVL LVFEAKIPTS LHRKWWGL N LQFLLVFLCT FVQIVICVIW LYTAPPSSYR NHELEDEIIF ITCHEGSLMA LGFLIGYTCL LAAICFFFAF KSRKLPENF NEAKFITFSM LIFFIVWISF IPAYASTYGK FVSAVEVIAI LAASFGLLAC IFFNKVYIIL FKPSRNTIEE VRCSTAAHAF KVAARATLR RSNVSRKRSN SLGGSTGSTP SSSISSKSNH EDPFPLPASA ERQRQQQRGC KQKVSFGSGT VTLSLSFEEP Q KNAMANRN AKRRNSLEAQ NSDDSLMRHR ALLALQNSES LSAEPGFQTA SSPETSSQES VVGDNKEEVP NPEAEPSLPS AN SRNFIGT GGSSVTENTV HSLESALEVL FQ

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: TRYPTOPHAN

分子名称: TRYPTOPHAN / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: TRP
分子量理論値: 204.225 Da
Chemical component information

ChemComp-TRP:
TRYPTOPHAN / トリプトファン

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分子 #7: 2-[4-[(3S)-3-[[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]amino]pyrrolidin-1-yl]...

分子名称: 2-[4-[(3S)-3-[[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]amino]pyrrolidin-1-yl]phenyl]ethanoic acid
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: H43
分子量理論値: 374.475 Da
Chemical component information

ChemComp-H43:
2-[4-[(3S)-3-[[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]amino]pyrrolidin-1-yl]phenyl]ethanoic acid / アゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 110530
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7dd7:
Structure of Calcium-Sensing Receptor in complex with Evocalcet

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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