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万見
- EMDB-30617: human potassium-chloride co-transporter KCC4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30617
タイトルhuman potassium-chloride co-transporter KCC4
マップデータ
試料
  • 複合体: potassium-chloride cotransporter 4
    • タンパク質・ペプチド: potassium-chloride co-transporter KCC4
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium import across plasma membrane / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / plasma membrane => GO:0005886 / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport ...ammonium import across plasma membrane / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / plasma membrane => GO:0005886 / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / chemical synaptic transmission / synapse / protein kinase binding / protein-containing complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
K/Cl co-transporter 4 / K/Cl co-transporter / SLC12A transporter family / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xie Y / Chang S / Zhao C / Ye S / Guo J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870724 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structures and an activation mechanism of human potassium-chloride cotransporters.
著者: Yuan Xie / Shenghai Chang / Cheng Zhao / Feng Wang / Si Liu / Jin Wang / Eric Delpire / Sheng Ye / Jiangtao Guo /
要旨: Potassium-chloride cotransporters KCC1 to KCC4 mediate the coupled export of potassium and chloride across the plasma membrane and play important roles in cell volume regulation, auditory system ...Potassium-chloride cotransporters KCC1 to KCC4 mediate the coupled export of potassium and chloride across the plasma membrane and play important roles in cell volume regulation, auditory system function, and γ-aminobutyric acid (GABA) and glycine-mediated inhibitory neurotransmission. Here, we present 2.9- to 3.6-Å resolution structures of full-length human KCC2, KCC3, and KCC4. All three KCCs adopt a similar overall architecture, a domain-swap dimeric assembly, and an inward-facing conformation. The structural and functional studies reveal that one unexpected N-terminal peptide binds at the cytosolic facing cavity and locks KCC2 and KCC4 at an autoinhibition state. The C-terminal domain (CTD) directly interacts with the N-terminal inhibitory peptide, and the relative motions between the CTD and the transmembrane domain (TMD) suggest that CTD regulates KCCs' activities by adjusting the autoinhibitory effect. These structures provide the first glimpse of full-length structures of KCCs and an autoinhibition mechanism among the amino acid-polyamine-organocation transporter superfamily.
履歴
登録2020年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2020年12月30日-
現状2020年12月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d99
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30617.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.023 / ムービー #1: 0.023
最小 - 最大-0.10115795 - 0.17242338
平均 (標準偏差)2.788134e-05 (±0.005600522)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 243.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z243.360243.360243.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1010.1720.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : potassium-chloride cotransporter 4

全体名称: potassium-chloride cotransporter 4
要素
  • 複合体: potassium-chloride cotransporter 4
    • タンパク質・ペプチド: potassium-chloride co-transporter KCC4
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: potassium-chloride cotransporter 4

超分子名称: potassium-chloride cotransporter 4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T

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分子 #1: potassium-chloride co-transporter KCC4

分子名称: potassium-chloride co-transporter KCC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 123.069492 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKH HHHHHENLYF QGMPTNFTVV PVEAHADGGG DETAERTEAP GTPEGPEPER PSPGDGNPRE NSPFLNNVEV EQESFFEGK NMALFEEEMD SNPMVSSLLN KLANYTNLSQ GVVEHEEDEE SRRREAKAPR MGTFIGVYLP CLQNILGVIL F LRLTWIVG ...文字列:
MDYKDDDDKH HHHHHENLYF QGMPTNFTVV PVEAHADGGG DETAERTEAP GTPEGPEPER PSPGDGNPRE NSPFLNNVEV EQESFFEGK NMALFEEEMD SNPMVSSLLN KLANYTNLSQ GVVEHEEDEE SRRREAKAPR MGTFIGVYLP CLQNILGVIL F LRLTWIVG VAGVLESFLI VAMCCTCTML TAISMSAIAT NGVVPAGGSY YMISRSLGPE FGGAVGLCFY LGTTFAGAMY IL GTIEIFL TYISPGAAIF QAEAAGGEAA AMLHNMRVYG TCTLVLMALV VFVGVKYVNK LALVFLACVV LSILAIYAGV IKS AFDPPD IPVCLLGNRT LSRRSFDACV KAYGIHNNSA TSALWGLFCN GSQPSAACDE YFIQNNVTEI QGIPGAASGV FLEN LWSTY AHAGAFVEKK GVPSVPVAEE SRASALPYVL TDIAASFTLL VGIYFPSVTG IMAGSNRSGD LKDAQKSIPT GTILA IVTT SFIYLSCIVL FGACIEGVVL RDKFGEALQG NLVIGMLAWP SPWVIVIGSF FSTCGAGLQS LTGAPRLLQA IARDGI VPF LQVFGHGKAN GEPTWALLLT VLICETGILI ASLDSVAPIL SMFFLMCYLF VNLACAVQTL LRTPNWRPRF KFYHWTL SF LGMSLCLALM FICSWYYALS AMLIAGCIYK YIEYRGAEKE WGDGIRGLSL NAARYALLRV EHGPPHTKNW RPQVLVML N LDAEQAVKHP RLLSFTSQLK AGKGLTIVGS VLEGTYLDKH MEAQRAEENI RSLMSTEKTK GFCQLVVSSS LRDGMSHLI QSAGLGGLKH NTVLMAWPAS WKQEDNPFSW KNFVDTVRDT TAAHQALLVA KNVDSFPQNQ ERFGGGHIDV WWIVHDGGML MLLPFLLRQ HKVWRKCRMR IFTVAQVDDN SIQMKKDLQM FLYHLRISAE VEVVEMVEND ISAFTYERTL MMEQRSQMLK Q MQLSKNEQ EREAQLIHDR NTASHTAAAA RTQAPPTPDK VQMTWTREKL IAEKYRSRDT SLSGFKDLFS MKPDQSNVRR MH TAVKLNG VVLNKSQDAQ LVLLNMPGPP KNRQGDENYM EFLEVLTEGL NRVLLVRGGG REVITIYSWS HPQFEK

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分子 #3: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #4: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95572
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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