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Structure paper

タイトルStructures and an activation mechanism of human potassium-chloride cotransporters.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 6, Issue 50, Year 2020
掲載日2020年12月11日
著者Yuan Xie / Shenghai Chang / Cheng Zhao / Feng Wang / Si Liu / Jin Wang / Eric Delpire / Sheng Ye / Jiangtao Guo /
PubMed 要旨Potassium-chloride cotransporters KCC1 to KCC4 mediate the coupled export of potassium and chloride across the plasma membrane and play important roles in cell volume regulation, auditory system ...Potassium-chloride cotransporters KCC1 to KCC4 mediate the coupled export of potassium and chloride across the plasma membrane and play important roles in cell volume regulation, auditory system function, and γ-aminobutyric acid (GABA) and glycine-mediated inhibitory neurotransmission. Here, we present 2.9- to 3.6-Å resolution structures of full-length human KCC2, KCC3, and KCC4. All three KCCs adopt a similar overall architecture, a domain-swap dimeric assembly, and an inward-facing conformation. The structural and functional studies reveal that one unexpected N-terminal peptide binds at the cytosolic facing cavity and locks KCC2 and KCC4 at an autoinhibition state. The C-terminal domain (CTD) directly interacts with the N-terminal inhibitory peptide, and the relative motions between the CTD and the transmembrane domain (TMD) suggest that CTD regulates KCCs' activities by adjusting the autoinhibitory effect. These structures provide the first glimpse of full-length structures of KCCs and an autoinhibition mechanism among the amino acid-polyamine-organocation transporter superfamily.
リンクSci Adv / PubMed:33310850 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.6 Å
構造データ

30615

7d8z

EMDB-30615, PDB-7d8z:
human potassium-chloride co-transporter KCC2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

30616

7d90

EMDB-30616, PDB-7d90:
human potassium-chloride co-transporter KCC3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

30617

7d99

EMDB-30617, PDB-7d99:
human potassium-chloride co-transporter KCC4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / potassium-chloride / co-transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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