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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zc4 | ||||||
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タイトル | Penicillin-binding protein 2X (PBP 2X) acyl-enzyme complex (tebipenem) from Streptococcus pneumoniae | ||||||
![]() | (Penicillin-binding protein ...) x 3 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL / PENICILLIN-BINDING / ANTIBIOTICS / TEBIPENEM / Antibiotic resistance / Cell cycle / Cell division / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Membrane / Secreted / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamada, M. / Watanabe, T. / Takeuchi, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Biapenem and Tebipenem Complexed with Penicillin-Binding Proteins 2X and 1A from Streptococcus pneumoniae 著者: Yamada, M. / Watanabe, T. / Baba, N. / Takeuchi, Y. / Ohsawa, F. / Gomi, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Penicillin-binding protein ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 18473.584 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 71-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal domain 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pbpX / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 42000.016 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 241-625 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Transpeptidase domain 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pbpX / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 13707.433 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 626-750 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal domain 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pbpX / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 36分子 ![](data/chem/img/TEB.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10-25% PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日 詳細: A fixed exit SI double crystal monochromator followed bystandard double crystal monochromator and RH-coated downward-deflection mirror with a typical glancing angle of 3.7MRAD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→29.69 Å / Num. obs: 41099 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 67.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Z2L 解像度: 2.8→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 15.814 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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