ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1.1 精密化 ugiuiデータ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング PHENIX位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1HQ4, 1Z3G, 3F58, 1YEC解像度 : 2.3→9.98 Å / Rfactor Rfree error : 0.006 / Data cutoff high absF : 55317.56 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.269 2047 9.9 % RANDOM Rwork 0.228 - - - obs 0.228 20735 95.4 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 38.1537 Å2 / ksol : 0.486365 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 19 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 3.69 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -1.59 Å2 0 Å2 3- - - -2.1 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.37 Å 0.3 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.39 Å 0.29 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.3→9.98 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3197 0 43 146 3386
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.009 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.8 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d27.3 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.11 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.12 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.78 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it1.86 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it2.62 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error : 0.02 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.353 306 9.7 % Rwork 0.283 2846 - obs - - 88.7 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION 2 water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION 3 CTOX_citrate.paramCTOX_citrate.top