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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ym5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of checkpoint kinase 1 (Chk1) in complex with inhibitors | ||||||
要素 | SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / DNA REPAIR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / Activation of ATR in response to replication stress / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / Activation of ATR in response to replication stress / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / condensed nuclear chromosome / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of cell cycle / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by SCF-KIT / G2/M transition of mitotic cell cycle / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of cell population proliferation / DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / chromatin remodeling / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / chromatin / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Reader, J.C. / Matthews, T.P. / Klair, S. / Cheung, K.M.J. / Scanlon, J. / Proisy, N. / Addison, G. / Ellard, J. / Piton, N. / Taylor, S. ...Reader, J.C. / Matthews, T.P. / Klair, S. / Cheung, K.M.J. / Scanlon, J. / Proisy, N. / Addison, G. / Ellard, J. / Piton, N. / Taylor, S. / Cherry, M. / Fisher, M. / Boxall, K. / Burns, S. / Walton, M.I. / Westwood, I.M. / Hayes, A. / Eve, P. / Valenti, M. / Brandon, A.H. / Box, G. / vanMontfort, R.L.M. / Williams, D.H. / Aherne, G.W. / Raynaud, F.I. / Eccles, S.A. / Garrett, M.D. / Collins, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structure-Guided Evolution of Potent and Selective Chk1 Inhibitors Through Scaffold Morphing. 著者: Reader, J.C. / Matthews, T.P. / Klair, S. / Cheung, K.M.J. / Scanlon, J. / Proisy, N. / Addison, G. / Ellard, J. / Piton, N. / Taylor, S. / Cherry, M. / Fisher, M. / Boxall, K. / Burns, S. / ...著者: Reader, J.C. / Matthews, T.P. / Klair, S. / Cheung, K.M.J. / Scanlon, J. / Proisy, N. / Addison, G. / Ellard, J. / Piton, N. / Taylor, S. / Cherry, M. / Fisher, M. / Boxall, K. / Burns, S. / Walton, M.I. / Westwood, I.M. / Hayes, A. / Eve, P. / Valenti, M. / De Haven Brandon, A. / Box, G. / Van Montfort, R.L.M. / Williams, D.H. / Aherne, G.W. / Raynaud, F.I. / Eccles, S.A. / Garrett, M.D. / Collins, I. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009 タイトル: Identification of Inhibitors of Checkpoint Kinase 1 Through Template Screening. 著者: Matthews, T.P. / Klair, S. / Burns, S. / Boxall, K. / Cherry, M. / Fisher, M. / Westwood, I.M. / Walton, M.I. / Mchardy, T. / Cheung, K.J. / Van Montfort, R. / Williams, D. / Aherne, G.W. / ...著者: Matthews, T.P. / Klair, S. / Burns, S. / Boxall, K. / Cherry, M. / Fisher, M. / Westwood, I.M. / Walton, M.I. / Mchardy, T. / Cheung, K.J. / Van Montfort, R. / Williams, D. / Aherne, G.W. / Garrett, M.D. / Reader, J. / Collins, I. #2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010 タイトル: Design and Evaluation of 3,6-Di(Hetero)Aryl Imidazo[1,2-A]Pyrazines as Inhibitors of Checkpoint and Other Kinases. 著者: Matthews, T.P. / Mchardy, T. / Klair, S. / Boxall, K. / Fisher, M. / Cherry, M. / Allen, C.E. / Addison, G.J. / Ellard, J. / Aherne, G.W. / Westwood, I.M. / Van Montfort, R. / Garrett, M.D. / ...著者: Matthews, T.P. / Mchardy, T. / Klair, S. / Boxall, K. / Fisher, M. / Cherry, M. / Allen, C.E. / Addison, G.J. / Ellard, J. / Aherne, G.W. / Westwood, I.M. / Van Montfort, R. / Garrett, M.D. / Reader, J.C. / Collins, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ym5.cif.gz | 120.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ym5.ent.gz | 92.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ym5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2ym5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2ym5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33042.988 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-YM5 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: DL-MALIC ACID, PEG 3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→43.5 Å / Num. obs: 19321 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 27.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 93.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WMW 解像度: 2.03→36.67 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUES 1-7, 17-21, 43-50, 77, 78, 271-289 ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.005 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→36.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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