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- PDB-2ydi: Discovery of Checkpoint Kinase Inhibitor AZD7762 by Structure Bas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ydi
タイトルDiscovery of Checkpoint Kinase Inhibitor AZD7762 by Structure Based Design and Optimization of Thiophene Carboxamide Ureas
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
キーワードTRANSFERASE / CHK
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of G0 to G1 transition / histone H3T11 kinase activity / regulation of mitotic centrosome separation / mitotic G2/M transition checkpoint / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 ...negative regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of G0 to G1 transition / histone H3T11 kinase activity / regulation of mitotic centrosome separation / mitotic G2/M transition checkpoint / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 / replicative senescence / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Activation of ATR in response to replication stress / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / DNA damage checkpoint signaling / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of cell cycle / replication fork / regulation of signal transduction by p53 class mediator / condensed nuclear chromosome / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by SCF-KIT / G2/M DNA damage checkpoint / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / protein kinase activity / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / chromatin / protein-containing complex / : / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YDI / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Read, J.A. / Breed, J. / Haye, H. / McCall, E. / Rowsell, S. / Vallentine, A. / White, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of Checkpoint Kinase Inhibitor (S)-5-(3-Fluorophenyl)-N-(Piperidin-3-Yl)-3-Ureidothiophene-2-Carboxamide (Azd7762) by Structure-Based Design and Optimization of Thiophenecarboxamide Ureas.
著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Almeida, L. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Gero, T. / Grondine, M. / Horn, C. / Ioannidis, S. / Liu, D. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Pass, M. / Read, J.A. / ...著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Almeida, L. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Gero, T. / Grondine, M. / Horn, C. / Ioannidis, S. / Liu, D. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Pass, M. / Read, J.A. / Ready, S. / Rowsell, S. / Su, M. / Toader, D. / Vasbinder, M. / Yu, D. / Yu, Y. / Xue, Y. / Zabludoff, S. / Janetka, J.
履歴
登録2011年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Other
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4873
ポリマ－33,0431
非ポリマー4442
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.069, 65.989, 58.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1 / CHK1 CHECKPOINT KINASE


分子量: 33042.988 Da / 分子数: 1 / 断片: CHK1KD, RESIDUES 1-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-YDI / 5-[4-(2-DIMETHYLAMINOETHYLOXY)PHENYL]-2-UREIDO-THIOPHENE-3-CARBOXAMIDE


分子量: 348.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N4O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.86
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.86 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.16 Å / Num. obs: 39316 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 39.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→37.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.265 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20045 1200 3.1 %RANDOM
Rwork0.16671 ---
obs0.16773 38116 87.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å21.08 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2205 0 29 332 2566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9793128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8633796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2025282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5124.327104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.70215389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2841514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7011.51402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1451.5558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29722266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9493898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.214.5860
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 35 -
Rwork0.245 1164 -
obs--36.58 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.3858 Å / Origin y: 0.092 Å / Origin z: 6.6004 Å
111213212223313233
T0.0329 Å2-0.002 Å2-0.0181 Å2-0.0032 Å20 Å2--0.0343 Å2
L0.268 °2-0.0679 °2-0.1609 °2-0.1752 °20.0556 °2--0.5419 °2
S-0.0187 Å °-0.001 Å °-0.0049 Å °0.0286 Å °-0.002 Å °0.0179 Å °0.0452 Å °0.0267 Å °0.0207 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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