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- PDB-2xzg: Clathrin Terminal Domain Complexed with Pitstop 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xzg
タイトルClathrin Terminal Domain Complexed with Pitstop 1
要素CLATHRIN HEAVY CHAIN 1
キーワードENDOCYTOSIS / ENDOCYTOSIS INHIBITION
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin coat / clathrin light chain binding / clathrin complex / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / amyloid-beta clearance by transcytosis / clathrin coat of coated pit ...clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin coat / clathrin light chain binding / clathrin complex / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / amyloid-beta clearance by transcytosis / clathrin coat of coated pit / clathrin coat disassembly / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin-coated endocytic vesicle / mitotic spindle microtubule / clathrin coat assembly / LDL clearance / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / clathrin-dependent endocytosis / ALK mutants bind TKIs / endolysosome membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / clathrin-coated vesicle / low-density lipoprotein particle receptor binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / RHOV GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ubiquitin-specific protease binding / Recycling pathway of L1 / RHOU GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of protein localization to plasma membrane / VLDLR internalisation and degradation / MHC class II antigen presentation / receptor-mediated endocytosis / regulation of mitotic spindle organization / trans-Golgi network membrane / transferrin transport / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / receptor internalization / autophagy / centriolar satellite / spindle / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / disordered domain specific binding / osteoblast differentiation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / mitotic spindle / Clathrin-mediated endocytosis / melanosome / mitotic cell cycle / extracellular vesicle / double-stranded RNA binding / lysosome / endosome / cell division / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / structural molecule activity / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clathrin heavy-chain terminal domain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link ...Clathrin heavy-chain terminal domain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-VH1 / Clathrin heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bulut, H. / Von Kleist, L. / Saenger, W. / Haucke, V.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Role of the Clathrin Terminal Domain in Regulating Coated Pit Dynamics Revealed by Small Molecule Inhibition.
著者: Von Kleist, L. / Stahlschmidt, W. / Bulut, H. / Gromova, K. / Puchkov, D. / Robertson, M.J. / Macgregor, K.A. / Tomlin, N. / Pechstein, A. / Chau, N. / Chircop, M. / Sakoff, J. / Von Kries, J. ...著者: Von Kleist, L. / Stahlschmidt, W. / Bulut, H. / Gromova, K. / Puchkov, D. / Robertson, M.J. / Macgregor, K.A. / Tomlin, N. / Pechstein, A. / Chau, N. / Chircop, M. / Sakoff, J. / Von Kries, J.P. / Saenger, W. / Krausslich, H. / Shupliakov, O. / Robinson, P.J. / Mccluskey, A. / Haucke, V.
履歴
登録2010年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLATHRIN HEAVY CHAIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4366
ポリマ－40,6911
非ポリマー7465
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.340, 73.915, 84.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 1種, 1分子 A

#1: 抗体 CLATHRIN HEAVY CHAIN 1 / CLATHRIN HEAVY CHAIN ON CHROMOSOME 17 / CLH-17


分子量: 40690.688 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00610

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非ポリマー , 5種, 463分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-VH1 / 2-(4-AMINOBENZYL)-1,3-DIOXO-2,3-DIHYDRO-1H-BENZO[DE]ISOQUINOLINE-5-SULFONATE


分子量: 382.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H13N2O5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細PITSTOP 1 COMPOUND IS RESIDUE VH1, 2-(4-AMINOBENZYL)- 1,3-DIOXO-2,3-DIHYDRO-1H-BENZO[DE] ...PITSTOP 1 COMPOUND IS RESIDUE VH1, 2-(4-AMINOBENZYL)- 1,3-DIOXO-2,3-DIHYDRO-1H-BENZO[DE]ISOQUINOLINE-5-SULFONATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, PH 8.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→33.85 Å / Num. obs: 47297 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.34
反射 シェル最高解像度: 1.7 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.19 / % possible all: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C9I

1c9i


解像度: 1.7→33.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.679 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19973 2366 5 %RANDOM
Rwork0.15864 ---
obs0.16071 44946 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2803 0 51 458 3312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8651.9633996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0063.0014825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6515365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49825128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39815507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2981513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2751.51813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3741.5726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11622951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97731132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6634.51045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 126 -
Rwork0.221 2404 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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