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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xyb | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A FULLY FUNCTIONAL LACCASE FROM THE LIGNINOLYTIC FUNGUS PYCNOPORUS CINNABARINUS | |||||||||
要素 | LACCASE | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / BLUE MULTI-COPPER OXIDASE / PHENOL OXIDASE / LIGNIN DEGRADATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | PYCNOPORUS CINNABARINUS (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Piontek, K. / Choinowski, T. / Antorini, M. / Herpoel-Gimbert, I. / Plattner, D.A. / Sigoillot, J.C. / Asther, M. / Winterhalter, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Substrate Binding and Copper Geometry in Laccases 著者: Piontek, K. / Choinowski, T. / Antorini, M. / Herpoel-Gimbert, I. / Asther, M. / Plattner, D.A. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2002 タイトル: Purification, Crystallisation and X-Ray Diffraction Study of Fully Functional Laccases from Two Ligninolytic Fungi. 著者: Antorini, M. / Herpoel-Gimbert, I. / Choinowski, T. / Sigoillot, J. / Asther, M. / Winterhalter, K. / Piontek, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xyb.cif.gz | 140.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xyb.ent.gz | 104.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xyb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1gycS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 54001.773 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-518 / 由来タイプ: 天然 詳細: THIS ORGANISM IS ALSO KNOWN AS CINNABAR-RED POLYPORE 由来: (天然) PYCNOPORUS CINNABARINUS (菌類) / 株: SS3 / 参照: UniProt: Q9UVQ2, laccase |
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-糖 , 4種, 5分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | ChemComp-NAG / | |
-非ポリマー , 9種, 734分子
#5: 化合物 | ChemComp-CU / #6: 化合物 | ChemComp-PER / | #8: 化合物 | ChemComp-AS8 / | #9: 化合物 | ChemComp-ACT / | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-GOL / #12: 化合物 | ChemComp-ZN / #13: 化合物 | ChemComp-NA / | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.9 詳細: 12.0 MG/ML PROTEIN, 14 % PEG 8000, 20 % GLYCEROL, 160 MM ZN-ACETATE, 5 MM CU-SULAFTE, 100 MM NA-CACODYLATE, PH 5.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8499 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8499 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 66427 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GYC 解像度: 1.75→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.702 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ASSIGNMENT OF LIGAND UVW BOUND AT THE PROPOSED SUBSTRATE BINDING SITE IS PROVISIONAL. A CHEMICAL CONFIRMATION HAS NOT BEEN DONE. THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ASSIGNMENT OF LIGAND UVW BOUND AT THE PROPOSED SUBSTRATE BINDING SITE IS PROVISIONAL. A CHEMICAL CONFIRMATION HAS NOT BEEN DONE. THE CHARACTERIZATION OF THIS LIGAND HAS BEEN MERELY BASED ON ITS CHEMICAL ENVIRONMENT AND THE ELECTRON DENSITY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.752 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→72.55 Å
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拘束条件 |
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