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- PDB-2w8f: Aplysia californica AChBP bound to in silico compound 31 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w8f
タイトルAplysia californica AChBP bound to in silico compound 31
要素SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
キーワードRECEPTOR / ACETYLCHOLINE RECEPTOR INHIBITOR / ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / POSTSYNAPTIC NEUROTOXIN / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR-TOXIN COMPLEX / NEUROTOXIN / TOXIN / AMIDATION / CONOTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BS1 / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ulens, C. / Akdemir, A. / Jongejan, A. / van Elk, R. / Edink, E. / Bertrand, S. / Perrakis, A. / Leurs, R. / Smit, A.B. / Sixma, T.K. ...Ulens, C. / Akdemir, A. / Jongejan, A. / van Elk, R. / Edink, E. / Bertrand, S. / Perrakis, A. / Leurs, R. / Smit, A.B. / Sixma, T.K. / Bertrand, D. / de Esch, I.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / : 2009
タイトル: Use of Acetylcholine Binding Protein in the Search for Novel Alpha7 Nicotinic Receptor Ligands. In Silico Docking, Pharmacological Screening, and X- Ray Analysis.
著者: Ulens, C. / Akdemir, A. / Jongejan, A. / Van Elk, R. / Bertrand, S. / Perrakis, A. / Leurs, R. / Smit, A.B. / Sixma, T.K. / Bertrand, D. / De Esch, I.J.
履歴
登録2009年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Database references
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,58312
ポリマ-246,88610
非ポリマー6972
1,26170
1
A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7916
ポリマ-123,4435
非ポリマー3491
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12400 Å2
ΔGint-63.5 kcal/mol
Surface area43670 Å2
手法PISA
2
F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7916
ポリマ-123,4435
非ポリマー3491
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12430 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area43820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.800, 76.800, 725.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNVALVAL1AA1 - 391 - 39
21GLNGLNVALVAL1BB1 - 391 - 39
31GLNGLNVALVAL1CC1 - 391 - 39
41GLNGLNVALVAL1DD1 - 391 - 39
51GLNGLNVALVAL1EE1 - 391 - 39
61GLNGLNVALVAL1FF1 - 391 - 39
71GLNGLNVALVAL1GG1 - 391 - 39
81GLNGLNVALVAL1HH1 - 391 - 39
91GLNGLNVALVAL1II1 - 391 - 39
101GLNGLNVALVAL1JJ1 - 391 - 39
12LYSLYSVALVAL6AA40 - 4840 - 48
22LYSLYSVALVAL6BB40 - 4840 - 48
32LYSLYSVALVAL6CC40 - 4840 - 48
42LYSLYSVALVAL6DD40 - 4840 - 48
52LYSLYSVALVAL6EE40 - 4840 - 48
62LYSLYSVALVAL6FF40 - 4840 - 48
72LYSLYSVALVAL6GG40 - 4840 - 48
82LYSLYSVALVAL6HH40 - 4840 - 48
92LYSLYSVALVAL6II40 - 4840 - 48
102LYSLYSVALVAL6JJ40 - 4840 - 48
13ASPASPASPASP1AA49 - 13149 - 131
23ASPASPASPASP1BB49 - 13149 - 131
33ASPASPASPASP1CC49 - 13149 - 131
43ASPASPASPASP1DD49 - 13149 - 131
53ASPASPASPASP1EE49 - 13149 - 131
63ASPASPASPASP1FF49 - 13149 - 131
73ASPASPASPASP1GG49 - 13149 - 131
83ASPASPASPASP1HH49 - 13149 - 131
93ASPASPASPASP1II49 - 13149 - 131
103ASPASPASPASP1JJ49 - 13149 - 131
14SERSERGLYGLY6AA132 - 143132 - 143
24SERSERGLYGLY6BB132 - 143132 - 143
34SERSERGLYGLY6CC132 - 143132 - 143
44SERSERGLYGLY6DD132 - 143132 - 143
54SERSERGLYGLY6EE132 - 143132 - 143
64SERSERGLYGLY6FF132 - 143132 - 143
74SERSERGLYGLY6GG132 - 143132 - 143
84SERSERGLYGLY6HH132 - 143132 - 143
94SERSERGLYGLY6II132 - 143132 - 143
104SERSERGLYGLY6JJ132 - 143132 - 143
15SERSERARGARG1AA144 - 181144 - 181
25SERSERARGARG1BB144 - 181144 - 181
35SERSERARGARG1CC144 - 181144 - 181
45SERSERARGARG1DD144 - 181144 - 181
55SERSERARGARG1EE144 - 181144 - 181
65SERSERARGARG1FF144 - 181144 - 181
75SERSERARGARG1GG144 - 181144 - 181
85SERSERARGARG1HH144 - 181144 - 181
95SERSERARGARG1II144 - 181144 - 181
105SERSERARGARG1JJ144 - 181144 - 181
16GLNGLNASPASP6AA182 - 195182 - 195
26GLNGLNASPASP6BB182 - 195182 - 195
36GLNGLNASPASP6CC182 - 195182 - 195
46GLNGLNASPASP6DD182 - 195182 - 195
56GLNGLNASPASP6EE182 - 195182 - 195
66GLNGLNASPASP6FF182 - 195182 - 195
76GLNGLNASPASP6GG182 - 195182 - 195
86GLNGLNASPASP6HH182 - 195182 - 195
96GLNGLNASPASP6II182 - 195182 - 195
106GLNGLNASPASP6JJ182 - 195182 - 195
17VALVALARGARG1AA196 - 205196 - 205
27VALVALARGARG1BB196 - 205196 - 205
37VALVALARGARG1CC196 - 205196 - 205
47VALVALARGARG1DD196 - 205196 - 205
57VALVALARGARG1EE196 - 205196 - 205
67VALVALARGARG1FF196 - 205196 - 205
77VALVALARGARG1GG196 - 205196 - 205
87VALVALARGARG1HH196 - 205196 - 205
97VALVALARGARG1II196 - 205196 - 205
107VALVALARGARG1JJ196 - 205196 - 205

-
要素

#1: タンパク質
SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR


分子量: 24688.578 Da / 分子数: 10 / 断片: RESIDUES 20-236 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物 ChemComp-BS1 / (3-EXO)-3-(10,11-DIHYDRO-5H-DIBENZO[A,D][7]ANNULEN-5-YLOXY)-8,8-DIMETHYL-8-AZONIABICYCLO[3.2.1]OCTANE


分子量: 348.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C24H30NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細COMPOUND 31 IS 3ALPHA-[(10,11-DIHYDRO-5H-DIBENZO[A,D] CYCLOHEPTEN-5-YL)OXY]-8,8-DIMETHYL-8- ...COMPOUND 31 IS 3ALPHA-[(10,11-DIHYDRO-5H-DIBENZO[A,D] CYCLOHEPTEN-5-YL)OXY]-8,8-DIMETHYL-8-AZONIABICYCLO[3.2.1] OCTANE

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→44.6 Å / Num. obs: 67908 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
EVAL15データ削減
EVAL15データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C9T
解像度: 2.7→42.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 37.757 / SU ML: 0.338 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 3549 5.1 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.239 65580 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.93 Å21.47 Å20 Å2
2--2.93 Å20 Å2
3----4.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16360 0 52 70 16482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02216840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.95623000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.91752040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.98424.557790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.454152720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5961590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.22580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.26765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.211713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4690.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5120.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5721.510508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.757216850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.18837276
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9484.56150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A1369tight positional0.070.05
2B1369tight positional0.070.05
3C1369tight positional0.060.05
4D1369tight positional0.060.05
5E1369tight positional0.060.05
6F1369tight positional0.070.05
7G1369tight positional0.060.05
8H1369tight positional0.070.05
9I1369tight positional0.070.05
10J1369tight positional0.080.05
1A267loose positional0.655
2B267loose positional0.85
3C267loose positional1.285
4D267loose positional0.745
5E267loose positional0.615
6F267loose positional0.635
7G267loose positional0.75
8H267loose positional0.865
9I267loose positional0.685
10J267loose positional0.685
1A1369tight thermal0.130.5
2B1369tight thermal0.120.5
3C1369tight thermal0.10.5
4D1369tight thermal0.10.5
5E1369tight thermal0.10.5
6F1369tight thermal0.130.5
7G1369tight thermal0.120.5
8H1369tight thermal0.140.5
9I1369tight thermal0.120.5
10J1369tight thermal0.10.5
1A267loose thermal3.910
2B267loose thermal4.0310
3C267loose thermal3.7110
4D267loose thermal4.8210
5E267loose thermal2.7410
6F267loose thermal5.1410
7G267loose thermal2.3410
8H267loose thermal5.7510
9I267loose thermal2.1410
10J267loose thermal3.6910
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 244 -
Rwork0.398 4265 -
obs--87.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.44390.5440.82051.4782-0.16883.26540.1381-0.25360.03870.1196-0.13570.0347-0.12590.2684-0.0024-0.48660.01310.0816-0.0817-0.0887-0.260555.594148.465849.1429
22.47670.04340.36073.1606-0.30172.73970.1691-0.2596-0.26270.1879-0.05650.08960.3984-0.0112-0.1126-0.43570.02130.0747-0.1187-0.0424-0.224242.288225.314847.3491
32.8628-0.3071-0.15622.9745-0.23873.55160.06540.1546-0.5571-0.1629-0.0136-0.01080.87180.2042-0.0517-0.20570.1069-0.0715-0.094-0.1665-0.107845.33916.354622.3431
43.6272-0.4278-0.15453.52620.30292.67740.00190.5094-0.1291-0.47-0.0202-0.30750.16460.39690.0183-0.27640.16920.050.1774-0.0279-0.319960.369233.88728.8173
54.9894-0.4169-0.41952.47860.35443.47230.04460.09150.4901-0.1670.0293-0.3283-0.31690.7652-0.0739-0.3851-0.06660.06720.01720.0152-0.19466.764753.869925.4506
63.3491-0.2215-0.3291.71020.71673.85660.26990.2459-0.013-0.179-0.20230.0819-0.4335-0.0397-0.0675-0.4338-0.07110.1095-0.08060.0534-0.372317.148753.200168.2447
74.20611.0352-0.57992.80270.41894.3959-0.1627-0.6447-0.7487-0.1313-0.181-0.1770.82280.70870.3437-0.47930.10620.1440.18510.2024-0.113330.085833.350680.4648
82.77720.7648-1.90813.7136-0.21524.5289-0.1812-0.8682-0.45290.2527-0.0417-0.10880.75761.55690.2229-0.64560.0085-0.01410.9560.3495-0.160427.109636.7583106.8624
93.7571-0.1308-2.3542.9064-0.04145.3410.3132-0.88840.10580.2438-0.00290.0516-0.80121.056-0.3103-0.3638-0.45040.02760.2658-0.0398-0.327112.419458.7107110.7663
106.02090.8887-2.81562.6159-0.42136.09260.8180.3920.7552-0.0448-0.22080.3847-1.651-0.6478-0.59720.08390.03270.2445-0.17690.0179-0.1456.198369.004786.8586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 205
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 205
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 205
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 205
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 205
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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