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- PDB-2w12: High-resolution crystal structure of the P-I snake venom metallop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w12
タイトルHigh-resolution crystal structure of the P-I snake venom metalloproteinase BaP1 in complex with a peptidomimetic: insights into inhibitor binding
要素ZINC METALLOPROTEINASE BAP1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / METAL-BINDING / ZINC-DEPENDING / METALLOPROTEASE / METALLOPROTEINASE-INHIBITOR COMPLEX / ZINC / TOXIN / SECRETED / PROTEASE / HYDROLASE / P-I SNAKE VENOM METALLOPROTEINASE / METZINCIN / CHEMOTAXIS / ADAMALYSIN / ENDOPEPTIDASE / ALPHA-BETA PROTEIN / MATRIXMETALLOPROTEINASE / TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA CONVERTING ENZYME / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / chemotaxis / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. ...Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WR2 / Snake venom metalloproteinase BaP1
類似検索 - 構成要素
生物種BOTHROPS ASPER (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Lingott, T.J. / Schleberger, C. / Gutierrez, J.M. / Merfort, I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: High-Resolution Crystal Structure of the Snake Venom Metalloproteinase Bap1 Complexed with a Peptidomimetic: Insight Into Inhibitor Binding.
著者: Lingott, T.J. / Schleberger, C. / Gutierrez, J.M. / Merfort, I.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Amino Acid Sequence and Crystal Structure of Bap1, a Metalloproteinase from Bothrops Asper Snake Venom that Exerts Multiple Tissue-Damaging Activities.
著者: Watanabe, L. / Shannon, J.D. / Valente, R.H. / Rucavado, A. / Alape-Giron, A. / Kamiguti, A.S. / Theakston, R.D.G. / Fox, J.W. / Gutierrez, J.M. / Arni, R.K.
履歴
登録2008年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZINC METALLOPROTEINASE BAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3844
ポリマ－22,7711
非ポリマー6133
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.000, 59.500, 81.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ZINC METALLOPROTEINASE BAP1 / HEMORRHAGIC METALLOPROTEINASE BAP1 / BAP-1


分子量: 22770.740 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 193-394 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOTHROPS ASPER (ヘビ) / Secretion: VENOM
参照: UniProt: P83512, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-WR2 / (2R,3R)-N^1^-[(1S)-2,2-DIMETHYL-1-(METHYLCARBAMOYL)PROPYL]-N^4^-HYDROXY-2-(2-METHYLPROPYL)-3-{[(1,3-THIAZOL-2-YLCARBONYL)AMINO]METHYL}BUTANEDIAMIDE


分子量: 455.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H33N5O5S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: PEG 2000, TRIS, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: KMC-1, DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→19.3 Å / Num. obs: 32970 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 6.7 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 8.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.46→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ND1

1nd1


解像度: 1.46→17.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 0.97 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOMS OF LOOP 159-162 ARE MODELED (SEMI- OCCUPIED) IN TWO DIFFERENT CONFORMATIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 1631 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.149 32627 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→17.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 38 380 2016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8611.9562371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2555218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44723.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.00515290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9331511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0741.51066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73421715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6623735
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9994.5651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.5 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.243 106
Rwork0.164 2020

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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