PDB-2vya: Crystal Structure of fatty acid amide hydrolase conjugated with t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vya

タイトル

Crystal Structure of fatty acid amide hydrolase conjugated with the drug-like inhibitor PF-750

要素

FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1

キーワード

HYDROLASE / FATTY ACID AMIDE HYDROLYSE / GOLGI APPARATUS / ENDOPLASMIC RETICULUM / INHIBITOR / DRUG- LIKE / TRANSMEMBRANE / FAAH / CHIMERA / MEMBRANE / COVALENT / HUMANIZED

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Mileni, M. / Johnson, D.S. / Wang, Z. / Everdeen, D.S. / Liimatta, M. / Pabst, B. / Bhattacharya, K. / Nugent, R.A. / Kamtekar, S. / Cravatt, B.F. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Structure-Guided Inhibitor Design for Human Faah by Interspecies Active Site Conversion.
著者: Mileni, M. / Johnson, D.S. / Wang, Z. / Everdeen, D.S. / Liimatta, M. / Pabst, B. / Bhattacharya, K. / Nugent, R.A. / Kamtekar, S. / Cravatt, B.F. / Ahn, K. / Stevens, R.C.

履歴

登録	2008年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vya.cif.gz	216.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vya.ent.gz	172.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vya_validation.pdf.gz	547.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vya_full_validation.pdf.gz	564.6 KB	表示
XML形式データ	2vya_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	2vya_validation.cif.gz	54 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/2vya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/2vya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mt5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qj9-d 1mt5-8 4hbp-d 1mt5-4 1mt5-5 3pr0-d 4do3-d 3lj6-d 1mt5-6 3qk5-d 3k83-d 3k84-d 3qkv-d 3oj8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1

B: FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.690, 103.690, 253.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1 / FATTY ACID AMIDE HYDROLASE / OLEAMIDE HYDROLASE 1 / ANANDAMIDE AMIDOHYDROLASE 1 分子量: 64720.234 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-579 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: S241 IS CARBAMYLATED TO 4-(QUINOLIN-3-YLMETHYL)PIPERIDINE-1-CARBALDEHYDE CHEMICAL FORMULA, C16H18N2O 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): A.I. / 参照: UniProt: P97612, amidase
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-PF7 / 4-(quinolin-3-ylmethyl)piperidine-1-carboxylic acid 分子量: 270.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 194 TO TYR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 194 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 377 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 435 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 491 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 495 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 194 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 377 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 435 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 491 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 495 TO MET
非ポリマーの詳細	4--QUINOLIN-3-YLMETHYL--PIPERIDINE-1-CARBALDEHYDE (PF7): CARBAMYLATED TO SERINE 241

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: PEG 400 10% NACL 100MM MES 100MM PH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 40178 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MT5

1mt5

解像度: 2.75→38.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 25.859 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.759 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES MARKED UNX REPRESENT UNEXPLAINED DENSITY WITHIN THE ACTIVE SITE. THEY ARE INCLUDED HERE AS THEY MAY REPRESENT IMPORTANT INFORMATION ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	2014	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.191	38162	95.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.53 Å²	1.27 Å²	0 Å²
2-	-	2.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8365	0	43	84	8492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8599
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.585	2.012	11665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.928	3	14580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.97	5	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.667	23.819	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.637	15	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.847	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	6360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	4593
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.489	1.5	6974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.6	2	8703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.032	3	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.608	4.5	2958
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.335	147
R_work	0.285	2840

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.4786	-5.9393	-1.2229	4.8676	0.2429	3.7706	0.3872	1.4335	0.3998	-0.7891	-0.3129	-0.1462	-0.257	0.1478	-0.0743	0.3874	-0.1713	0.0711	0.1478	0.0611	-0.0986	64.2633	-4.9171	-56.4892
2	4.0747	-0.7854	1.5307	3.1341	0.1508	3.3731	-0.3397	0.2748	0.1876	-0.474	0.2783	-0.7124	-0.323	0.6953	0.0614	0.1003	-0.1483	0.1731	0.204	0.0069	0.0682	75.0623	-11.6661	-46.9107
3	2.1408	-0.268	1.1125	0.8335	0.2814	1.46	-0.13	0.2529	0.1545	-0.335	0.1049	-0.0841	-0.108	0.1588	0.025	0.0523	-0.108	0.0689	-0.0518	0.0014	-0.1413	58.5375	-10.7141	-39.7982
4	0.5912	-0.1945	0.3769	2.1762	-1.0446	0.6415	0.0296	0.1556	-0.1189	0.0648	-0.0468	-0.4546	0.2176	0.2961	0.0171	0.0053	-0.047	0.1245	-0.06	-0.119	-0.036	66.8437	-21.408	-26.1344
5	1.2203	-0.2568	0.1178	1.3054	0.2616	1.5714	-0.0763	0.1396	-0.0775	-0.1308	-0.0009	0.1346	0.1995	-0.1664	0.0772	-0.0383	-0.1104	0.0289	-0.1092	-0.0394	-0.1072	46.1889	-23.8969	-32.0775
6	7.0133	0.3229	1.896	1.8193	-0.2816	4.0516	-0.1799	-0.9093	0.128	0.2969	0.1376	0.1162	0.133	-0.4025	0.0423	0.1579	-0.1333	0.0555	-0.1027	-0.0453	-0.1089	51.3327	-15.5697	21.7745
7	5.5468	-0.6878	-1.0526	2.8185	0.6227	3.2091	0.0288	-0.2273	-0.413	0.2846	-0.0802	-0.3052	0.5956	0.1459	0.0514	0.1336	-0.0118	-0.0421	-0.0595	0.0641	-0.1141	65.386	-17.493	15.0838
8	1.0854	-0.101	-0.0415	0.5116	-0.292	1.3261	0.059	-0.058	0.0066	0.0575	-0.0624	0.0056	0.1044	-0.0241	0.0034	-0.0735	-0.0825	0.0327	-0.1439	-0.0315	-0.1122	53.746	-8.5622	4.6566
9	1.988	0.5439	0.2528	0.931	0.2693	1.3004	-0.0104	0.0151	-0.0962	0.0473	0.1268	-0.5096	0.0509	0.376	-0.1164	-0.0884	-0.0889	0.007	-0.069	-0.0641	-0.138	69.5872	-6.2151	-6.0371
10	0.7187	0.2441	0.0982	1.5705	0.3284	1.4497	0.0043	0.0698	0.1206	-0.1256	-0.0177	0.1284	-0.2442	-0.0586	0.0134	-0.0875	-0.0684	0.0065	-0.1851	-0.0216	-0.1029	53.9622	8.8396	-4.5017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	76 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	135 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	285 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	336 - 575
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	34 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	76 - 134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	135 - 284
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	285 - 335
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	336 - 574

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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