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- PDB-2vjy: Pyruvate decarboxylase from Kluyveromyces lactis in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vjy
タイトルPyruvate decarboxylase from Kluyveromyces lactis in complex with the substrate analogue methyl acetylphosphonate
要素PYRUVATE DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / METAL-BINDING / DECARBOXYLASE / DIMER OF DIMERS / METHYLACETYLPHOSPHONATE / METHYL ACETYLPHOSPHONATE / SUBSTRATE ACTIVATION / THIAMINE DIPHOSPHATE / THIAMINE PYROPHOSPHATE / ASYMMETRIC ACTIVE SITES / MAP / PYRUVATE / MAGNESIUM / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...: / : / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methoxy-[(1~{R})-1-oxidanylethyl]phosphinic acid / METHYL HYDROGEN (S)-ACETYLPHOSPHONATE / THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kutter, S. / Wille, G. / Weiss, M.S. / Konig, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Covalently Bound Substrate at the Regulatory Site of Yeast Pyruvate Decarboxylases Triggers Allosteric Enzyme Activation.
著者: Kutter, S. / Weiss, M.S. / Wille, G. / Golbik, R. / Spinka, M. / Konig, S.
履歴
登録2007年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年10月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.22019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.32019年7月10日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.52019年10月16日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVATE DECARBOXYLASE
B: PYRUVATE DECARBOXYLASE
C: PYRUVATE DECARBOXYLASE
D: PYRUVATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,20023
ポリマ－246,8674
非ポリマー3,33319
水18,8801048
1
A: PYRUVATE DECARBOXYLASE
B: PYRUVATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,16912
ポリマ－123,4342
非ポリマー1,73610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-57.8 kcal/mol
Surface area44730 Å2
手法PQS
2
C: PYRUVATE DECARBOXYLASE
D: PYRUVATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,03111
ポリマ－123,4342
非ポリマー1,5989
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-55.6 kcal/mol
Surface area44370 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.760, 135.770, 107.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PYRUVATE DECARBOXYLASE


分子量: 61716.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母) / 参照: UniProt: Q12629, pyruvate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 1067分子

#2: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ALK / methoxy-[(1~{R})-1-oxidanylethyl]phosphinic acid


分子量: 140.075 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O4P
#5: 化合物 ChemComp-ALU / METHYL HYDROGEN (S)-ACETYLPHOSPHONATE / アセチルホスホン酸メチル


分子量: 138.059 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O4P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1048 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 % / 解説: NONE
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 20MM CITRATE, 10% PEG2000, 10% PEG6000, 5MM TDP, 5MM MAGNESIUM SULFATE, 1MM DTT, 40MM METHYL ACETYLPHOSPHONATE, PH 6.1, 0.95MG KLPDC/ML, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.93001
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99 Å / Num. obs: 100426 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP- AUTO MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G1I

2g1i
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→20.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1006 1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.154 99345 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.69 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17344 0 196 1048 18588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.02217903
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9521.97124386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.21852244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.64625760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.718152936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3351572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.22804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.29229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.212293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.21260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined1.0270.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2631.511180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.033218100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82836723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2554.56286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 83 -
Rwork0.192 7228 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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