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万見
- PDB-2qm9: Troglitazone Bound to Fatty Acid Binding Protein 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qm9
タイトルTroglitazone Bound to Fatty Acid Binding Protein 4
要素Fatty acid-binding protein, adipocyte
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / beta clamshell
機能・相同性
機能・相同性情報


Triglyceride catabolism / hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / fatty acid metabolic process ...Triglyceride catabolism / hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / fatty acid metabolic process / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TDZ / Fatty acid-binding protein, adipocyte
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Gillilan, R.E. / Ayers, S.D. / Noy, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Activation of Fatty Acid-binding Protein 4
著者: Gillilan, R.E. / Ayers, S.D. / Noy, N.
履歴
登録2007年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600 HETEROGEN According to authors, ligand TDZ is stereochemically impure (modeled as 2R-5R). Atoms ... HETEROGEN According to authors, ligand TDZ is stereochemically impure (modeled as 2R-5R). Atoms with missing density are marked with zero occupancy.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, adipocyte
B: Fatty acid-binding protein, adipocyte
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1747
ポリマ－34,0032
非ポリマー1,1715
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.886, 81.414, 94.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, adipocyte / AFABP / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / A-FABP / P2 adipocyte protein / Myelin P2 protein ...AFABP / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / A-FABP / P2 adipocyte protein / Myelin P2 protein homolog / 3T3-L1 lipid-binding protein / 422 protein / P15


分子量: 17001.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fabp4, Ap2 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04117
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TDZ / (5R)-5-(4-{[(2R)-6-HYDROXY-2,5,7,8-TETRAMETHYL-3,4-DIHYDRO-2H-CHROMEN-2-YL]METHOXY}BENZYL)-1,3-THIAZOLIDINE-2,4-DIONE / TROGLITAZONE / (2R,5R)-トログリタゾン


分子量: 441.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27NO5S / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.05 M K/Na phosphate, pH 4.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 17515

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 7.401 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 863 5 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 16232 98.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.481 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2076 0 77 108 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.9972941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78634530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3855269
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.22642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1120.21649
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3680.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4721.51334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90322149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3873846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3174.5792
LS精密化 シェル解像度: 2.307→2.427 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.315 110
Rwork0.265 2179
all-2289
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
128.3543-19.1606-9.750134.57886.645485.21120.83912.58451.93463.6407-1.1981-1.8991-2.22793.19570.35890.4208-0.0238-0.00830.307-0.1360.87339.5571-23.86911.14
26.4158-4.4912-1.78946.95911.0780.68780.0019-0.87650.28680.4520.01210.3037-0.19030.1262-0.01410.18330.01590.00690.286-0.22930.1862-5.1345-8.148423.9733
33.599-0.53150.33982.32480.24772.12170.022-0.37340.25730.04320.02940.0509-0.1144-0.0388-0.05140.1074-0.02730.01940.0903-0.06330.1243-3.7474-13.100713.4653
47.2553-3.3044-0.93779.2548-0.23481.9523-0.0727-1.0313-0.51250.26550.0289-0.06650.24290.16390.04390.1497-0.01060.00930.23660.14670.1025-20.7933-35.869120.2871
54.2308-0.0143-0.79972.25450.0663.14190.0005-0.4054-0.23730.0220.0130.02390.08950.0655-0.01350.0948-0.00580.00990.08720.0570.0914-21.2619-30.251111.6613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-5 - 319 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2AA4 - 4028 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3AA41 - 13165 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4BB0 - 4024 - 64
5X-RAY DIFFRACTION5BB41 - 13165 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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