+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mb3 | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of an intramolecular (3+1) human telomeric G-quadruplex bound to a telomestatin derivative | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA_(5'-D(*キーワード | DNA/DNA INHIBITOR / intramolecular G-quadruplex / human telomere / anticancer targets / macrocyclic hexaoxazole / telomestatin derivative / DNA-DNA INHIBITOR complex | 機能・相同性 | Chem-L2H / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing, molecular dynamics | Model details | lowest energy, model1 | データ登録者 | Chung, W.J. / Heddi, B. / Tera, M. / Iida, K. / Nagasawa, K. / Phan, A.T. | 引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013 | タイトル: Solution structure of an intramolecular (3 + 1) human telomeric g-quadruplex bound to a telomestatin derivative. 著者: Chung, W.J. / Heddi, B. / Tera, M. / Iida, K. / Nagasawa, K. / Phan, A.T. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mb3.cif.gz | 168 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2mb3.ent.gz | 141.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mb3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mb3_validation.pdf.gz | 547.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2mb3_full_validation.pdf.gz | 616.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mb3_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mb3_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/2mb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/2mb3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7591.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-L2H / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 |
|
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing, molecular dynamics ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 579 / NOE intraresidue total count: 279 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |