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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lyg | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Fuc_TBA | |||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(P*![]() DNA / Carbohydrate-DNA interaction / G-Quadruplex structure | 機能・相同性 | 2-hydroxyethyl 6-deoxy-beta-L-galactopyranoside / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ![]() Gomez-Pinto, I. / Vengut-Climent, E. / Lucas, R. / Avio, A. / Eritja, R. / Gonzalez-Ibaez, C. / Morales, J. | ![]() ![]() タイトル: Carbohydrate-DNA interactions at G-quadruplexes: folding and stability changes by attaching sugars at the 5'-end. 著者: Gomez-Pinto, I. / Vengut-Climent, E. / Lucas, R. / Avino, A. / Eritja, R. / Gonzalez, C. / Morales, J.C. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 355 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4743.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 糖 | ChemComp-1CF / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using NOE data |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3'), 1 mM SUGAR (ALPHA-D-FUCOSE), 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 279.6 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software | 名称: ![]() 開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 12 / 登録したコンフォーマーの数: 12 |