PDB-1rde: NMR structure of the thrombin-binding DNA aptamer stabilized by Sr2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rde

タイトル

NMR structure of the thrombin-binding DNA aptamer stabilized by Sr2+

要素

Thrombin-binding DNA aptamer

キーワード

DNA / thrombin-binding DNA / Sr2+ / quadruplex

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model type details

minimized average

データ登録者

Mao, X. / Marky, L.A. / Gmeiner, W.H.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2004
タイトル: NMR structure of the thrombin-binding DNA aptamer stabilized by Sr2+.
著者: Mao, X. / Marky, L.A. / Gmeiner, W.H.

履歴

登録	2003年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rde.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rde.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/1rde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/1rde	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6khz-3 6khz-4 2bwb-4 5ec7-3 5ypf-4 1am0-d 4pxv-1 1mhj-d 2bwb-6 2ooa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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類似性 (1)
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DNA (DNA)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Thrombin-binding DNA aptamer

4.74 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 11	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: DNA鎖	Thrombin-binding DNA aptamer 分子量: 4743.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: this sequence was seleted from 10^13 DNA

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	E-COSY
1	4	1	P31-H1 COSY
1	5	1	ROESY
1	6	2	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM strand, natural abundant, no buffer, 100% D2O	100% D2O
2	1mM strand, natural abundant, no buffer, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料状態

イオン強度: >3mM / pH: 4.7 / 圧: ambient / 温度: 288 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	Brunger, A.T.	collection
CNS		Brunger, A.T.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 11 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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