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- PDB-2j7d: Beta-glucosidase from Thermotoga maritima in complex with methoxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j7d
タイトルBeta-glucosidase from Thermotoga maritima in complex with methoxycarbonyl-substituted glucoimidazole
要素BETA-GLUCOSIDASE A
キーワードHYDROLASE / FAMILY 1 / INHIBITOR / GLYCOSIDASE / POLYSACCHARIDE DEGRADATION / TRANSITION STATE MIMIC / CARBOHYDRATE METABOLISM / GLYCOSIDE HYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / METHOXYCARBONYL-SUBSTITUTED GLUCOIMIDAZOLE / Beta-glucosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Gloster, T.M. / Zechel, D. / Vasella, A. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
著者: Gloster, T.M. / Meloncelli, P. / Stick, R.V. / Zechel, D. / Vasella, A. / Davies, G.J.
履歴
登録2006年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE A
B: BETA-GLUCOSIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5036
ポリマ－107,8812
非ポリマー6224
水9,494527
1
A: BETA-GLUCOSIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2613
ポリマ－53,9411
非ポリマー3202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BETA-GLUCOSIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2423
ポリマ－53,9411
非ポリマー3012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.209, 94.638, 113.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALLEULEU5AA3 - 44425 - 466
21VALVALLEULEU5BB3 - 44425 - 466
12GI1GI1GI1GI14AC1446
22GI1GI1GI1GI14BE1446

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0174, -0.99046, -0.13671), (0.99004, 0.00204, -0.1408), (0.13973, -0.1378, 0.98055)
ベクター: -31.61023, 28.92674, 13.20112)

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE A / GENTIOBIASE / CELLOBIASE / BETA-D-GLUCOSIDE GLUCOHYDROLASE / BETA-GLUCOSIDASE


分子量: 53940.648 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-446 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q08638, beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-GI1 / METHOXYCARBONYL-SUBSTITUTED GLUCOIMIDAZOLE


分子量: 261.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O6
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE CRYSTALLIZED CONTAINS A HIS TAG FROM THE EXPRESSION VECTOR. THE CO-ORDINATES ARE NUMBERED ...SEQUENCE CRYSTALLIZED CONTAINS A HIS TAG FROM THE EXPRESSION VECTOR. THE CO-ORDINATES ARE NUMBERED ACCORDING TO THE UNIPROT ENTRY AND IGNORE THE HIS TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: STRUCTURE ISOMORPHOUS WITH STARTING MODEL
結晶化pH: 7
詳細: 10 MG/ML PROTEIN. 15% PEG 4K, 0.1 M IMIDAZOLE, PH 7, 0.2 M CALCIUM ACETATE. 25% ETHYLENE GLYCOL AS CRYO.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月12日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 49005 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 24.93
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.59 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OD0

1od0


解像度: 2.24→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.003 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2478 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.179 46475 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7157 0 41 527 7725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3781.93310380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3525921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19423.548403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.331151203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7141552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.23729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.25086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7031.54576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15527173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76333606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.564.53184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1713medium positional0.150.5
21A18medium positional0.10.5
22B18medium positional0.10.5
11A1695loose positional0.345
11A1713medium thermal2.732
21A18medium thermal1.562
22B18medium thermal1.562
11A1695loose thermal3.8310
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.315 168
Rwork0.218 3093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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