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- PDB-2fxl: Urate oxidase from aspergillus flavus complexed with allantoin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fxl
タイトルUrate oxidase from aspergillus flavus complexed with allantoin
要素Uricase
キーワードOXIDOREDUCTASE / URIC ACID DEGRADATION / DIMERIC BARREL / TUNNEL-SHAPED PROTEIN / ALLANTOIN
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(2,5-DIOXO-2,5-DIHYDRO-1H-IMIDAZOL-4-YL)UREA / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Gabison, L. / Chiadmi, M. / Colloc'h, N. / Prange, T.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2006
タイトル: Recapture of [S]-allantoin, the product of the two-step degradation of uric acid, by urate oxidase.
著者: Gabison, L. / Chiadmi, M. / Colloc'h, N. / Castro, B. / El Hajji, M. / Prange, T.
履歴
登録2006年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3562
ポリマ－34,2001
非ポリマー1561
水3,027168
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4238
ポリマ－136,7984
非ポリマー6244
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area24890 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area43510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.364, 96.086, 105.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Uricase / Urate oxidase


分子量: 34199.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-2AL / 1-(2,5-DIOXO-2,5-DIHYDRO-1H-IMIDAZOL-4-YL)UREA / ALLANTOIN


分子量: 156.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 8.5MG/ML PROTEIN, EXCESS URIC ACID, 5-7% W/V PEG 8000, 100MM TRIS/HCL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.962 / 波長: 0.962 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→10.9 Å / Num. all: 39454 / Num. obs: 33267 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.76→1.85 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL精密化
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1R4S

1r4s


解像度: 1.76→10 Å / Num. parameters: 10259 / Num. restraintsaints: 9893 / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射
all0.2073 39228 -
obs0.1906 33267 95.4 %
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 2318 / Occupancy sum non hydrogen: 2542
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 11 168 2541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.358
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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