PDB-2fhh: Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Proteasome in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fhh

タイトル

Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Proteasome in complex with a peptidyl boronate inhibitor MLN-273

要素

20S proteasome, alpha and beta subunits
proteasome, beta subunit

キーワード

HYDROLASE / multi-subunit protein assembly / inhibitor-complex

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Li, H.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Mycobacterium tuberculosis proteasome and mechanism of inhibition by a peptidyl boronate.
著者: Hu, G. / Lin, G. / Wang, M. / Dick, L. / Xu, R.M. / Nathan, C. / Li, H.

履歴

登録	2005年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fhh.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fhh.ent.gz	911.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fhh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2fhh_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fhh_full_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示
XML形式データ	2fhh_validation.xml.gz	235 KB	表示
CIF形式データ	2fhh_validation.cif.gz	306 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/2fhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/2fhh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2fhgC 1q5qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hfa-d 6ocz-d 3mfe-d 5trr-d 3mi0-d 5trs-d 6ode-d 3h6i-d 3h6f-d 6ocw-d 5ts0-d 3hf9-1 3krd-d 5try-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (8) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (8) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 20S proteasome, alpha and beta subunits

H: proteasome, beta subunit

B: 20S proteasome, alpha and beta subunits

C: proteasome, beta subunit

D: 20S proteasome, alpha and beta subunits

E: proteasome, beta subunit

F: 20S proteasome, alpha and beta subunits

G: proteasome, beta subunit

I: 20S proteasome, alpha and beta subunits

J: proteasome, beta subunit

K: 20S proteasome, alpha and beta subunits

L: proteasome, beta subunit

M: 20S proteasome, alpha and beta subunits

N: proteasome, beta subunit

O: 20S proteasome, alpha and beta subunits

P: proteasome, beta subunit

Q: 20S proteasome, alpha and beta subunits

R: proteasome, beta subunit

S: 20S proteasome, alpha and beta subunits

T: proteasome, beta subunit

U: 20S proteasome, alpha and beta subunits

V: proteasome, beta subunit

W: 20S proteasome, alpha and beta subunits

X: proteasome, beta subunit

Y: 20S proteasome, alpha and beta subunits

Z: proteasome, beta subunit

1: 20S proteasome, alpha and beta subunits

2: proteasome, beta subunit

ヘテロ分子

741 kDa, 28 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.957, 116.172, 200.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID	End label seq-ID
1	1	SER	SER	GLN	GLN	A	A	8 - 237	11 - 240
2	1	SER	SER	GLN	GLN	B	C	8 - 237	11 - 240
3	1	SER	SER	GLN	GLN	D	E	8 - 237	11 - 240
4	1	SER	SER	GLN	GLN	F	G	8 - 237	11 - 240
5	1	SER	SER	GLN	GLN	I	I	8 - 237	11 - 240
6	1	SER	SER	GLN	GLN	K	K	8 - 237	11 - 240
7	1	SER	SER	GLN	GLN	M	M	8 - 237	11 - 240
8	1	SER	SER	GLN	GLN	O	O	8 - 237	11 - 240
9	1	SER	SER	GLN	GLN	Q	Q	8 - 237	11 - 240
10	1	SER	SER	GLN	GLN	S	S	8 - 237	11 - 240
11	1	SER	SER	GLN	GLN	U	U	8 - 237	11 - 240
12	1	SER	SER	GLN	GLN	W	W	8 - 237	11 - 240
13	1	SER	SER	GLN	GLN	Y	Y	8 - 237	11 - 240
14	1	SER	SER	GLN	GLN	1	AA	8 - 237	11 - 240
1	2	M1N	M1N	SER	SER	H	CA - B	273 - 522		222
2	2	M1N	M1N	SER	SER	C	DA - D	273 - 522		222
3	2	M1N	M1N	SER	SER	E	EA - F	273 - 522		222
4	2	M1N	M1N	SER	SER	G	FA - H	273 - 522		222
5	2	M1N	M1N	SER	SER	J	GA - J	273 - 522		222
6	2	M1N	M1N	SER	SER	L	HA - L	273 - 522		222
7	2	M1N	M1N	SER	SER	N	IA - N	273 - 522		222
8	2	M1N	M1N	SER	SER	P	JA - P	273 - 522		222
9	2	M1N	M1N	SER	SER	R	KA - R	273 - 522		222
10	2	M1N	M1N	SER	SER	T	LA - T	273 - 522		222
11	2	M1N	M1N	SER	SER	V	MA - V	273 - 522		222
12	2	M1N	M1N	SER	SER	X	NA - X	273 - 522		222
13	2	M1N	M1N	SER	SER	Z	OA - Z	273 - 522		222
14	2	M1N	M1N	SER	SER	2	PA - BA	273 - 522		222

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The entire complex is deposited. The complex includes 14 copies of PrcA and 14 copies of PrcB, and 14 copies of the inhibitor MLN-273 covalently linked to the first Thr in each of the 14 beta subunits.

#1: タンパク質	20S proteasome, alpha and beta subunits 分子量: 27199.297 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: PrcA / プラスミド: prcA-prcB-His6 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 76783992, UniProt: P9WHU1*PLUS
#2: タンパク質	proteasome, beta subunit 分子量: 25274.264 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: PrcB / プラスミド: pACYCDuet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 13881852, UniProt: P9WHT9*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-M1N / (1R)-3-METHYL-1-{[N-(MORPHOLIN-4-YLCARBONYL)-3-(1-NAPHTHYL)-D-ALANYL]AMINO}BUTYLBORONIC ACID / N-(4-MORPHOLINE)CARBONYL-B-(1-NAPHTHYL)-L-ALANINE-L-LEUCINE BORONIC ACID 分子量: 441.328 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₂BN₃O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 8% PEG 6000, 50 mM sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日
放射	モノクロメーター: Si Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→50 Å / Num. all: 398981 / Num. obs: 139848 / % possible obs: 0.944 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.99→3.11 Å / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 0.844

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
CBASS		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q5Q

1q5q

解像度: 2.99→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 54.114 / SU ML: 0.439 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26163	7037	5 %	RANDOM
R_work	0.22636	-	-	-
all	0.228	139848	-	-
obs	0.22814	132804	94.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.398 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.28 Å²	0 Å²	3.52 Å²
2-	-	1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.99→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46620	0	448	321	47389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	47824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.298	1.98	64792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.857	5	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.054	23.046	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.075	15	7672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.922	15	476
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	7322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	36484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	24672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	33213
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.412	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.231	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.571	1.5	31145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.006	2	48510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.949	3	18555
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.69	4.5	16282

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	880	tight positional	0.03	0.05
1	2	H	880	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	880	tight positional	0.03	0.05
1	4	E	880	tight positional	0.03	0.05
1	5	I	880	tight positional	0.03	0.05
1	6	K	880	tight positional	0.03	0.05
1	7	M	880	tight positional	0.03	0.05
1	8	O	880	tight positional	0.03	0.05
1	9	Q	880	tight positional	0.02	0.05
1	10	S	880	tight positional	0.02	0.05
1	11	U	880	tight positional	0.03	0.05
1	12	W	880	tight positional	0.03	0.05
1	13	Y	880	tight positional	0.03	0.05
1	14	1	880	tight positional	0.03	0.05
2	1	G	888	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	888	tight positional	0.03	0.05
2	3	D	888	tight positional	0.03	0.05
2	4	F	888	tight positional	0.04	0.05
2	5	J	888	tight positional	0.03	0.05
2	6	L	888	tight positional	0.03	0.05
2	7	N	888	tight positional	0.03	0.05
2	8	P	888	tight positional	0.03	0.05
2	9	R	888	tight positional	0.03	0.05
2	10	T	888	tight positional	0.03	0.05
2	11	V	888	tight positional	0.03	0.05
2	12	X	888	tight positional	0.04	0.05
2	13	Z	888	tight positional	0.04	0.05
2	14	2	888	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	813	medium positional	0.44	0.5
1	2	H	813	medium positional	0.32	0.5
1	3	C	813	medium positional	0.36	0.5
1	4	E	813	medium positional	0.34	0.5
1	5	I	813	medium positional	0.34	0.5
1	6	K	813	medium positional	0.36	0.5
1	7	M	813	medium positional	0.34	0.5
1	8	O	813	medium positional	0.33	0.5
1	9	Q	813	medium positional	0.32	0.5
1	10	S	813	medium positional	0.39	0.5
1	11	U	813	medium positional	0.34	0.5
1	12	W	813	medium positional	0.38	0.5
1	13	Y	813	medium positional	0.38	0.5
1	14	1	813	medium positional	0.34	0.5
2	1	G	783	medium positional	0.34	0.5
2	2	B	783	medium positional	0.34	0.5
2	3	D	783	medium positional	0.31	0.5
2	4	F	783	medium positional	0.34	0.5
2	5	J	783	medium positional	0.35	0.5
2	6	L	783	medium positional	0.29	0.5
2	7	N	783	medium positional	0.28	0.5
2	8	P	783	medium positional	0.3	0.5
2	9	R	783	medium positional	0.36	0.5
2	10	T	783	medium positional	0.31	0.5
2	11	V	783	medium positional	0.34	0.5
2	12	X	783	medium positional	0.36	0.5
2	13	Z	783	medium positional	0.41	0.5
2	14	2	783	medium positional	0.36	0.5
1	1	A	880	tight thermal	0.05	0.5
1	2	H	880	tight thermal	0.04	0.5
1	3	C	880	tight thermal	0.03	0.5
1	4	E	880	tight thermal	0.03	0.5
1	5	I	880	tight thermal	0.03	0.5
1	6	K	880	tight thermal	0.03	0.5
1	7	M	880	tight thermal	0.03	0.5
1	8	O	880	tight thermal	0.02	0.5
1	9	Q	880	tight thermal	0.03	0.5
1	10	S	880	tight thermal	0.02	0.5
1	11	U	880	tight thermal	0.02	0.5
1	12	W	880	tight thermal	0.03	0.5
1	13	Y	880	tight thermal	0.03	0.5
1	14	1	880	tight thermal	0.03	0.5
2	1	G	888	tight thermal	0.08	0.5
2	2	B	888	tight thermal	0.07	0.5
2	3	D	888	tight thermal	0.05	0.5
2	4	F	888	tight thermal	0.05	0.5
2	5	J	888	tight thermal	0.05	0.5
2	6	L	888	tight thermal	0.06	0.5
2	7	N	888	tight thermal	0.05	0.5
2	8	P	888	tight thermal	0.05	0.5
2	9	R	888	tight thermal	0.06	0.5
2	10	T	888	tight thermal	0.06	0.5
2	11	V	888	tight thermal	0.05	0.5
2	12	X	888	tight thermal	0.05	0.5
2	13	Z	888	tight thermal	0.06	0.5
2	14	2	888	tight thermal	0.06	0.5
1	1	A	813	medium thermal	0.36	2
1	2	H	813	medium thermal	0.3	2
1	3	C	813	medium thermal	0.22	2
1	4	E	813	medium thermal	0.24	2
1	5	I	813	medium thermal	0.23	2
1	6	K	813	medium thermal	0.21	2
1	7	M	813	medium thermal	0.22	2
1	8	O	813	medium thermal	0.19	2
1	9	Q	813	medium thermal	0.23	2
1	10	S	813	medium thermal	0.22	2
1	11	U	813	medium thermal	0.23	2
1	12	W	813	medium thermal	0.23	2
1	13	Y	813	medium thermal	0.23	2
1	14	1	813	medium thermal	0.24	2
2	1	G	783	medium thermal	0.68	2
2	2	B	783	medium thermal	0.56	2
2	3	D	783	medium thermal	0.44	2
2	4	F	783	medium thermal	0.42	2
2	5	J	783	medium thermal	0.36	2
2	6	L	783	medium thermal	0.55	2
2	7	N	783	medium thermal	0.43	2
2	8	P	783	medium thermal	0.44	2
2	9	R	783	medium thermal	0.47	2
2	10	T	783	medium thermal	0.49	2
2	11	V	783	medium thermal	0.44	2
2	12	X	783	medium thermal	0.4	2
2	13	Z	783	medium thermal	0.48	2
2	14	2	783	medium thermal	0.46	2

LS精密化シェル

解像度: 2.993→3.071 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	432	-
R_work	0.347	8245	-
obs	-	-	79.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.382	0.9871	-0.3577	1.1404	-0.3073	1.563	0.2371	-0.7027	0.4507	0.1753	-0.2409	0.1683	0.1133	0.039	0.0039	-0.2651	-0.1562	0.1463	0.0259	-0.2962	-0.0107	46.1315	6.5067	15.6718
2	2.8394	-0.4649	-0.2884	1.9118	-0.6373	1.6444	0.1299	-0.628	-0.293	0.3372	-0.18	0.2388	0.0787	0.066	0.05	-0.1209	-0.1898	0.1117	-0.0265	0.0291	-0.0854	40.4674	-24.8472	16.4796
3	2.3998	0.3928	-0.4178	1.9499	-0.6478	3.4836	-0.2418	-0.248	-0.2574	-0.1142	0.0638	-0.4147	0.2869	0.921	0.178	-0.2234	0.4024	0.268	0.4627	0.088	-0.2668	126.0415	-35.5851	-56.0898
4	2.4476	-0.7635	-0.1625	2.5066	0.4427	2.2724	0.1738	0.5117	0.1251	-0.8924	-0.0156	-0.0381	-0.5358	0.2197	-0.1582	0.5325	-0.1995	0.0143	0.0354	0.1132	-0.4385	90.2929	4.4893	-104.3247
5	2.4169	-0.6396	-0.3989	2.1326	-0.2294	2.4746	-0.0976	-0.3713	-0.461	0.024	0.0408	0.4174	0.383	-0.4281	0.0568	-0.3176	-0.2795	0.0843	-0.033	0.1197	0.1308	21.1411	-42.6564	-1.9259
6	1.9682	0.1609	-0.7	2.4711	0.3045	3.7465	0.0789	-0.1159	0.0737	-0.1489	-0.2083	-0.4665	-0.3187	1.2995	0.1294	-0.3552	-0.141	0.0847	0.6699	0.2531	-0.2289	127.7105	-3.3827	-60.3163
7	1.4684	-0.459	-0.7301	1.7928	0.1884	4.042	0.2162	0.0216	0.1712	-0.3414	-0.0397	-0.0064	-0.4633	0.8602	-0.1766	-0.0161	-0.3332	0.1675	0.1882	0.0671	-0.3381	111.6165	13.8067	-81.9982
8	2.5255	1.2472	-0.936	2.0018	-1.3306	3.0286	0.371	-0.1656	0.6199	0.6354	-0.1145	0.4807	-1.4024	-0.4978	-0.2565	0.3826	0.3211	0.2511	-0.2746	-0.1943	0.2333	32.6609	28.9111	-4.2351
9	3.1885	0.3257	-0.8094	2.8806	-0.2016	2.5558	-0.2608	-0.0106	-0.8262	-0.3002	-0.1005	-0.3634	0.7036	0.6646	0.3614	0.3815	0.4341	0.4405	-0.1569	0.0309	-0.023	107.6729	-57.474	-71.117
10	2.019	-0.5415	-0.2375	2.2393	0.7402	2.5289	-0.0911	0.0073	-0.4378	-0.0245	0.0076	0.7857	0.2414	-0.6922	0.0836	-0.4716	-0.2774	-0.0506	0.1741	0.0081	0.4104	1.4734	-32.9773	-25.3495
11	2.1433	-0.1159	-0.7068	2.6744	-0.9689	3.5546	0.075	0.1138	0.4838	0.1024	-0.0425	0.5697	-0.8031	-0.7895	-0.0325	-0.2518	0.4527	0.0206	-0.0288	0.0407	0.5092	11.038	24.1171	-27.5132
12	4.548	-0.1723	-0.6758	1.3952	0.0152	2.4202	-0.6408	0.9714	-0.4207	-0.3222	0.2318	0.0344	0.2787	-0.0562	0.409	0.3242	-0.3137	-0.0157	0.1314	-0.1614	-0.362	79.7368	-25.06	-110.275
13	4.2596	0.1161	1.1042	2.811	0.5623	2.0843	0.3651	1.3018	-0.8041	-0.6825	-0.3609	-0.0277	0.9695	0.4159	-0.0042	0.8682	0.2648	0.1728	0.0739	-0.3059	-0.2834	86.9105	-53.1176	-95.3982
14	2.2665	0.0481	-1.2261	2.2981	0.2905	3.1912	-0.0198	0.4208	0.2469	-0.0853	-0.0637	0.9607	-0.1798	-0.981	0.0834	-0.5464	0.1449	-0.2001	0.3266	0.0541	0.4756	-2.9913	-3.1384	-37.0084
15	2.0679	0.7685	-1.4461	1.3634	-0.6246	1.5034	0.0238	-0.287	0.1524	0.0144	-0.0216	0.215	-0.1319	0.4759	-0.0022	-0.1709	-0.1049	-0.0126	0.0274	-0.0813	-0.2043	77.0014	-5.8664	-5.7706
16	2.2665	0.2314	-0.838	0.6806	0.035	1.4056	-0.1144	-0.2265	0.01	-0.0517	-0.0656	0.1361	0.277	0.2446	0.1801	-0.0943	0.0588	0.0077	-0.0926	0.1053	-0.137	66.5427	-38.4546	-10.235
17	2.0888	0.6421	-0.6597	1.1304	-0.8632	1.4839	-0.0253	-0.2479	-0.0765	-0.1795	-0.0998	0.0179	0.1861	0.5006	0.1251	-0.2255	0.1495	0.0271	0.1513	0.0704	-0.2206	101.3592	-23.1152	-27.1376
18	1.3602	-1.0946	-1.0083	1.5395	0.8556	2.3493	0.1111	0.215	0.0535	-0.3049	-0.0262	-0.0321	-0.3949	-0.3074	-0.0849	0.2073	0.025	-0.2771	-0.1124	0.1622	-0.1587	56.3954	5.5444	-83.9503
19	2.0763	-0.5722	-0.5768	1.2014	0.5231	0.9483	-0.22	-0.0754	-0.0987	-0.2664	0.0388	0.1954	0.4512	-0.172	0.1812	0.1287	-0.1931	-0.0039	-0.281	0.0495	-0.0241	43.7254	-51.2131	-33.0172
20	0.8302	0.1096	-1.1302	0.6931	0.1603	3.3217	0.0967	-0.1748	0.0996	-0.0221	-0.0422	0.0502	-0.1236	0.5049	-0.0545	-0.1544	-0.2351	-0.0105	0.082	-0.0296	-0.1833	98.3367	9.7423	-37.7043
21	0.9614	-0.1527	-0.7901	1.4268	0.6869	2.0521	0.1488	0.0647	0.1492	-0.2055	0.0622	0.106	-0.2846	0.1319	-0.211	0.1303	-0.1868	-0.028	-0.2203	0.0794	-0.1183	78.3035	22.3843	-63.1364
22	1.443	0.3203	-1.2402	0.9135	-0.1686	2.1406	0.201	-0.1454	0.2439	-0.0686	-0.0158	0.2261	-0.3641	0.1338	-0.1853	0.0085	-0.0946	0.0445	-0.2919	-0.0769	-0.031	67.2154	22.4586	-23.1375
23	2.7122	0.8527	-1.0098	1.0915	-0.5263	1.598	-0.2986	-0.1296	-0.2878	-0.3455	-0.0084	0.0246	0.6578	0.3033	0.307	0.1512	0.294	0.1673	-0.2825	0.0868	-0.1232	84.9369	-51.2397	-39.1202
24	1.8186	-0.889	-0.9066	1.1597	0.6391	1.9271	-0.148	0.2269	-0.1999	-0.0932	0.0913	0.2273	0.3381	-0.5783	0.0567	-0.1089	-0.3459	-0.2643	0.0033	-0.0378	0.0874	25.4814	-34.2121	-57.1963
25	1.0903	0.2153	-0.8134	0.5255	0.4185	2.7714	0.294	0.1901	0.1389	-0.1927	-0.0933	0.2639	-0.3341	-0.2445	-0.2007	0.0305	0.1869	-0.0869	-0.2743	0.1697	0.1297	44.5011	24.7953	-49.1855
26	2.2614	-0.6186	-0.5507	1.0288	0.2236	1.4817	-0.2728	0.3474	0.0717	-0.3598	0.0293	0.0994	0.1212	-0.3229	0.2435	0.2808	-0.2616	-0.27	-0.0305	-0.0585	-0.2194	48.956	-28.1491	-84.7521
27	2.6829	-0.167	-0.4896	0.806	-0.1972	1.1402	-0.2714	0.1636	-0.1027	-0.3673	0.0436	0.1425	0.5432	-0.1235	0.2279	0.4617	-0.1619	-0.0015	-0.3683	-0.1696	-0.1743	61.5624	-53.5623	-64.8453
28	1.3411	-0.2583	-1.3115	1.3966	1.0057	3.2037	0.2582	0.4052	0.0693	-0.1515	-0.0677	0.3698	0.0247	-0.6291	-0.1904	-0.2422	0.1252	-0.3543	0.1083	0.1188	0.0847	25.9771	-0.285	-64.2002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 237
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	8 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	8 - 237
5	X-RAY DIFFRACTION	5	I	8 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	K	8 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	7	M	8 - 237
8	X-RAY DIFFRACTION	8	O	8 - 237
9	X-RAY DIFFRACTION	9	Q	8 - 237
10	X-RAY DIFFRACTION	10	S	8 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	U	8 - 237
12	X-RAY DIFFRACTION	12	W	8 - 237
13	X-RAY DIFFRACTION	13	Y	8 - 237
14	X-RAY DIFFRACTION	14	1	8 - 237
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	301 - 522
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	301 - 522
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	301 - 522
18	X-RAY DIFFRACTION	18	G	301 - 522
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	301 - 522
20	X-RAY DIFFRACTION	20	L	301 - 522
21	X-RAY DIFFRACTION	21	N	301 - 522
22	X-RAY DIFFRACTION	22	P	301 - 522
23	X-RAY DIFFRACTION	23	R	301 - 522
24	X-RAY DIFFRACTION	24	T	301 - 522
25	X-RAY DIFFRACTION	25	V	301 - 522
26	X-RAY DIFFRACTION	26	X	301 - 522
27	X-RAY DIFFRACTION	27	Z	301 - 522
28	X-RAY DIFFRACTION	28	2	301 - 522

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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