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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fdv | ||||||
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タイトル | Microsomal P450 2A6 with the inhibitor N-Methyl(5-(pyridin-3-yl)furan-2-yl)methanamine bound | ||||||
要素 | Cytochrome P450 2A6 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CYP2A6 / P450 2A6 / P450 / MONOOXYGENASE / DRUG METABOLIZING ENZYME / COUMARIN 7-HYDROXYLASE / NICOTINE OXIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cytoplasmic microtubule ...coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cytoplasmic microtubule / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / heme binding / enzyme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Yano, J.K. / Stout, C.D. / Johnson, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006 タイトル: Synthetic Inhibitors of Cytochrome P-450 2A6: Inhibitory Activity, Difference Spectra, Mechanism of Inhibition, and Protein Cocrystallization. 著者: Yano, J.K. / Denton, T.T. / Cerny, M.A. / Zhang, X. / Johnson, E.F. / Cashman, J.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE RESIDUES 1-28 WERE REPLACED WITH THE SEQUENCE MAKKTS |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fdv.cif.gz | 414.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fdv.ent.gz | 335.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fdv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/2fdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/2fdv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 54671.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2A6 / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH-5 ALPHA / 参照: UniProt: P11509, unspecific monooxygenase |
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-非ポリマー , 5種, 1457分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-D2G / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Polyethylene Glycol2000, Monomethyl Ether, TRIS, AMMONIUM SULFATE, ANAPOE-X-405 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月5日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing) |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→33.8 Å / Num. all: 294239 / Num. obs: 278644 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.045 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.662 / % possible all: 70.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1Z10 解像度: 1.65→33.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.8 Å
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拘束条件 |
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