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- PDB-2dap: C. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH DAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dap
タイトルC. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH DAP
要素DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / D-AMINO ACID DEHYDROGENASE / LYSINE BIOSYNTHESIS / DIAMINOPIMELATE
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Scapin, G. / Cirilli, M. / Reddy, S.G. / Gao, Y. / Vederas, J.C. / Blanchard, J.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Substrate and inhibitor binding sites in Corynebacterium glutamicum diaminopimelate dehydrogenase.
著者: Scapin, G. / Cirilli, M. / Reddy, S.G. / Gao, Y. / Vederas, J.C. / Blanchard, J.S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Three-Dimensional Structure of Meso-Diaminopimelic Acid Dehydrogenase from Corynebacterium Glutamicum
著者: Scapin, G. / Reddy, S.G. / Blanchard, J.S.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Expression, Purification, and Crystallization of Meso-Diaminopimelate Dehydrogenase from Corynebacterium Glutamicum
著者: Reddy, S.G. / Scapin, G. / Blanchard, J.S.
履歴
登録1997年12月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02023年8月9日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4332
ポリマ－35,2421
非ポリマー1901
水2,702150
1
A: DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8654
ポリマ－70,4852
非ポリマー3802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area6120 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25060 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.640, 121.640, 52.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-933-

HOH

21A-1049-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE / DAPDH


分子量: 35242.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
プラスミド: PET23A / 参照: UniProt: P04964, diaminopimelate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 13-17% PEG 8000 IN 100 MM NA-CACODYLATE, PH 6.5, 150-300 MM MG-ACETATE CRYSTAL
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 60 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112-14 %PEG80001reservoir
2150-300 mMmagnesium acetate1reservoir
3100 mMsodium cacodylate1reservoir
46-7 %PEG80001drop
575-150 mMmagnesium acetate1drop
650 mMsodium cacodylate1drop
710 mg/mlprotein1drop
81 mMNADP+1drop
915 mMDAP1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月1日
放射モノクロメーター: NI FILTERS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 21456 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 82.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 86282 / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.3 % / Num. unique obs: 2297 / Num. measured obs: 7642 / Rmerge(I) obs: 0.293

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DAP

1dap


解像度: 2.2→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2069 10 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 21456 91.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2445 0 13 150 2608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.701
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 211 11.2 %
Rwork0.273 1854 -
obs--75.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DAP.PARDAP.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.195 / Rfactor obs: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.17 / Num. reflection obs: 20794
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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