+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dap | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | C. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH DAP | ||||||||||||
![]() | DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / D-AMINO ACID DEHYDROGENASE / LYSINE BIOSYNTHESIS / DIAMINOPIMELATE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Scapin, G. / Cirilli, M. / Reddy, S.G. / Gao, Y. / Vederas, J.C. / Blanchard, J.S. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate and inhibitor binding sites in Corynebacterium glutamicum diaminopimelate dehydrogenase. 著者: Scapin, G. / Cirilli, M. / Reddy, S.G. / Gao, Y. / Vederas, J.C. / Blanchard, J.S. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Meso-Diaminopimelic Acid Dehydrogenase from Corynebacterium Glutamicum 著者: Scapin, G. / Reddy, S.G. / Blanchard, J.S. #2: ![]() タイトル: Expression, Purification, and Crystallization of Meso-Diaminopimelate Dehydrogenase from Corynebacterium Glutamicum 著者: Reddy, S.G. / Scapin, G. / Blanchard, J.S. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 57.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 438.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35242.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() プラスミド: PET23A / 参照: UniProt: P04964, diaminopimelate dehydrogenase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-API / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.5 詳細: 13-17% PEG 8000 IN 100 MM NA-CACODYLATE, PH 6.5, 150-300 MM MG-ACETATE CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTERS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 21456 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 82.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 86282 / Rmerge(I) obs: 0.102 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.3 % / Num. unique obs: 2297 / Num. measured obs: 7642 / Rmerge(I) obs: 0.293 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DAP 解像度: 2.2→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.195 / Rfactor obs: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.17 / Num. reflection obs: 20794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|