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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dap | ||||||||||||
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タイトル | C. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH DAP | ||||||||||||
要素 | DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / D-AMINO ACID DEHYDROGENASE / LYSINE BIOSYNTHESIS / DIAMINOPIMELATE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Scapin, G. / Cirilli, M. / Reddy, S.G. / Gao, Y. / Vederas, J.C. / Blanchard, J.S. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Substrate and inhibitor binding sites in Corynebacterium glutamicum diaminopimelate dehydrogenase. 著者: Scapin, G. / Cirilli, M. / Reddy, S.G. / Gao, Y. / Vederas, J.C. / Blanchard, J.S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Three-Dimensional Structure of Meso-Diaminopimelic Acid Dehydrogenase from Corynebacterium Glutamicum 著者: Scapin, G. / Reddy, S.G. / Blanchard, J.S. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1996 タイトル: Expression, Purification, and Crystallization of Meso-Diaminopimelate Dehydrogenase from Corynebacterium Glutamicum 著者: Reddy, S.G. / Scapin, G. / Blanchard, J.S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dap.cif.gz | 77.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dap.ent.gz | 57.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dap.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dap_validation.pdf.gz | 432.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2dap_full_validation.pdf.gz | 438.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2dap_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dap_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/2dap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/2dap | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35242.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) プラスミド: PET23A / 参照: UniProt: P04964, diaminopimelate dehydrogenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-API / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 13-17% PEG 8000 IN 100 MM NA-CACODYLATE, PH 6.5, 150-300 MM MG-ACETATE CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTERS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 21456 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 82.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 86282 / Rmerge(I) obs: 0.102 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.3 % / Num. unique obs: 2297 / Num. measured obs: 7642 / Rmerge(I) obs: 0.293 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DAP 解像度: 2.2→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.195 / Rfactor obs: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.17 / Num. reflection obs: 20794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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