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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bza | ||||||
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タイトル | BOVINE PANCREAS BETA-TRYPSIN IN COMPLEX WITH BENZYLAMINE | ||||||
要素 | PROTEIN (TRYPSIN) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HYDROLASE (SERINE PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ota, N. / Stroupe, C. / Ferreira-Da-Silva, J.M.S. / Shah, S.S. / Mares-Guia, M. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1999 タイトル: Non-Boltzmann thermodynamic integration (NBTI) for macromolecular systems: relative free energy of binding of trypsin to benzamidine and benzylamine. 著者: Ota, N. / Stroupe, C. / Ferreira-da-Silva, J.M. / Shah, S.A. / Mares-Guia, M. / Brunger, A.T. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystal structure of bovine beta-trypsin at 1.5 A resolution in a crystal form with low molecular packing density. Active site geometry, ion pairs and solvent structure. 著者: Bartunik, H.D. / Summers, L.J. / Bartsch, H.H. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1983 タイトル: The Geometry of the Reactive Site and of the Peptide Groups in Trypsin, Trypsinogen and its Complexes with Inhibitors 著者: Marquart, M. / Walter, J. / Deisenhofer, J. / Bode, W. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bza.cif.gz | 56.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bza.ent.gz | 40.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bza.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2bza_validation.pdf.gz | 450.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2bza_full_validation.pdf.gz | 453 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2bza_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2bza_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/2bza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/2bza | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: BOVINE PANCREAS BETA-TRYPSIN PURCHASED FROM WORTHINGTON BIOCHEMICAL CORPORATION 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
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-非ポリマー , 5種, 107分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-ABN / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→24 Å / Num. obs: 21208 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19.25 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.96 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.201 / % possible all: 84 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 32 Å / Num. obs: 20938 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.347 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3PTB 解像度: 1.9→32 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high rms absF: 448793.95 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.66 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 32 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor obs: 0.175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.255 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.226 / Num. reflection obs: 1934 |