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- PDB-2bx7: Crystal structure of L. lactis dihydroorotate dehydrogense A in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bx7
タイトルCrystal structure of L. lactis dihydroorotate dehydrogense A in complex with 3,5-dihydroxybenzoate
要素DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NUCLEOTIDE METABOLISM / DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1 / Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : ...Dihydroorotate dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1 / Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-DIHYDROXYBENZOATE / ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dihydroorotate dehydrogenase A (fumarate) / Dihydroorotate dehydrogenase A (fumarate)
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Wolfe, A.E. / Hansen, M. / Gattis, S.G. / Hu, Y.-C. / Johansson, E. / Arent, S. / Larsen, S. / Palfey, B.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Interaction of Benzoate Pyrimidine Analogues with Class 1A Dihydroorotate Dehydrogenase from Lactococcus Lactis.
著者: Wolfe, A.E. / Thymark, M. / Gattis, S.G. / Fagan, R.L. / Hu, Y.-C. / Johansson, E. / Arent, S. / Larsen, S. / Palfey, B.A.
履歴
登録2005年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
B: DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7519
ポリマ－68,4842
非ポリマー1,2677
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.710, 108.127, 66.216
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 128
2112B1 - 128
1212A140 - 312
2212B140 - 312

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8791, 0.011, 0.4766), (0.108, -0.9999, 0.003), (0.4766, 0.0025, -0.8791)
ベクター: -8.4899, 64.2939, 32.0727)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE / DIHYDROOROTATE OXIDASE A / DHODEHASE A / DHODASE A / DHOD A


分子量: 34242.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P54321, UniProt: A2RJT9*PLUS, EC: 1.3.3.1

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非ポリマー , 6種, 282分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-34D / 3,5-DIHYDROXYBENZOATE / 3,5-ジヒドロキシ安息香酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: HANGING DROPS OF 2 MICROLITERS PROTEIN AND INHIBITOR (17 MG/ML PROTEIN AND 2.6 MM 3, 5-DIHYDROXYBENZOATE) AND 2 MIKROLITERS RESERVOIR. DROPS WERE EQUILIBRATED OVER 1 ML RESERVOIR SOLUTION. ...詳細: HANGING DROPS OF 2 MICROLITERS PROTEIN AND INHIBITOR (17 MG/ML PROTEIN AND 2.6 MM 3, 5-DIHYDROXYBENZOATE) AND 2 MIKROLITERS RESERVOIR. DROPS WERE EQUILIBRATED OVER 1 ML RESERVOIR SOLUTION. RESERVOIR SOLUTION: 30 % PEG 6000, 1 MM DTT, 0.2 M SODIUM ACETATE AND 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54179
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→25 Å / Num. obs: 47526 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 47.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OVD

1ovd


解像度: 2.04→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.276 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2236 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.187 41966 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.76 Å20 Å2-0.52 Å2
2---2.42 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 85 275 5178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.9926777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.882310557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5715620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02937
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.25088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22770
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1640.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8431.53093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56124970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37731914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8394.51807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1759tight positional0.040.05
2776medium positional0.240.5
1759tight thermal0.210.5
2776medium thermal0.672
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.283 131
Rwork0.294 2257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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