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- PDB-2bve: Structure of the N-terminal of Sialoadhesin in complex with 2-Phe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bve
タイトルStructure of the N-terminal of Sialoadhesin in complex with 2-Phenyl- Prop5Ac
要素SIALOADHESIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / LECTIN / SUPERFAMILY / CARBOHYDRATE BINDING / SIGLEC / INHIBITOR DESIGN / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / endocytosis / carbohydrate binding / cell adhesion / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain ...CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PH5 / Sialoadhesin
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zaccai, N.R. / May, A.P. / Robinson, R.C. / Burtnick, L.D. / Crocker, P. / Brossmer, R. / Kelm, S. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystallographic and in Silico Analysis of the Sialoside-Binding Characteristics of the Siglec Sialoadhesin.
著者: Zaccai, N.R. / May, A.P. / Robinson, R.C. / Burtnick, L.D. / Crocker, P. / Brossmer, R. / Kelm, S. / Jones, E.Y.
履歴
登録2005年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIALOADHESIN
B: SIALOADHESIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4654
ポリマ－26,6382
非ポリマー8272
水2,054114
1
A: SIALOADHESIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7332
ポリマ－13,3191
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SIALOADHESIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7332
ポリマ－13,3191
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)31.974, 70.961, 102.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.35759, -0.82448, -0.43859), (-0.81737, 0.50348, -0.28004), (0.45171, 0.25835, -0.85394)
ベクター: 34.01, 20.36, 12.51)

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要素

#1: タンパク質 SIALOADHESIN / SND1 / SIALIC ACID BINDING IG-LIKE LECTIN-1 / SIGLEC-1


分子量: 13319.107 Da / 分子数: 2 / 断片: DOMAIN ONE, IG-LIKE V-TYPE DOMAIN, RESIDUES 20-138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: MACROPHAGE / プラスミド: PEE14 PLASMID
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q62230
#2: 糖 ChemComp-PH5 / benzyl 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / 2-PHENYL-PROP5AC / benzyl 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / benzyl 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / benzyl 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 413.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27NO9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
解説: DATA COLLECTED TO 2.1 ANGSTROM. STRUCTURE ONLY REFINED TO 2.2 ANGSTROM. MOLECULAR REPLACEMENT WITH ALL DATA BETWEEN 20 AND 3 ANGSTROM.
結晶化pH: 5.6
詳細: 1:1 DROP WITH 10MG/ML PROTEIN, 10MM DTT AND 24% PEG4000, 0.16MM MGCL2, 0.08 TRIS PH 8.5, 25MM COMPOUND

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データ収集

回折平均測定温度: 104 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 13244 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.95 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.45
反射 シェル解像度: 2.17→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QFO

1qfo


解像度: 2.2→19.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 96148.69 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 607 5.1 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 11861 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.0175 Å2 / ksol: 0.360159 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.55 Å20 Å20 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----5.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1864 0 58 114 2036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 101 5.6 %
Rwork0.248 1696 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PROP_VERS11.PARAMPROP_VERS11.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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