PDB-2bt4: Type II Dehydroquinase inhibitor complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bt4

タイトル

Type II Dehydroquinase inhibitor complex

要素

3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

キーワード

LYASE / SHIKIMATE PATHWAY / DEHYDROQUINATE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Toscano, M.D. / Stewart, K.A. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J. / Abell, C.

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Rational Design of New Bifunctional Inhibitors of Type II Dehydroquinase.
著者: Toscano, M.D. / Stewart, K.A. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J. / Abell, C.

履歴

登録	2005年5月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月9日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bt4.cif.gz	394.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bt4.ent.gz	318.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bt4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2bt4_validation.pdf.gz	917.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bt4_full_validation.pdf.gz	962.1 KB	表示
XML形式データ	2bt4_validation.xml.gz	40 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/2bt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/2bt4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1gu1S 1d0i 1gtz 1gu0 1v1j S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gtz-d 2cjf-d 1gu0-d 1gu1-d 1gqo-1 1gqo-2 2uyg-d 1d0i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (6)

登録構造単位

A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

D: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

E: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

F: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

G: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

H: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

I: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

J: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

K: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

L: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

ヘテロ分子

206 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.616, 196.487, 240.626
Angle α, β, γ (deg.)	65.91, 65.91, 90.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	2 - 2350
2	1	1	2	B	2 - 2350
3	1	1	2	C	2 - 2350
4	1	1	2	D	2 - 2350
5	1	1	2	E	2 - 2350
6	1	1	2	F	2 - 2350
7	1	1	2	G	2 - 2350
8	1	1	2	H	2 - 2350
9	1	1	2	I	2 - 2350
10	1	1	2	J	2 - 2350
11	1	1	2	K	2 - 2350
12	1	1	2	L	2 - 2350

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1, 0.00164, -0.00152), (-0.00164, 0.99999, 0.00308), (0.00152, -0.00308, 0.99999)	246.33563, 246.17461, 148.84818
2	generate	(0.99947, 0.0061, 0.03203), (0.00417, -0.99821, 0.05974), (0.03234, -0.05957, -0.9977)	196.54251, 98.19156, 97.63085
3	generate	(0.99939, 0.00797, 0.03387), (0.00587, -0.99809, 0.06156), (0.03429, -0.06133, -0.99753)	148.16568, 49.88283, 50.02044
4	generate	(-0.02277, 0.04661, 0.99865), (0.99974, 0.0027, 0.02267), (-0.00164, 0.99891, -0.04666)	97.34286, 194.04362, 97.87107
5	generate	(0.99943, -0.00324, 0.03367), (0.00415, 0.99963, -0.02696), (-0.03357, 0.02709, 0.99907)	48.01399, 146.20187, 50.69334
6	generate	(-0.99959, -0.01915, -0.02113), (0.02168, -0.02904, -0.99934), (0.01852, -0.99939, 0.02944)	147.27696, 147.75333, 50.34828
7	generate	(-0.9996, -0.01929, -0.02056), (0.02109, -0.02788, -0.99939), (0.0187, -0.99943, 0.02827)	195.72841, 196.02829, 97.88367
8	generate	(0.00518, -0.99994, 0.00977), (0.99983, 0.00501, -0.01756), (0.01751, 0.00986, 0.9998)	196.87617, 292.03571, 196.43922
9	generate	(0.0023, -0.99994, 0.01082), (0.99989, 0.00215, -0.01446), (0.01444, 0.01085, 0.99984)	148.49939, 243.81952, 148.83624
10	generate	(0.00428, 0.99994, -0.0099), (0.99983, -0.00445, -0.01793), (-0.01797, -0.00982, -0.99979)	50.46099, 47.50018, 49.98738
11	generate	(0.99957, 0.02148, 0.02002), (-0.01978, -0.01131, 0.99974), (0.02171, -0.99971, -0.01088)	98.32037, 96.62315, 97.8279
12	generate	(-0.00078, 0.99993, -0.01155), (-0.99988, -0.00096, -0.01541), (-0.01542, 0.01154, 0.99981)	248.65833, 148.35861, 148.89571
13	generate	(-0.0027, 0.99992, -0.01195), (-0.9999, -0.00287, -0.01401), (-0.01404, 0.01191, 0.99983)	297.13226, 196.70517, 196.35144
14	generate	(0.01676, -0.04606, -0.9988), (0.99984, 0.00745, 0.01643), (0.00668, -0.99891, 0.04618)	150.05875, 145.57765, 148.48975
15	generate	(-0.02028, 0.04604, 0.99873), (0.99979, -0.00199, 0.0204), (0.00293, 0.99894, -0.04599)	199.11589, 193.77959, 196.05844

詳細

THE BIOMOLECULE CONSISTS OF A MOLECULEFORMED BY SPACEGROUP SYMMETRY EXPANSION OF THEASYMMETRIC UNIT. COORDINATES ARE GIVEN FOR A SINGLE ASYMMETRICUNIT OF THE PROTEIN ASSEMBLY.

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE / TYPE II DEHYDROQUINASE 分子量: 16700.801 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RATIONALLY DESIGNED BIFUNCTIONAL INHIBITOR 由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア) プラスミド: PDHQ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15474, 3-dehydroquinate dehydratase

#1: タンパク質

3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE / TYPE II DEHYDROQUINASE

分子量: 16700.801 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RATIONALLY DESIGNED BIFUNCTIONAL INHIBITOR
由来: (組換発現)

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
プラスミド: PDHQ / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15474, 3-dehydroquinate dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 1763分子

#2: 化合物	ChemComp-CA2 / (1S,3R,4R,5S)-1,3,4-TRIHYDROXY-5-(3-PHENOXYPROPYL)CYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID / 1,3,4-TRIHYDROXY-5-(3-PHENOXYPROPYL)-CYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID / 1,3β,4α-トリヒドロキシ-5β-(3-フェノキシプロピル)シクロヘキサン-1β-カルボン酸分子量: 310.342 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂O₆
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: 15% PEG8K, 0.2M NAKPHOSPHATE, 0.1M MOPS/HCL PH6.5, pH 6.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月25日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 3557702 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 2.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GU1

1gu1

解像度: 1.7→27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.669 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS IS A SUPERLATTICE STRUCTURE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	123052	5 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.199	2328347	75.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	-0.05 Å²	-0.21 Å²
2-	-	-0.89 Å²	0.31 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13452	0	388	1731	15571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	227205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	203386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.865	1.94	309283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.679	3	470901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.688	5	28426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.994	23.91	10765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.759	15	32898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.436	15	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	34759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	256607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	45179
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	6660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	28446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	14551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	16419
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	5572
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.32	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.341	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.219	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.238	1.5	178073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.495	2	226612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.489	3	93572
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.398	4.5	82664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	10450	tight positional	0.09	0.05
2	B	10450	tight positional	0.07	0.05
3	C	10450	tight positional	0.09	0.05
4	D	10450	tight positional	0.09	0.05
5	E	10450	tight positional	0.08	0.05
6	F	10450	tight positional	0.08	0.05
7	G	10450	tight positional	0.08	0.05
8	H	10450	tight positional	0.07	0.05
9	I	10450	tight positional	0.08	0.05
10	J	10450	tight positional	0.08	0.05
11	K	10450	tight positional	0.1	0.05
12	L	10450	tight positional	0.08	0.05
1	A	15801	medium positional	0.2	0.5
2	B	15801	medium positional	0.19	0.5
3	C	15801	medium positional	0.22	0.5
4	D	15801	medium positional	0.22	0.5
5	E	15801	medium positional	0.22	0.5
6	F	15801	medium positional	0.21	0.5
7	G	15801	medium positional	0.24	0.5
8	H	15801	medium positional	0.19	0.5
9	I	15801	medium positional	0.19	0.5
10	J	15801	medium positional	0.2	0.5
11	K	15801	medium positional	0.21	0.5
12	L	15801	medium positional	0.2	0.5
1	A	10450	tight thermal	0.3	0.5
2	B	10450	tight thermal	0.27	0.5
3	C	10450	tight thermal	0.28	0.5
4	D	10450	tight thermal	0.29	0.5
5	E	10450	tight thermal	0.31	0.5
6	F	10450	tight thermal	0.29	0.5
7	G	10450	tight thermal	0.31	0.5
8	H	10450	tight thermal	0.28	0.5
9	I	10450	tight thermal	0.28	0.5
10	J	10450	tight thermal	0.28	0.5
11	K	10450	tight thermal	0.31	0.5
12	L	10450	tight thermal	0.27	0.5
1	A	15801	medium thermal	0.83	2
2	B	15801	medium thermal	0.79	2
3	C	15801	medium thermal	0.83	2
4	D	15801	medium thermal	0.83	2
5	E	15801	medium thermal	0.84	2
6	F	15801	medium thermal	0.79	2
7	G	15801	medium thermal	0.86	2
8	H	15801	medium thermal	0.81	2
9	I	15801	medium thermal	0.81	2
10	J	15801	medium thermal	0.83	2
11	K	15801	medium thermal	0.85	2
12	L	15801	medium thermal	0.83	2

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 15 /

	R_factor	反射数
R_free	0.348	10488
R_work	0.275	199751

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0903	0.0042	-0.0064	0.0883	-0.0123	0.066	-0.0041	-0.0028	-0.0108	0.0014	-0.0002	0.003	0.0037	-0.0047	0.0043	-0.0109	-0.0066	-0.004	-0.0261	-0.0099	-0.0275	0.4803	0.0264	-0.3705
2	0.0753	-0.0083	-0.0072	0.1003	0.0002	0.0657	-0.0003	-0.002	0.0081	0.0045	-0.0006	0.0011	0.0051	0.0047	0.001	-0.0059	-0.0055	0.0013	-0.0001	-0.0052	-0.0189	246.9773	246.3505	148.5702
3	0.1415	-0.0004	-0.0119	0.0841	-0.0094	0.073	0.0069	0.0018	0.0053	0.0079	-0.0013	-0.0008	-0.0025	-0.0028	-0.0056	-0.0066	0.006	0.0003	-0.0147	0.0011	-0.028	197.0875	98.2766	98.0272
4	0.0931	0.0075	-0.0074	0.084	-0.0184	0.0755	0.0004	-0.0054	-0.0018	-0.001	-0.0009	-0.0026	0.0016	-0.0038	0.0005	-0.0049	0.002	0	-0.012	-0.0032	-0.0184	148.6918	49.927	50.3717
5	0.0742	0.0057	-0.0056	0.067	0.013	0.0347	0.0031	-0.0038	0.0003	0.0143	-0.0024	-0.008	-0.004	0.0072	-0.0008	-0.0096	0.0015	-0.0064	-0.02	-0.0042	-0.0412	97.0551	194.7195	97.9131
6	0.1102	0.0027	0.0004	0.0745	0.0007	0.0644	-0.0013	0.0014	-0.0019	0.0055	0.0016	-0.0035	0.002	-0.0021	-0.0003	-0.0134	-0.0011	-0.0037	-0.0207	-0.0093	-0.0298	48.5508	146.3132	50.3443
7	0.1052	-0.0025	-0.0064	0.0563	-0.0077	0.0574	-0.0055	0.0125	-0.0006	-0.0083	-0.0004	-0.002	-0.0011	0.0009	0.0059	-0.0198	-0.0047	-0.0051	-0.032	-0.0039	-0.0388	146.8271	148.2095	50.3457
8	0.1242	-0.0035	0.0054	0.0778	-0.0186	0.0673	-0.0007	-0.0005	0.001	-0.0046	0.0022	0.004	0.0038	-0.002	-0.0015	-0.0073	0.0006	-0.0003	-0.014	-0.0003	-0.0283	195.3115	196.5291	97.9162
9	0.0971	0.0085	-0.0182	0.0897	0.0044	0.0921	-0.0017	0.0129	-0.0013	-0.0059	0.0017	-0.0048	0.0021	0.0051	0.0001	-0.0065	0.003	-0.0036	-0.0096	-0.0058	-0.0171	196.9942	292.7731	196.2014
10	0.1173	0.0036	-0.0073	0.0974	0.0067	0.0899	-0.0043	0.008	0.0081	-0.0001	0.0043	0.0061	-0.008	0.0047	0	-0.0069	0.0037	0.0018	-0.0159	0.0018	-0.0263	148.5957	244.5363	148.554
11	0.0882	-0.0193	0.0072	0.0794	-0.0071	0.0675	0	0.0047	0.0027	0	-0.0005	0.0007	0.0003	-0.004	0.0004	-0.0112	-0.0065	-0.0024	-0.0226	-0.0046	-0.0384	50.4762	48.0892	50.3179
12	0.108	0.0048	-0.0226	0.084	-0.0184	0.0827	-0.0043	-0.0043	0.0016	0.001	0.0005	-0.0004	0.0007	-0.0057	0.0038	0.0002	-0.0077	-0.0002	0.006	-0.0078	-0.0205	98.8426	96.4223	97.9112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 2350
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 2350
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 2350
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 2350
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 2350
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 2350
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 2350
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 2350
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 2350
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 2350
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 2350
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 2350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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