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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bpy | ||||||
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タイトル | HIV-1 protease-inhibitor complex | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Munshi, S. / Chen, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme. 著者: Munshi, S. / Chen, Z. / Li, Y. / Olsen, D.B. / Fraley, M.E. / Hungate, R.W. / Kuo, L.C. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure at 1.9-A Resolution of Human Immunodeficiency Virus (HIV) II Protease Complexed with L-735,524, an Orally Bioavailable Inhibitor of the HIV Proteases 著者: Chen, Z. / Li, Y. / Chen, E. / Hall, D.L. / Darke, P.L. / Culberson, C. / Shafer, J.A. / Kuo, L.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bpy.cif.gz | 53.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bpy.ent.gz | 38.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bpy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2bpy_validation.pdf.gz | 451.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2bpy_full_validation.pdf.gz | 454.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2bpy_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2bpy_validation.cif.gz | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bpy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THERE IS ONE PROTEASE DIMER IN AN ASYMMETRICAL UNIT. THE TWO MOLECULES ARE LABELED AS CHAIN A AND CHAIN B. THERE IS ONE L-739,622 INHIBITOR MOLECULE LABELED AS 3IN. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH L-739,622 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 遺伝子: HIV-1 PROTEASE FROM THE NY5 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04587, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | ChemComp-3IN / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 16008 / % possible obs: 81.8 % / Num. measured all: 95383 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.197 / Rfactor obs: 0.197 / 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |