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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2biw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apocarotenoid cleavage oxygenase from Synechocystis, native enzyme | ||||||
要素 | APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / OXYGENASE / NON-HEME IRON / CAROTENOID CLEAVAGE / RETINAL FORMATION / DIOXYGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SYNECHOCYSTIS SP. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å | ||||||
データ登録者 | Kloer, D.P. / Ruch, S. / Al-Babili, S. / Beyer, P. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2005 タイトル: The Structure of a Retinal-Forming Carotenoid Oxygenase 著者: Kloer, D.P. / Ruch, S. / Al-Babili, S. / Beyer, P. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2biw.cif.gz | 386.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2biw.ent.gz | 316.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2biw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2biw_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2biw_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2biw_validation.xml.gz | 77.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2biw_validation.cif.gz | 104.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/2biw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/2biw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 12 - 490 / Label seq-ID: 12 - 490
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54344.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNECHOCYSTIS SP. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: PET3B-ACO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P74334 #2: 化合物 | ChemComp-3ON / ( #3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE NAME OF THE MOLECULE IN THE UNIPROT DATABASE WITH ACCESSION NUMBER P74334 IS LIGNOSTILBENE- ...THE NAME OF THE MOLECULE IN THE UNIPROT DATABASE WITH ACCESSION NUMBER P74334 IS LIGNOSTILB | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % |
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結晶化 | pH: 5.7 / 詳細: pH 5.70 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2399 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2399 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→44 Å / Num. obs: 111472 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 80.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: ACO APO FORM 解像度: 2.39→44.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 12.241 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→44.41 Å
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拘束条件 |
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