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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ace | |||||||||
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タイトル | NATIVE ACETYLCHOLINESTERASE (E.C. 3.1.1.7) FROM TORPEDO CALIFORNICA | |||||||||
要素 | ACETYLCHOLINESTERASE | |||||||||
キーワード | SERINE HYDROLASE / NEUROTRANSMITTER CLEAVAGE / CATALYTIC TRIAD / ALPHA/BETA HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Torpedo californica (エイ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Harel, M. / Raves, M.L. / Silman, I. / Sussman, J.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure of acetylcholinesterase complexed with the nootropic alkaloid, (-)-huperzine A. 著者: Raves, M.L. / Harel, M. / Pang, Y.-P. / Silman, I. / Kozikowski, A.P. / Sussman, J.L. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1996 タイトル: Residues in Torpedo Californica Acetylcholinesterase Necessary for Processing to a Glycosyl Phosphatidylinositol-Anchored Form 著者: Bucht, G. / Hjalmarsson, K. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: Structure and Dynamics of the Active Site Gorge of Acetylcholinesterase: Synergistic Use of Molecular Dynamics Simulation and X-Ray Crystallography 著者: Axelsen, P.H. / Harel, M. / Silman, I. / Sussman, J.L. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Quaternary Ligand Binding to Aromatic Residues in the Active-Site Gorge of Acetylcholinesterase 著者: Harel, M. / Schalk, I. / Ehret-Sabatier, L. / Bouet, F. / Goeldner, M. / Hirth, C. / Axelsen, P.H. / Silman, I. / Sussman, J.L. #4: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Atomic Structure of Acetylcholinesterase from Torpedo Californica: A Prototypic Acetylcholine-Binding Protein 著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Purification and Crystallization of a Dimeric Form of Acetylcholinesterase from Torpedo Californica Subsequent to Solubilization with Phosphatidylinositol-Specific Phospholipase C 著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Varon, L. / Toker, L. / Futerman, A.H. / Silman, I. #6: ジャーナル: Nature / 年: 1986 タイトル: Primary Structure of Torpedo Californica Acetylcholinesterase Deduced from its Cdna Sequence 著者: Schumacher, M. / Camp, S. / Maulet, Y. / Newton, M. / Macphee-Quigley, K. / Taylor, S.S. / Friedmann, T. / Taylor, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ace.cif.gz | 117.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ace.ent.gz | 92.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ace.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ace_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ace_full_validation.pdf.gz | 451.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ace_validation.xml.gz | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ace_validation.cif.gz | 33.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/2ace ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/2ace | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | TORPEDO CALIFONICA ACETYLCHOLINESTERASE IS A G2 DIMER IN SOLUTION (SEE SUSSMAN 1988). THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A MONOMER, WITH THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS RELATING THE TWO MONOMERS IN A DIMER. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60736.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Torpedo californica (エイ) / 器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G2 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THERE IS RECENT EVIDENCE (SEE BUCHT 1996) THAT THE GPI ANCHOR IS ATTACHED TO EITHER SER 543 OR SER ...THERE IS RECENT EVIDENCE (SEE BUCHT 1996) THAT THE GPI ANCHOR IS ATTACHED TO EITHER SER 543 OR SER 544, NOT TO CYS 537. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 5.8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 35% PEG 200, 100 MM MES, PH 5.8, AT 4 DEG., temperature 277K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 46243 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Rsym value: 0.713 / % possible all: 96.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 138332 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.621 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ACE 1ace 解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE NATURAL SUBSTRATE ACETYLCHOLINE, IN AN ALL-TRANS CONFORMATION, HAS BEEN MANUALLY DOCKED INTO THE ACTIVE SITE, COVALENTLY BOUND TO SER 200 IN A TETRAHEDRAL INTERMEDIATE CONFORMATION. THE ...詳細: THE NATURAL SUBSTRATE ACETYLCHOLINE, IN AN ALL-TRANS CONFORMATION, HAS BEEN MANUALLY DOCKED INTO THE ACTIVE SITE, COVALENTLY BOUND TO SER 200 IN A TETRAHEDRAL INTERMEDIATE CONFORMATION. THE ACETYLCHOLINE IS A MODEL, NOT DERIVED FROM THE EXPERIMENTAL DATA.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.025
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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