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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ab6 | ||||||
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タイトル | HUMAN GLUTATHIONE S-TRANSFERASE M2-2 (E.C.2.5.1.18) complexed with S-METHYLGLUTATHIONE | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase Mu 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / S-METHYLGLUTATHIONE / CONJUGATION / DETOXIFICATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / glutathione binding / hepoxilin biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / relaxation of cardiac muscle / intercellular bridge ...nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / glutathione binding / hepoxilin biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / relaxation of cardiac muscle / intercellular bridge / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / cellular response to caffeine / glutathione transferase / glutathione transferase activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / xenobiotic catabolic process / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / glutathione metabolic process / sarcoplasmic reticulum / fatty acid binding / signaling receptor binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Listowsky, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Perturbations in the Active Site of Human Glutathione-S-Transferase M2-2 Upon Ligand Binding 著者: Patskovsky, Y. / Patskovska, L. / Almo, S.C. / Listowsky, I. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Expression, Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Ligand-Free Human Glutathione S-Transferase M2-2 著者: Patskovska, L.N. / Fedorov, A.A. / Patskovsky, Y.V. / Almo, S.C. / Listowsky, I. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Class Mu Glutathione Transferase Gstm2-2. Effects of Lattice Packing on Conformational Heterogeneity 著者: Raghunathan, S. / Chandross, R.J. / Kretsinger, R.H. / Allison, T.J. / Penington, C.J. / Rule, G.S. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991 タイトル: Cloning, Expression, and Characterization of a Class-Mu Glutathione Transferase from Human Muscle, the Product of the Gst4 Locus 著者: Vorachek, W.R. / Pearson, W.R. / Rule, G.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 153.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2gtuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 217 / Label seq-ID: 1 - 217
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詳細 | The biological assembly is a homodimer composed of two identical monomers. The asymmetric unit contains two homodimers, composed of chains A/B and C/D, respectively. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25645.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GSM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 4000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 28327 / Num. obs: 28327 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3927 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 73.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2GTU 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / SU B: 14.608 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.864 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 1828 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 20
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