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万見
- PDB-6gsx: FIRST-SPHERE AND SECOND-SPHERE ELECTROSTATIC EFFECTS IN THE ACTIV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gsx
タイトルFIRST-SPHERE AND SECOND-SPHERE ELECTROSTATIC EFFECTS IN THE ACTIVE SITE OF A CLASS MU GLUTATHIONE TRANSFERASE
要素MU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE OF ISOENZYME 3-3
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE TRANSFERASE / ISOENZYME 3-3 / Y6F MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / nickel cation binding / glutathione transferase ...Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / nickel cation binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / response to amino acid / xenobiotic catabolic process / response to axon injury / steroid binding / glutathione metabolic process / response to lead ion / cellular response to xenobiotic stimulus / sensory perception of smell / response to ethanol / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GPS / Glutathione S-transferase Mu 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Xiao, G. / Ji, X. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: First-sphere and second-sphere electrostatic effects in the active site of a class mu gluthathione transferase.
著者: Xiao, G. / Liu, S. / Ji, X. / Johnson, W.W. / Chen, J. / Parsons, J.F. / Stevens, W.J. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structure and Function of the Xenobiotic Substrate Binding Site of a Glutathione S-Transferase as Revealed by X-Ray Crystallographic Analysis of Product Complexes with the Diastereomers ...タイトル: Structure and Function of the Xenobiotic Substrate Binding Site of a Glutathione S-Transferase as Revealed by X-Ray Crystallographic Analysis of Product Complexes with the Diastereomers of 9-(S-Glutathionyl)-10-Hydroxy-9,10-Dihydrophenanthrene
著者: Ji, X. / Johnson, W.W. / Sesay, M.A. / Dickert, L. / Prasad, S.M. / Ammon, H.L. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1993
タイトル: Second-Sphere Electrostatic Effects in the Active Site of Glutathione S-Transferase. Observation of an on-Facet Hydrogen Bond between the Side Chain of Threonine 13 and the Pi-Cloud of ...タイトル: Second-Sphere Electrostatic Effects in the Active Site of Glutathione S-Transferase. Observation of an on-Facet Hydrogen Bond between the Side Chain of Threonine 13 and the Pi-Cloud of Tyrosine 6 and its Influence on Catalysis
著者: Liu, S. / Ji, X. / Gilliland, G.L. / Stevens, W.J. / Armstrong, R.N.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Snapshots Along the Reaction Coordinate of an Snar Reaction Catalyzed by Glutathione Transferase
著者: Ji, X. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Contribution of Tyrosine 6 to the Catalytic Mechanism of Isoenzyme 3-3 of Glutathione S-Transferase
著者: Liu, S. / Zhang, P. / Ji, X. / Johnson, W.W. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of a Glutathione S-Transferase from the Mu Gene Class. Structural Analysis of the Binary Complex of Isoenzyme 3-3 and Glutathione at 2.2-A Resolution
著者: Ji, X. / Zhang, P. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
履歴
登録1996年1月26日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE OF ISOENZYME 3-3
B: MU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE OF ISOENZYME 3-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8977
ポリマ－51,6062
非ポリマー1,2915
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.840, 69.220, 81.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-472-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.82065, -0.09781, 0.563), (-0.09983, -0.99463, -0.02727), (0.56264, -0.03383, -0.82601)
ベクター: -6.43357, 31.6926, 26.57442)

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要素

#1: タンパク質 MU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE OF ISOENZYME 3-3 / RAT GST


分子量: 25802.789 Da / 分子数: 2 / 変異: Y6F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
遺伝子: CDNA INSERT OF CLONE PGT33MX / 器官: LIVER / プラスミド: PGT33MXY6F / 遺伝子 (発現宿主): CDNA INSERT OF CLONE PGT33MX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M5219 / 参照: UniProt: P04905, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GPS / L-gamma-glutamyl-S-[(9S,10S)-10-hydroxy-9,10-dihydrophenanthren-9-yl]-L-cysteinylglycine


分子量: 501.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N3O7S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18-12 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1drop
31 mMEDTA1drop
40.2 %beta-octyl D-glucopyranoside1drop
52 mMproduct inhibitor1drop
640-50 %satammonium sulfate1drop
760-72 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年4月18日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 36475 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.55 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射
*PLUS
Num. obs: 36384 / Num. measured all: 92958 / Rmerge(I) obs: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称分類
GPRLSA精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化解像度: 1.91→6 Å / σ(F): 4 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.152 --
obs-29198 92.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3634 0 85 448 4167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.042
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0430.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9531
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.5751.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.7791.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.7982
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0230.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2250.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1960.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1960.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2360.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor45
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor18.115
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: GPRLSA / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.152
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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