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- EMDB-29487: Pseudomonas phage E217 neck (portal, head-to-tail connector, coll... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29487
タイトルPseudomonas phage E217 neck (portal, head-to-tail connector, collar and gateway proteins)
マップデータ
試料
  • ウイルス: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: E217 collar protein gp28
    • タンパク質・ペプチド: E217 gateway protein gp29
    • タンパク質・ペプチド: E217 head-to-tail connector protein gp27
    • タンパク質・ペプチド: E217 portal protein gp19
キーワードpseudomonas / phage / E217 / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF4054 / Inorganic pyrophosphatase domain / Protein of unknown function (DUF4054) / Inorganic Pyrophosphatase / Protein of unknown function DUF1073 / Anti-CBASS protein Acb1-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage protein / Inorganic pyrophosphatase domain-containing protein / Phage protein / Virion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Li F / Cingolani G / Hou C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM140733 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: High-resolution cryo-EM structure of the Pseudomonas bacteriophage E217.
著者: Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Francesca Forti / Federica Briani / Gino Cingolani /
要旨: E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after ...E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after DNA ejection at 3.1 Å and 4.5 Å resolution, respectively, determined using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). We identify and build de novo structures for 19 unique E217 gene products, resolve the tail genome-ejection machine in both extended and contracted states, and decipher the complete architecture of the baseplate formed by 66 polypeptide chains. We also determine that E217 recognizes the host O-antigen as a receptor, and we resolve the N-terminal portion of the O-antigen-binding tail fiber. We propose that E217 design principles presented in this paper are conserved across PB1-like Myoviridae phages of the Pbunavirus genus that encode a ~1.4 MDa baseplate, dramatically smaller than the coliphage T4.
履歴
登録2023年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29487.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.026663095 - 0.04939805
平均 (標準偏差)0.00006355236 (±0.002784263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 573.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29487_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29487_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas phage vB_PaeM_E217

全体名称: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: E217 collar protein gp28
    • タンパク質・ペプチド: E217 gateway protein gp29
    • タンパク質・ペプチド: E217 head-to-tail connector protein gp27
    • タンパク質・ペプチド: E217 portal protein gp19

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超分子 #1: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217

超分子名称: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2034346 / 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: E217 collar protein gp28

分子名称: E217 collar protein gp28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 14.234122 KDa
配列文字列:
IPGANLLRMA FGVIGTQIVR YRKFEQRVKN DQAQYVSMFG EPFDLAASVQ RVRRDQYAQF NLEFQRNYVM IFANFDMVDL DRNMAGDQF LWTGRVFQLE SQGSWFYQDG WGVCLAVDIG AAKA

UniProtKB: Virion protein

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分子 #2: E217 gateway protein gp29

分子名称: E217 gateway protein gp29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 21.057492 KDa
配列文字列:
MFDGELIAKL VVELNAAMTS AQEALQFPDF EVVQKAQPTQ QGTSTRPTIF FQKLFDIPRG WPATDWHLDN TARKYVEITR QHVETTFQI SSLHWQNPEI THVVTASDIA NYVRAYFQAR STIERVKELD FLILRVSQIS NEAFENDNHQ FEFHPSFDMV V TYNQYIRL YENAAYSADG VLIG

UniProtKB: Phage protein

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分子 #3: E217 head-to-tail connector protein gp27

分子名称: E217 head-to-tail connector protein gp27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 16.885285 KDa
配列文字列:
MVIFDEHKFR TLFPEFADPA AYPDVRLQMY FDIACEFISD RDSPYRILNG KALEACLYLL TAHLLSLSTM QVQGAAGGGV TAGGTQGGF ITSATVGEVS VAKLAPPAKN GWQWWLSGTP YGQELWALLS VKAVGGFYIG GLPERRGFRK VGGTFW

UniProtKB: Phage protein

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分子 #4: E217 portal protein gp19

分子名称: E217 portal protein gp19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 48.635984 KDa
配列文字列: PTMLQDWYNS QGFIGYQACA IISQHWLVDK ACSMSGEDAA RNGWELKSDG RKLSDEQSAL IARRDMEFRV KDNLVELNRF KNVFGVRIA LFVVESDDPD YYEKPFNPDG VTPGSYKGIS QIDPYWAMPQ LTAGSTADPS SEHFYEPDFW IISGKKYHRS H LVVVRGPQ ...文字列:
PTMLQDWYNS QGFIGYQACA IISQHWLVDK ACSMSGEDAA RNGWELKSDG RKLSDEQSAL IARRDMEFRV KDNLVELNRF KNVFGVRIA LFVVESDDPD YYEKPFNPDG VTPGSYKGIS QIDPYWAMPQ LTAGSTADPS SEHFYEPDFW IISGKKYHRS H LVVVRGPQ PPDILKPTYI FGGIPLTQRI YERVYAAERT ANEAPLLAMS KRTSTIHVDV EKAIANEEAF NARLAFWIAN RD NHGVKVL GIDEGMEQFD TNLADFDSII MNQYQLVAAI AKTPATKLLG TSPKGFNATG EHETISYHEE LESIQEHIFD PLL ERHYLL LAKSEEIDVQ LEIVWNPVDS TSSQQQAELN NKKAATDEIY INSGVVSPDE VRERLRDDPR SGYNRLTDDQ AETE PGMSP ENLAEFEKAG AQSAKAKGEA ERAEAQAG

UniProtKB: Inorganic pyrophosphatase domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9300
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 9000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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