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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 288d | ||||||||||||||||||
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タイトル | SUBSTITUTIONS AT C2' OF DAUNOSAMINE IN THE ANTICANCER DAUNORUBICIN ALTER ITS DNA-BINDING SEQUENCE SPECIFICITY | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | 2'-BROMO-4'-EPIDAUNORUBICIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Gao, Y.-G. / Priebe, W. / Wang, A.H.-J. | 引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996 | タイトル: Substitutions at C2' of daunosamine in the anticancer drug daunorubicin alter its DNA-binding sequence specificity. 著者: Gao, Y.G. / Priebe, W. / Wang, A.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 288d.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb288d.ent.gz | 8.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 288d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 288d_validation.pdf.gz | 423.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 288d_full_validation.pdf.gz | 430.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 288d_validation.xml.gz | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 288d_validation.cif.gz | 3.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/88/288d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/88/288d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM8 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.00K / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / % possible obs: 86.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 4 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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