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- EMDB-28738: DNAPKcs-Ku-DNA subcomplex in PAXX-LR-ATP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28738
タイトルDNAPKcs-Ku-DNA subcomplex in PAXX-LR-ATP complex
マップデータDKB in PAXX-LR-ATP
試料
  • 複合体: NHEJ Long-range complex with ATP
    • タンパク質・ペプチド: XRCC6_HUMAN
    • タンパク質・ペプチド: XRCC5_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
    • DNA: DNA(31-MER)
    • DNA: DNA(30-MER)
キーワードComplex / Kinase / NHEJ / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Chen S / He Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM135651 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM visualization of DNA-PKcs structural intermediates in NHEJ.
著者: Siyu Chen / Alex Vogt / Linda Lee / Tasmin Naila / Ryan McKeown / Alan E Tomkinson / Susan P Lees-Miller / Yuan He /
要旨: DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). ...DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). Core NHEJ factors form an initial long-range (LR) synaptic complex that transitions into a DNA-PKcs (DNA-dependent protein kinase, catalytic subunit)-free, short-range state to align the DSB ends (Chen ). Using single-particle cryo-electron microscopy, we have visualized three additional key NHEJ complexes representing different transition states, with DNA-PKcs adopting distinct dimeric conformations within each of them. Upon DNA-PKcs autophosphorylation, the LR complex undergoes a substantial conformational change, with both Ku and DNA-PKcs rotating outward to promote DNA break exposure and DNA-PKcs dissociation. We also captured a dimeric state of catalytically inactive DNA-PKcs, which resembles structures of other PIKK (Phosphatidylinositol 3-kinase-related kinase) family kinases, revealing a model of the full regulatory cycle of DNA-PKcs during NHEJ.
履歴
登録2022年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28738.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DKB in PAXX-LR-ATP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.11 Å/pix.
x 200 pix.
= 422.4 Å		2.11 Å/pix.
x 200 pix.
= 422.4 Å		2.11 Å/pix.
x 200 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.112 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.09920758 - 0.19448526
平均 (標準偏差)0.00021079226 (±0.0080622705)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 422.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half1

ファイルemd_28738_half_map_1.map
注釈half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half2

ファイルemd_28738_half_map_2.map
注釈half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NHEJ Long-range complex with ATP

全体名称: NHEJ Long-range complex with ATP
要素
  • 複合体: NHEJ Long-range complex with ATP
    • タンパク質・ペプチド: XRCC6_HUMAN
    • タンパク質・ペプチド: XRCC5_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
    • DNA: DNA(31-MER)
    • DNA: DNA(30-MER)

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超分子 #1: NHEJ Long-range complex with ATP

超分子名称: NHEJ Long-range complex with ATP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 1.75 MDa

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分子 #1: XRCC6_HUMAN

分子名称: XRCC6_HUMAN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSGWESYYKT EGDEEAEEEQ EENLEASGDY KYSGRDSLIF LVDASKAMFE SQSEDELTPF DMSIQCIQSV YISKIISSDR DLLAVVFYGT EKDKNSVNFK NIYVLQELDN PGAKRILELD QFKGQQGQKR FQDMMGHGSD YSLSEVLWVC ANLFSDVQFK MSHKRIMLFT ...文字列:
MSGWESYYKT EGDEEAEEEQ EENLEASGDY KYSGRDSLIF LVDASKAMFE SQSEDELTPF DMSIQCIQSV YISKIISSDR DLLAVVFYGT EKDKNSVNFK NIYVLQELDN PGAKRILELD QFKGQQGQKR FQDMMGHGSD YSLSEVLWVC ANLFSDVQFK MSHKRIMLFT NEDNPHGNDS AKASRARTKA GDLRDTGIFL DLMHLKKPGG FDISLFYRDI ISIAEDEDLR VHFEESSKLE DLLRKVRAKE TRKRALSRLK LKLNKDIVIS VGIYNLVQKA LKPPPIKLYR ETNEPVKTKT RTFNTSTGGL LLPSDTKRSQ IYGSRQIILE KEETEELKRF DDPGLMLMGF KPLVLLKKHH YLRPSLFVYP EESLVIGSST LFSALLIKCL EKEVAALCRY TPRRNIPPYF VALVPQEEEL DDQKIQVTPP GFQLVFLPFA DDKRKMPFTE KIMATPEQVG KMKAIVEKLR FTYRSDSFEN PVLQQHFRNL EALALDLMEP EQAVDLTLPK VEAMNKRLGS LVDEFKELVY PPDYNPEGKV TKRKHDNEGS GSKRPKVEYS EEELKTHISK GTLGKFTVPM LKEACRAYGL KSGLKKQELL EALTKHFQD

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分子 #2: XRCC5_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 5

分子名称: XRCC5_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLSG GDQYQNITVH RHLMLPDFDL LEDIESKIQP GSQQADFLDA LIVSMDVIQH ETIGKKFEKR HIEIFTDLSS RFSKSQLDII IHSLKKCDIS LQFFLPFSLG ...文字列:
MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLSG GDQYQNITVH RHLMLPDFDL LEDIESKIQP GSQQADFLDA LIVSMDVIQH ETIGKKFEKR HIEIFTDLSS RFSKSQLDII IHSLKKCDIS LQFFLPFSLG KEDGSGDRGD GPFRLGGHGP SFPLKGITEQ QKEGLEIVKM VMISLEGEDG LDEIYSFSES LRKLCVFKKI ERHSIHWPCR LTIGSNLSIR IAAYKSILQE RVKKTWTVVD AKTLKKEDIQ KETVYCLNDD DETEVLKEDI IQGFRYGSDI VPFSKVDEEQ MKYKSEGKCF SVLGFCKSSQ VQRRFFMGNQ VLKVFAARDD EAAAVALSSL IHALDDLDMV AIVRYAYDKR ANPQVGVAFP HIKHNYECLV YVQLPFMEDL RQYMFSSLKN SKKYAPTEAQ LNAVDALIDS MSLAKKDEKT DTLEDLFPTT KIPNPRFQRL FQCLLHRALH PREPLPPIQQ HIWNMLNPPA EVTTKSQIPL SKIKTLFPLI EAKKKDQVTA QEIFQDNHED GPTAKKLKTE QGGAHFSVSS LAEGSVTSVG SVNPAENFRV LVKQKKASFE EASNQLINHI EQFLDTNETP YFMKSIDCIR AFREEAIKFS EEQRFNNFLK ALQEKVEIKQ LNHFWEIVVQ DGITLITKEE ASGSSVTAEE AKKFLAPKDK PSGDTAAVFE EGGDVDDLLD MI

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分子 #3: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

分子名称: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFVR KSLNSIEFRE CREEILKFLC IFLEKMGQKI APYSVEIKNT CTSVYTKDRA AKCKIPALDL LIKLLQTFRS SRLMDEFKIG ELFSKFYGEL ALKKKIPDTV ...文字列:
MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFVR KSLNSIEFRE CREEILKFLC IFLEKMGQKI APYSVEIKNT CTSVYTKDRA AKCKIPALDL LIKLLQTFRS SRLMDEFKIG ELFSKFYGEL ALKKKIPDTV LEKVYELLGL LGEVHPSEMI NNAENLFRAF LGELKTQMTS AVREPKLPVL AGCLKGLSSL LCNFTKSMEE DPQTSREIFN FVLKAIRPQI DLKRYAVPSA GLRLFALHAS QFSTCLLDNY VSLFEVLLKW CAHTNVELKK AALSALESFL KQVSNMVAKN AEMHKNKLQY FMEQFYGIIR NVDSNNKELS IAIRGYGLFA GPCKVINAKD VDFMYVELIQ RCKQMFLTQT DTGDDRVYQM PSFLQSVASV LLYLDTVPEV YTPVLEHLVV MQIDSFPQYS PKMQLVCCRA IVKVFLALAA KGPVLRNCIS TVVHQGLIRI CSKPVVLPKG PESESEDHRA SGEVRTGKWK VPTYKDYVDL FRHLLSSDQM MDSILADEAF FSVNSSSESL NHLLYDEFVK SVLKIVEKLD LTLEIQTVGE QENGDEAPGV WMIPTSDPAA NLHPAKPKDF SAFINLVEFC REILPEKQAE FFEPWVYSFS YELILQSTRL PLISGFYKLL SITVRNAKKI KYFEGVSPKS LKHSPEDPEK YSCFALFVKF GKEVAVKMKQ YKDELLASCL TFLLSLPHNI IELDVRAYVP ALQMAFKLGL SYTPLAEVGL NALEEWSIYI DRHVMQPYYK DILPCLDGYL KTSALSDETK NNWEVSALSR AAQKGFNKVV LKHLKKTKNL SSNEAISLEE IRIRVVQMLG SLGGQINKNL LTVTSSDEMM KSYVAWDREK RLSFAVPFRE MKPVIFLDVF LPRVTELALT ASDRQTKVAA CELLHSMVMF MLGKATQMPE GGQGAPPMYQ LYKRTFPVLL RLACDVDQVT RQLYEPLVMQ LIHWFTNNKK FESQDTVALL EAILDGIVDP VDSTLRDFCG RCIREFLKWS IKQITPQQQE KSPVNTKSLF KRLYSLALHP NAFKRLGASL AFNNIYREFR EEESLVEQFV FEALVIYMES LALAHADEKS LGTIQQCCDA IDHLCRIIEK KHVSLNKAKK RRLPRGFPPS ASLCLLDLVK WLLAHCGRPQ TECRHKSIEL FYKFVPLLPG NRSPNLWLKD VLKEEGVSFL INTFEGGGCG QPSGILAQPT LLYLRGPFSL QATLCWLDLL LAALECYNTF IGERTVGALQ VLGTEAQSSL LKAVAFFLES IAMHDIIAAE KCFGTGAAGN RTSPQEGERY NYSKCTVVVR IMEFTTTLLN TSPEGWKLLK KDLCNTHLMR VLVQTLCEPA SIGFNIGDVQ VMAHLPDVCV NLMKALKMSP YKDILETHLR EKITAQSIEE LCAVNLYGPD AQVDRSRLAA VVSACKQLHR AGLLHNILPS QSTDLHHSVG TELLSLVYKG IAPGDERQCL PSLDLSCKQL ASGLLELAFA FGGLCERLVS LLLNPAVLST ASLGSSQGSV IHFSHGEYFY SLFSETINTE LLKNLDLAVL ELMQSSVDNT KMVSAVLNGM LDQSFRERAN QKHQGLKLAT TILQHWKKCD SWWAKDSPLE TKMAVLALLA KILQIDSSVS FNTSHGSFPE VFTTYISLLA DTKLDLHLKG QAVTLLPFFT SLTGGSLEEL RRVLEQLIVA HFPMQSREFP PGTPRFNNYV DCMKKFLDAL ELSQSPMLLE LMTEVLCREQ QHVMEELFQS SFRRIARRGS CVTQVGLLES VYEMFRKDDP RLSFTRQSFV DRSLLTLLWH CSLDALREFF STIVVDAIDV LKSRFTKLNE STFDTQITKK MGYYKILDVM YSRLPKDDVH AKESKINQVF HGSCITEGNE LTKTLIKLCY DAFTENMAGE NQLLERRRLY HCAAYNCAIS VICCVFNELK FYQGFLFSEK PEKNLLIFEN LIDLKRRYNF PVEVEVPMER KKKYIEIRKE AREAANGDSD GPSYMSSLSY LADSTLSEEM SQFDFSTGVQ SYSYSSQDPR PATGRFRRRE QRDPTVHDDV LELEMDELNR HECMAPLTAL VKHMHRSLGP PQGEEDSVPR DLPSWMKFLH GKLGNPIVPL NIRLFLAKLV INTEEVFRPY AKHWLSPLLQ LAASENNGGE GIHYMVVEIV ATILSWTGLA TPTGVPKDEV LANRLLNFLM KHVFHPKRAV FRHNLEIIKT LVECWKDCLS IPYRLIFEKF SGKDPNSKDN SVGIQLLGIV MANDLPPYDP QCGIQSSEYF QALVNNMSFV RYKEVYAAAA EVLGLILRYV MERKNILEES LCELVAKQLK QHQNTMEDKF IVCLNKVTKS FPPLADRFMN AVFFLLPKFH GVLKTLCLEV VLCRVEGMTE LYFQLKSKDF VQVMRHRDDE RQKVCLDIIY KMMPKLKPVE LRELLNPVVE FVSHPSTTCR EQMYNILMWI HDNYRDPESE TDNDSQEIFK LAKDVLIQGL IDENPGLQLI IRNFWSHETR LPSNTLDRLL ALNSLYSPKI EVHFLSLATN FLLEMTSMSP DYPNPMFEHP LSECEFQEYT IDSDWRFRST VLTPMFVETQ ASQGTLQTRT QEGSLSARWP VAGQIRATQQ QHDFTLTQTA DGRSSFDWLT GSSTDPLVDH TSPSSDSLLF AHKRSERLQR APLKSVGPDF GKKRLGLPGD EVDNKVKGAA GRTDLLRLRR RFMRDQEKLS LMYARKGVAE QKREKEIKSE LKMKQDAQVV LYRSYRHGDL PDIQIKHSSL ITPLQAVAQR DPIIAKQLFS SLFSGILKEM DKFKTLSEKN NITQKLLQDF NRFLNTTFSF FPPFVSCIQD ISCQHAALLS LDPAAVSAGC LASLQQPVGI RLLEEALLRL LPAELPAKRV RGKARLPPDV LRWVELAKLY RSIGEYDVLR GIFTSEIGTK QITQSALLAE ARSDYSEAAK QYDEALNKQD WVDGEPTEAE KDFWELASLD CYNHLAEWKS LEYCSTASID SENPPDLNKI WSEPFYQETY LPYMIRSKLK LLLQGEADQS LLTFIDKAMH GELQKAILEL HYSQELSLLY LLQDDVDRAK YYIQNGIQSF MQNYSSIDVL LHQSRLTKLQ SVQALTEIQE FISFISKQGN LSSQVPLKRL LNTWTNRYPD AKMDPMNIWD DIITNRCFFL SKIEEKLTPL PEDNSMNVDQ DGDPSDRMEV QEQEEDISSL IRSCKFSMKM KMIDSARKQN NFSLAMKLLK ELHKESKTRD DWLVSWVQSY CRLSHCRSRS QGCSEQVLTV LKTVSLLDEN NVSSYLSKNI LAFRDQNILL GTTYRIIANA LSSEPACLAE IEEDKARRIL ELSGSSSEDS EKVIAGLYQR AFQHLSEAVQ AAEEEAQPPS WSCGPAAGVI DAYMTLADFC DQQLRKEEEN ASVIDSAELQ AYPALVVEKM LKALKLNSNE ARLKFPRLLQ IIERYPEETL SLMTKEISSV PCWQFISWIS HMVALLDKDQ AVAVQHSVEE ITDNYPQAIV YPFIISSESY SFKDTSTGHK NKEFVARIKS KLDQGGVIQD FINALDQLSN PELLFKDWSN DVRAELAKTP VNKKNIEKMY ERMYAALGDP KAPGLGAFRR KFIQTFGKEF DKHFGKGGSK LLRMKLSDFN DITNMLLLKM NKDSKPPGNL KECSPWMSDF KVEFLRNELE IPGQYDGRGK PLPEYHVRIA GFDERVTVMA SLRRPKRIII RGHDEREHPF LVKGGEDLRQ DQRVEQLFQV MNGILAQDSA CSQRALQLRT YSVVPMTSRL GLIEWLENTV TLKDLLLNTM SQEEKAAYLS DPRAPPCEYK DWLTKMSGKH DVGAYMLMYK GANRTETVTS FRKRESKVPA DLLKRAFVRM STSPEAFLAL RSHFASSHAL ICISHWILGI GDRHLNNFMV AMETGGVIGI DFGHAFGSAT QFLPVPELMP FRLTRQFINL MLPMKETGLM YSIMVHALRA FRSDPGLLTN TMDVFVKEPS FDWKNFEQKM LKKGGSWIQE INVAEKNWYP RQKICYAKRK LAGANPAVIT CDELLLGHEK APAFRDYVAV ARGSKDHNIR AQEPESGLSE ETQVKCLMDQ ATDPNILGRT WEGWEPWM

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分子 #4: DNA(31-MER)

分子名称: DNA(31-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)

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分子 #5: DNA(30-MER)

分子名称: DNA(30-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG) (DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 302 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 30448 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 倍率（補正後）: 60000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3785786
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7lt3

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 176398
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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