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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27574 | |||||||||
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タイトル | Human Brain Dihydropyrimidinase-related protein 2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | human brain / DPYSL2 / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / endocytosis / nervous system development / cell differentiation / cytoskeleton ...dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / endocytosis / nervous system development / cell differentiation / cytoskeleton / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Tringides ML | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023 タイトル: A cryo-electron microscopic approach to elucidate protein structures from human brain microsomes. 著者: Marios L Tringides / Zhemin Zhang / Christopher E Morgan / Chih-Chia Su / Edward W Yu / 要旨: We recently developed a "Build and Retrieve" cryo-electron microscopy (cryo-EM) methodology, which is capable of simultaneously producing near-atomic resolution cryo-EM maps for several individual ...We recently developed a "Build and Retrieve" cryo-electron microscopy (cryo-EM) methodology, which is capable of simultaneously producing near-atomic resolution cryo-EM maps for several individual proteins from a heterogeneous, multiprotein sample. Here we report the use of "Build and Retrieve" to define the composition of a raw human brain microsomal lysate. From this sample, we simultaneously identify and solve cryo-EM structures of five different brain enzymes whose functions affect neurotransmitter recycling, iron metabolism, glycolysis, axonal development, energy homeostasis, and retinoic acid biosynthesis. Interestingly, malfunction of these important proteins has been directly linked to several neurodegenerative disorders, such as Alzheimer's, Huntington's, and Parkinson's diseases. Our work underscores the importance of cryo-EM in facilitating tissue and organ proteomics at the atomic level. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27574.map.gz | 93.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27574-v30.xml emd-27574.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27574.png | 70.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27574.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_27574_half_map_1.map.gz emd_27574_half_map_2.map.gz | 95.2 MB 95.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27574 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27574 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27574_validation.pdf.gz | 974.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27574_full_validation.pdf.gz | 974.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27574_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27574_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27574 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27574 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27574.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27574_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27574_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dihydropyrimdinase-related protein 2
全体 | 名称: Dihydropyrimdinase-related protein 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Dihydropyrimdinase-related protein 2
超分子 | 名称: Dihydropyrimdinase-related protein 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Dihydropyrimidinase-related protein 2
分子 | 名称: Dihydropyrimidinase-related protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 62.365414 KDa |
配列 | 文字列: MSYQGKKNIP RITSDRLLIK GGKIVNDDQS FYADIYMEDG LIKQIGENLI VPGGVKTIEA HSRMVIPGGI DVHTRFQMPD QGMTSADDF FQGTKAALAG GTTMIIDHVV PEPGTSLLAA FDQWREWADS KSCCDYSLHV DISEWHKGIQ EEMEALVKDH G VNSFLVYM ...文字列: MSYQGKKNIP RITSDRLLIK GGKIVNDDQS FYADIYMEDG LIKQIGENLI VPGGVKTIEA HSRMVIPGGI DVHTRFQMPD QGMTSADDF FQGTKAALAG GTTMIIDHVV PEPGTSLLAA FDQWREWADS KSCCDYSLHV DISEWHKGIQ EEMEALVKDH G VNSFLVYM AFKDRFQLTD CQIYEVLSVI RDIGAIAQVH AENGDIIAEE QQRILDLGIT GPEGHVLSRP EEVEAEAVNR AI TIANQTN CPLYITKVMS KSSAEVIAQA RKKGTVVYGE PITASLGTDG SHYWSKNWAK AAAFVTSPPL SPDPTTPDFL NSL LSCGDL QVTGSAHCTF NTAQKAVGKD NFTLIPEGTN GTEERMSVIW DKAVVTGKMD ENQFVAVTST NAAKVFNLYP RKGR IAVGS DADLVIWDPD SVKTISAKTH NSSLEYNIFE GMECRGSPLV VISQGKIVLE DGTLHVTEGS GRYIPRKPFP DFVYK RIKA RSRLAELRGV PRGLYDGPVC EVSVTPKTVT PASSAKTSPA KQQAPPVRNL HQSGFSLSGA QIDDNIPRRT TQRIVA PPG GRANITSLG UniProtKB: Dihydropyrimidinase-related protein 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | tissue |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 35.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 1.6580000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.216 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109192 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |