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- EMDB-25586: CryoEM structure of somatostatin receptor 2 in complex with somat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25586
タイトルCryoEM structure of somatostatin receptor 2 in complex with somatostatin-14 and Gi3
マップデータCryoEM structure of SSTR2/Gi3 complex bound to SST14
試料
  • 複合体: Somatostatin receptor 2 in complex with Somatostatin-14 and Gi3.
    • タンパク質・ペプチド: Somatostatin receptor type 2,Kappa-type opioid receptor
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Somatostatin-14
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin signaling pathway / dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / somatostatin receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / hormone-mediated apoptotic signaling pathway ...somatostatin signaling pathway / dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / somatostatin receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / peristalsis / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / conditioned place preference / negative regulation of adenylate cyclase activity / maternal behavior / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / response to acidic pH / hyperosmotic response / GTP metabolic process / cellular response to glucocorticoid stimulus / response to steroid hormone / positive regulation of p38MAPK cascade / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / eating behavior / neuronal dense core vesicle / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / response to starvation / behavioral response to cocaine / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of macroautophagy / estrous cycle / GABA-ergic synapse / Adenylate cyclase inhibitory pathway / neuropeptide signaling pathway / response to amino acid / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / forebrain development / regulation of cell migration / sensory perception of pain / digestion / T-tubule / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / cerebellum development / response to nutrient / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / cellular response to estradiol stimulus / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor binding / cellular response to glucose stimulus / response to nicotine / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / response to insulin / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / hormone activity / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / synaptic vesicle membrane / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / response to estrogen / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex
類似検索 - 分子機能
Somatostatin / Somatostatin/Cortistatin, C-terminal / Somatostatin/Cortistatin family / Kappa opioid receptor / Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / Opioid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. ...Somatostatin / Somatostatin/Cortistatin, C-terminal / Somatostatin/Cortistatin family / Kappa opioid receptor / Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / Opioid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 / Somatostatin receptor type 2 / Kappa-type opioid receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Somatostatin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Robertson MJ / Skinotis G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Plasticity in ligand recognition at somatostatin receptors.
著者: Michael J Robertson / Justin G Meyerowitz / Ouliana Panova / Kenneth Borrelli / Georgios Skiniotis /
要旨: Somatostatin is a signaling peptide that plays a pivotal role in physiologic processes relating to metabolism and growth through its actions at somatostatin receptors (SSTRs). Members of the SSTR ...Somatostatin is a signaling peptide that plays a pivotal role in physiologic processes relating to metabolism and growth through its actions at somatostatin receptors (SSTRs). Members of the SSTR subfamily, particularly SSTR2, are key drug targets for neuroendocrine neoplasms, with synthetic peptide agonists currently in clinical use. Here, we show the cryogenic-electron microscopy structures of active-state SSTR2 in complex with heterotrimeric G and either the endogenous ligand SST14 or the FDA-approved drug octreotide. Complemented by biochemical assays and molecular dynamics simulations, these structures reveal key details of ligand recognition and receptor activation at SSTRs. We find that SSTR ligand recognition is highly diverse, as demonstrated by ligand-induced conformational changes in ECL2 and substantial sequence divergence across subtypes in extracellular regions. Despite this complexity, we rationalize several known sources of SSTR subtype selectivity and identify an additional interaction for specific binding. These results provide valuable insights for structure-based drug discovery at SSTRs.
履歴
登録2021年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2022年3月30日-
現状2022年3月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.633
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.633
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7t10
  • 表面レベル: 0.633
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25586.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25586.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of SSTR2/Gi3 complex bound to SST14
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.633 / ムービー #1: 0.633
最小 - 最大-4.3651137 - 6.825321
平均 (標準偏差)-2.6759497e-05 (±0.10269163)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.756 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.85210.85210.8521
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z306.756306.756306.756
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-4.3656.825-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Somatostatin receptor 2 in complex with Somatostatin-14 and Gi3.

全体名称: Somatostatin receptor 2 in complex with Somatostatin-14 and Gi3.
要素
  • 複合体: Somatostatin receptor 2 in complex with Somatostatin-14 and Gi3.
    • タンパク質・ペプチド: Somatostatin receptor type 2,Kappa-type opioid receptor
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Somatostatin-14
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: water

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超分子 #1: Somatostatin receptor 2 in complex with Somatostatin-14 and Gi3.

超分子名称: Somatostatin receptor 2 in complex with Somatostatin-14 and Gi3.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

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分子 #1: Somatostatin receptor type 2,Kappa-type opioid receptor

分子名称: Somatostatin receptor type 2,Kappa-type opioid receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Somatostatin receptor type 2 with intracellular loop 3 (ICL3) replaced with the ICL3 from the Kappa-type opioid receptor
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.784211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGM DMADEPLNGS HTWLSIPFDL NGSVVSTNTS NQTEPYYDLT SNAVLTFIY FVVCIIGLCG NTLVIYVILR YAKMKTITNI YILNLAIADE LFMLGLPFLA MQVALVHWPF GKAICRVVMT V DGINQFTS ...文字列:
DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGM DMADEPLNGS HTWLSIPFDL NGSVVSTNTS NQTEPYYDLT SNAVLTFIY FVVCIIGLCG NTLVIYVILR YAKMKTITNI YILNLAIADE LFMLGLPFLA MQVALVHWPF GKAICRVVMT V DGINQFTS IFCLTVMSID RYLAVVHPIK SAKWRRPRTA KMITMAVWGV SLLVILPIMI YAGLRSNQWG RSSCTINWPG ES GAWYTGF IIYTFILGFL VPLTIICLCY LFIIIKVKSV RLLSGSREKD RNLRKVTRMV SIVVAVFIFC WLPFYIFNVS SVS MAISPT PALKGMFDFV VVLTYANSCA NPILYAFLSD NFKKSFQNVL CLVKVSGTDD GERSDSKQDK SRLNETTETQ RTLL NGDLQ TSI

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: dominant negative / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.584156 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AKEVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEDECKQYK VVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGEAA RADDARQLFV LAGSAEEGVM TPELAGVIKR LWRDGGVQAC FSRSREYQLN DSASYYLNDL D RISQSNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AKEVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEDECKQYK VVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGEAA RADDARQLFV LAGSAEEGVM TPELAGVIKR LWRDGGVQAC FSRSREYQLN DSASYYLNDL D RISQSNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLYFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTETSIILF LNKKDLFEEK IKRSPLTICY PEYTGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNRRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKECGLY

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.671102 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: PGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT ...文字列:
PGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DASAKLWDVR EGMCRQTFTG HESDINAICF FP NGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLLAGYDDFN CNVWDALKAD RAGVLAGHDN RVS CLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWN

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #5: Somatostatin-14

分子名称: Somatostatin-14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.641909 KDa
配列文字列:
AGCKNFFWKT FTSC

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分子 #6: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.784896 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAHHHHHH HH

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.04 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 442863
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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