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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2523 | |||||||||
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タイトル | Structure of the mammalian oligosaccharyl-transferase complex in the native ER protein translocon | |||||||||
マップデータ | Reconstruction was masked | |||||||||
試料 |
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キーワード | Co-translational protein translocation / N-Glycosylation | |||||||||
生物種 | Triticum aestivum (コムギ) / Canis lupus familiaris (イヌ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Pfeffer S / Dudek J / Gogala M / Schorr S / Linxweiler J / Lang S / Becker T / Beckmann R / Zimmermann F | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014 タイトル: Structure of the mammalian oligosaccharyl-transferase complex in the native ER protein translocon. 著者: Stefan Pfeffer / Johanna Dudek / Marko Gogala / Stefan Schorr / Johannes Linxweiler / Sven Lang / Thomas Becker / Roland Beckmann / Richard Zimmermann / Friedrich Förster / 要旨: In mammalian cells, proteins are typically translocated across the endoplasmic reticulum (ER) membrane in a co-translational mode by the ER protein translocon, comprising the protein-conducting ...In mammalian cells, proteins are typically translocated across the endoplasmic reticulum (ER) membrane in a co-translational mode by the ER protein translocon, comprising the protein-conducting channel Sec61 and additional complexes involved in nascent chain processing and translocation. As an integral component of the translocon, the oligosaccharyl-transferase complex (OST) catalyses co-translational N-glycosylation, one of the most common protein modifications in eukaryotic cells. Here we use cryoelectron tomography, cryoelectron microscopy single-particle analysis and small interfering RNA-mediated gene silencing to determine the overall structure, oligomeric state and position of OST in the native ER protein translocon of mammalian cells in unprecedented detail. The observed positioning of OST in close proximity to Sec61 provides a basis for understanding how protein translocation into the ER and glycosylation of nascent proteins are structurally coupled. The overall spatial organization of the native translocon, as determined here, serves as a reliable framework for further hypothesis-driven studies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2523.map.gz | 10.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2523-v30.xml emd-2523.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2423.jpg | 71 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2523 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2523 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2523_validation.pdf.gz | 212.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2523_full_validation.pdf.gz | 212 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2523_validation.xml.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2523 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2523 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 804.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction was masked | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2374 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating whe...
全体 | 名称: Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating wheat germ 80S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating whe...
超分子 | 名称: Canis familiaris Sec61, OST and TRAP bound to a translocating wheat germ 80S ribosome タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One 80S ribosome binds one Sec61, one OST and one TRAP Number unique components: 4 |
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-超分子 #1: Triticum aestivum 80S ribosome
超分子 | 名称: Triticum aestivum 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Wheat germ 80S ribosome / 詳細: Data-subset resulted from computational sorting / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 別称: Wheat Germ |
-分子 #1: Sec61
分子 | 名称: Sec61 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog |
-分子 #2: Oligosaccharyltransferase
分子 | 名称: Oligosaccharyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: OST / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog |
-分子 #3: Translocon-Associated Protein omplex
分子 | 名称: Translocon-Associated Protein omplex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: TRAP / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 30 mM Hepes/KOH 7.6, 10 mM Mg(OAc)2, 180 mM KOAC/HAc pH 7.6, 0.3 % Digitonin, 1 mM DTT |
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グリッド | 詳細: Quantifoil grids pre-coated with 2 nm carbon on top |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2011年7月17日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 6119 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 148721 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using SIGNATURE, classified using MAPPOS and processed with SPIDER |
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CTF補正 | 詳細: On 3D-volume (SPIDER) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, Signature, MAPPOS 詳細: This datasubset resulted from computational sorting. 使用した粒子像数: 15705 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, Coot, MDFF |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |