+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24814 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry | |||||||||
マップデータ | EncA with T=3 symmetry | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | nanocage / encapsulin / iron storage / bacterial nano-compartment / CYTOSOLIC PROTEIN / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | : / Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / encapsulin nanocompartment / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / Type 1 encapsulin shell protein EncA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Myxococcus xanthus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Eren E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Structural characterization of the Myxococcus xanthus encapsulin and ferritin-like cargo system gives insight into its iron storage mechanism. 著者: Elif Eren / Bing Wang / Dennis C Winkler / Norman R Watts / Alasdair C Steven / Paul T Wingfield / 要旨: Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical ...Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical applications. Encapsulin shell proteins are structurally similar to HK97 bacteriophage capsid protein and their function depends on the encapsulated cargos. The Myxococcus xanthus encapsulin system comprises EncA and three cargos: EncB, EncC, and EncD. EncB and EncC are similar to bacterial ferritins that can oxidize Fe to less toxic Fe. We analyzed EncA, EncB, and EncC by cryo-EM and X-ray crystallography. Cryo-EM shows that EncA cages can have T = 3 and T = 1 symmetry and that EncA T = 1 has a unique protomer arrangement. Also, we define EncB and EncC binding sites on EncA. X-ray crystallography of EncB and EncC reveals conformational changes at the ferroxidase center and additional metal binding sites, suggesting a mechanism for Fe oxidation and storage within the encapsulin shell. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24814.map.gz | 52.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-24814-v30.xml emd-24814.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24814_fsc.xml | 19.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24814.png | 250.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24814.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24814 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24814 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24814_validation.pdf.gz | 700.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_24814_full_validation.pdf.gz | 699.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24814_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24814_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24814 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24814 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | EncA with T=3 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : EncA with T=3 symmetry
全体 | 名称: EncA with T=3 symmetry |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: EncA with T=3 symmetry
超分子 | 名称: EncA with T=3 symmetry / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア) |
-分子 #1: EncA
分子 | 名称: EncA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 33.505074 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHMPL EPHFMPDFLG HAENPLREEE WARLNETVIQ VARRSLVGRR ILDIYGPLGA GVQTVPYDEF QGVSPGAVDI VGEQETAMV FTDARKFKTI PIIYKDFLLH WRDIEAARTH NMPLDVSAAA GAAALCAQQE DELIFYGDAR LGYEGLMTAN G RLTVPLGD ...文字列: MHHHHHHMPL EPHFMPDFLG HAENPLREEE WARLNETVIQ VARRSLVGRR ILDIYGPLGA GVQTVPYDEF QGVSPGAVDI VGEQETAMV FTDARKFKTI PIIYKDFLLH WRDIEAARTH NMPLDVSAAA GAAALCAQQE DELIFYGDAR LGYEGLMTAN G RLTVPLGD WTSPGGGFQA IVEATRKLNE QGHFGPYAVV LSPRLYSQLH RIYEKTGVLE IETIRQLASD GVYQSNRLRG ES GVVVSTG RENMDLAVSM DMVAAYLGAS RMNHPFRVLE ALLLRIKHPD AICTLEGAGA TERR UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein EncA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.3 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
---|---|
得られたモデル | PDB-7s20: |